“四要”為：知本、立誌、尊經、審幾。
東林書院遭受禁毀，已是明末第四次禁毀書院。早在嘉靖十六年和十七年(公元1537、1538年)，正當書院蓬勃發展之時，禦史遊居敬上疏，指斥南京吏部尚書湛若水，倡其邪學，廣收無賴，私創書院。建議禁毀其所創書院，以正人心。次年，吏部尚書許讚再次提出：“撫按司府多建書院，聚生徒，供億科擾，亟宜撤毀。”朝廷準其奏，令拆毀書院。
第四次禁毀書院，即魏忠賢製造的禁毀東林書院，擴及全國書院，更具有明顯的政治色彩。
明末第三次禁毀書院，是在萬曆七年(公元1579年)張居正執政時。《明史》稱：“七年春正月戊辰，詔毀天下書院。”《明紀》記載稍詳：“七年正月戊辰，詔毀天下書院，自應天府以下，凡六十四處，盡改為公廨。”《明通鑒》更說明了禁毀的緣由。“七年春正月戊辰，詔毀天下書院。先是原任常州知府施觀民，以科斂民財，私創書院，坐罪褫〔si思〕職。而是時士大夫競講學，張居正特惡之，盡改各省書院為公廨，凡先後毀應天等府書院六十四處。”張居正禁毀書院的主要目的是整頓和強化思想控製。他在《請申舊章飭學政以振興人才疏》中說得十分明白：“聖賢以經術垂訓，國家以經術作人。若能體認經書，便是講明學問，何必又別標門戶，聚黨空談。今後各提學官，督率教官生儒，務將平日所習經書義理，著實講求，躬行實踐，以應他日之用，不許別創書院，群聚黨徒，及號召遊食無行之徒，空談廢業。”張居正在《答南司成屠平石論為學書》中說得更加明白：“夫昔之為同誌者(指當時在書院講授理學者)仆亦嚐周旋其間，聽其議論矣。然窺其微處，則皆以聚黨賈譽，行徑捷舉。所稱道德之說，虛而無當。莊子所謂其嗌言者若哇，佛氏所謂蝦蟆禪耳。而其徒侶眾盛，導趨為事。大者撼搖朝廷，(爽字去爻換女)亂名實，小者匿蔽醜穢，趨利逃名。”“群聚黨徒”，“空談廢業”，“徒侶眾盛，導趨為事”，是給書院妄加的罪名，“科斂民財”更是一個借口，實在原因是擔心書院講學會“撼搖朝廷，(爽字去爻換女)亂名實”。
“二惑”為：不當惑而惑、不必惑而惑。
“九損”是指人們講學、治學中所常犯的毛病，提醒學者多加警惕，竭力避免，如：比昵狎玩，黨同伐異，假公行私，評議是非，談論瑣怪，文過飾非，多言人過，執事爭端，道聽途說。
東林書院原是程頤的門人楊時講學的地方。明萬曆三十二年(公元1604年)顧憲成就其地建東林書院，與高攀龍等就此講學。據記載：東林書院，也稱龜山書院，在無錫縣城東南隅。當顧憲成、高攀龍講學時，歲兩大會，月一小會，各三日，一切仿效白鹿洞書院學規，“遠近名賢，同聲相應，天下學者，鹹以東林為歸”。
正因為東林書院堅持“諷議朝政，裁量人物”的學風，遂招致一些當權者的忌恨。天啟年間(公元1621—1627年)，宦官魏忠賢專權，政治腐敗，屢興冤獄，製造東林黨案，殺戮左光鬥等，遂殃及東林書院，進而魏忠賢更視所有書院都與東林為同黨，一律嚴令禁毀。史稱：天啟五年八月“拆毀天下書院，首及東林”，天啟六年，“禦史徐複陽請毀講學書院，以絕黨根。”(《明史·熹宗本紀》)