“九益”指講學有九大好處，如：以道義相切磋，使人耳目一新，精神振奮，廣見博聞，預籌未來，起舊圖新。
“諷議朝政，裁量人物”是東林書院樹立的新學風，東林書院不僅是一個教育組織，學術組織，而且成了一個輿論中心，政治活動中心。所以，當時凡是與東林書院有關係和有來往的人物，都被指控為“東林黨”，後來，甚至與東林書院全無關聯，隻是與當權者意見不一，也被視為“東林黨”，而遭受迫害，黃宗羲在《明儒學案·東林學案》中說：“東林講學者不過數人耳，其為講院亦不過一郡之內耳，……凡一議之正，一人之不隨流俗者，無不謂之東林。若是乎東林榜標，遍於域中，延於數世。東林何不幸而有是也，東林何幸而有是也。”
東林書院所形成的東林學派，基本上是以程朱理學為宗，反對王學末流的放誕、任性，不務實學，無所歸宿的陋習，主張人人提倡氣節，個個講求實學。“相與共圖興複”，“以崇先哲之懿範”，“坐收濂洛關閩之勝”。顧憲成親自製訂了《東林會約》，明確提出“飭四要、破二惑、崇九益、屏九損”。
明代書院由明初的多年沉寂到明中期的空前興盛，又到明末的連續遭受禁毀，這種忽衰忽盛的曲折曆程，正好說明封建社會後期統治者政局不穩，已潛伏著深層的危機，很值得深思。
嘉靖十六年、十七年，連續兩次禁毀書院，均因當時在朝執政者多尊朱學，而反對王、湛之學，遂對王、湛等廣建書院，聚徒講學，懷恨在心，妄加罪名，嚴令禁毀，開啟了以政治手段壓製學術發展的惡例。
明代後期的書院以徽州、江右、關中、無錫四處為最盛，其中無錫的東林書院更為著名。據說當時人們不知各地有書院，隻知有東林，所有書院都被稱為東林。
東林書院聞名於當時，不僅因為其學術主張切中時弊，更重要的是它把學術活動同政治鬥爭密切結合在一起。積極參與當時的政治活動，擴大了書院的影響，提高了社會地位，也招來了反對者的忌恨。據《明史·顧憲成傳》記載：“當是時，士大夫抱道忤時者，率退處林野，聞風向附，學舍至不能容……其講習之餘，往往諷議朝政，裁量人物。朝士慕其風者，多遙相應和，由是東林名大著，而忌者也多。”
江蘇東林書院石牌坊(選自李國鈞主編《中國書院史》)
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