明代是中國封建社會發展的成熟階階段。明代中期出現了資本主義生產關係的萌芽。商品經濟的繁榮和市民階層的初步覺醒又從封建社會內部撼動著封建統治的社會基礎。這樣，強化中央集權統治和加強思想控製，同要求衝破中央集權統治和解除思想控製的鬥爭進行著反複的較量。明代書院作為與民間，特別是知識階層有著血肉聯係的文化教育機構，對此有最敏銳的反應。明代書院正是在錯綜複雜的政治思想、文化教育的激烈鬥爭中，獲得新的發展。
在這期間，有不少書院被並入地方官學或社學，連著名的白鹿洞書院，自元末毀於兵火，一直無人問津，竟然“昔日規製不可見，惟聞山鳥相呼，山鳴穀應，餘音悠揚，恍類弦歌聲”(《白鹿洞誌》卷十二，《遊鹿洞記》)。著名的嶽麓書院在明初也處於荒廢狀態：“破屋斷垣，隱然荒榛野莽間。”當時有人留下一首《書院廢跡》詩：“峨峨嶽麓山，前賢讀書處。世遠人亦亡，遺基盡荒穢。猶存北海碑，尚有南軒記。公暇一來過，徘徊發長喟！”(《嶽麓誌》)少數書院雖得以保留，主要是用作祭祀之所，如：洙泗、尼山書院隻為祭祀孔子及其弟子，不複有講學之舉了。
明代正德年間(公元1506—1521年)，書院進入極盛時期。“縉紳之士，遺佚之老，聯講會，立書院，相望於遠近。”其直接原因是王陽明、湛若水等一批名流大師倡書院以聚徒講學。據《明史·王守仁傳》讚稱：“正嘉之際，王守仁聚徒於軍旅之中，徐階講學於端揆之日，流風所被，傾動朝野。”沈德符在其所著《野獲編》中也說：“自武宗朝(武宗朱厚照，年號正德)，王新建(王陽明被封為新建伯，故稱王新建)以良知之學，行江浙兩廣間，而羅念庵、唐荊川諸公繼之，於是東南景附，書院頓盛。”湛若水是一位“誌篤而力勤”的教育家，55年間無日不授徒，無日不講學，“平生足跡所至，必建書院以祀白沙(陳白沙，湛若水之師)，從遊者殆遍天下”。
自明憲宗成化年間至孝宗弘治年間(公元1465—1505年)，由於宦官勢力膨脹，政治日漸腐敗，社會矛盾加劇。官學教育和科舉考試弊端叢生。官學學生“但取食廩年深者”，“隻有資格”、“不講學力”，“士風澆漓”、“不勝其濫”。在這種情況下，一部分朝臣和讀書士子擔心文教事業每況愈下，強烈要求朝廷采取措施，“頒布明詔，廣開言路，以振作鼓舞天下士氣”(《明通鑒》卷三十三)。同時著手恢複書院講學，以彌補或糾正官學和科舉之弊。如：成化元年(公元1465年)南康太守李齡在白鹿洞書院舊址增建房舍，招郡人子弟相約其中，聘著名理學家胡居仁掌教事，“名士弦誦其間，而風教始著”，並立規約六條，“正趨向以立其誌，主誠敬以存其心，博窮事理以盡致知之方，審查幾微以為應事之要，克治力行以盡成己之道，推己及物以廣成物之功”。吸引“四方英明豪傑之士，相與講論，切磋於其間”(《胡敬齋集》)。又如：成化五年(公元1469年)長沙知府錢澍修複嶽麓書院，使“百數十年丘墟之地，頓覯大觀”，弘治七年(公元1494年)陳鋼、楊茂元繼續修複，至弘治九年(公元1496年)再次“辟道路，廣舍宇，備器用，增公田，儲經書”，以便“振文教於湖南，流聲光於天下”(《嶽麓誌》卷七)。
縱觀明代書院的發展，明初百餘年，“國學網絡人才，士之散處書院者，皆聚之於兩雍，雖有書院，其風不盛”。正德之後，“國學之製漸墮，科舉之弊孔熾，士大夫複倡講學之法，而書院又因之以興。”(《江蘇書院誌初稿》)王陽明等人聚徒講學，傾動朝野，東南景附，遠近相望，流風所被，書院頓盛。至東林書院興，其講學力主“諷議朝政，裁量人物”。朝廷又采取了粗暴地禁毀措施，然而又禁而不能止。