對元代書院和傳播程朱理學影響甚大的還有程端禮。程端禮先後任稼軒書院和江東書院山長。程端禮從學於史蒙卿，傳朱熹“明體達用”之學，學者及門人甚眾。他所著《程氏家塾讀書分年日程》遵循朱熹“讀書窮理”，“達於日用”的治學精神和方法，成為元代書院和各級官學通用的教學指導綱要。他的《集慶路江東書院講義》更進一步集中闡發了程朱的為學之道和治學之方，逐條闡述了朱熹的讀書法，概括為：循序漸進，熟讀精思，虛心涵泳，切己體察，著緊用力，居敬持誌六條，號稱“朱子讀書法”。他自稱：“惟精廬(即書院)初建，端禮荒陋匪材，夫豈其任。承乏之初，敢以朱子讀書法，首與同誌講之，期相與確守焉，以求共學之意，使他日義精仁熟，賢材輩出，則朱子之訓不為虛語，精廬不為虛設，顧不美歟！”
元代書院絕大部分是以傳授程朱理學為宗旨的。但元代的程朱理學已經發生了深刻的變化。書院的講學，都不同程度地具有“和會朱陸”的傾向和特色。
吳澄對書院有深厚的感情和充分的了解。他本人長期以“草廬”為名從事講學，還熱心幫助和支持別人創辦書院。如：大德四年(公元1300年)安樂夏友蘭籌建鼇溪書院，吳澄“與聞其議”，親自審閱舉諫申辦書院的公移文書；延祐七年(公元1320年)曾到王氏義塾講學並代訂義塾規則，王氏義塾於泰定元年(公元1324年)獲賜額江東書院。他多次應邀赴外地書院講學，如：延祐五年(公元1318年)講學於永豐武城書院；次年講學於江州濂溪書院。
主講於太極書院的趙複，是傳朱學於北方的第一位學者。然而，在他的學術教育思想中，已兼陸學的因素。人稱趙複“樂易而耿介”，易即簡易、直截。他主張“博溺心，末喪本”，教人“自修讀《易》求文王、孔子之用心”。在博約和本末關係上，不同於朱熹的泛觀博覽、支離瑣碎，而溶入直求本心之意，近似陸學的簡易工夫。從學於趙複的許衡，被譽為“朱子之後第一人”，也被視為是謹守朱學的。事實上，他也並未嚴守朱學門檻，而是同意了天理賦予人心的命題，強調了盡心知性，知之其方可行之力。與許衡並稱“二許”的許謙也非“株守一家”，雜入了陸學的心本論。他甚至認為求之心外，天下事物不可能窮盡，“執詞泛求”等於棄本逐末，“非尊德性，則不能道問學”。幾乎否定了程朱的“格物致知”，“讀書窮理”的重要命題。
元代還有一批主張“和會朱陸”的學者，是“由陸入朱”的。他們同樣有感於陸學的弊端叢生，欲以朱學之長補陸學之短，以發展和弘揚陸學。其重要代表人物有史蒙卿、鄭玉等。他們對元代書院的發展，也有重要影響。史蒙卿，自號靜清，入元不仕，設教於鄉，講學不輟，眾學者從之。在天台山講學達八年之久。其門人為建靜清書院。他主張：“學問進修之大端，其略有四：一曰尚誌，二曰居敬，三曰窮理，四曰反身”(《宋元學案·靜清學案》)。明顯反映了“和會朱陸”的學術特色。鄭玉，講學於師山，其門人因其地建師山書院。他明確提出“兼綜”朱陸的主張，“(朱陸)二先生相望而起也，以昌明道學為己任……以予觀之，陸子之質高明，故好簡易；朱子之質篤實，故好遽密。蓋各因其質之所近而為學，故所入之途有不同爾。及其至也，三綱五常，仁義道德，豈有不同者哉！”“朱子之說教人為學之常也，陸子之說才高獨得之妙也。二家之學，亦各不能無弊焉。陸氏之學，其流弊也，如釋子之談空說妙，至於鹵莽滅裂，而不能盡夫致知之功；朱氏之學，其流弊也，如俗儒之尋行數墨，至於頹惰萎靡，而無以收其力行之效。然豈二先生立言垂教之罪者？蓋後之學者之流弊雲爾。”他認為：“近時學者，未知本領所在，先立異同。宗朱則毀陸，黨陸則非朱，此等皆是學術風俗之壞，殊非好氣象也。”(《師山集·送葛子熙之武昌學錄序》)他主張應各取所長，互補所短，見其長防其短，棄其短揚其長，“陸子靜高明不及明道，縝密不及晦庵，然其簡易光明之說，亦未始為無見之言也，故其徒傳之久遠，施於政事，卓然可觀，而無頹惰不振之習。但其教盡是略下功夫，而無先後之序，而其所見，又不免有知者過之之失，故以之自修雖有餘，而學之者恐有畫虎不成之弊。是學者自當學朱子之學，然亦不必謗家山也。”(《師山集·與王真卿書》)在激烈複雜的長期學派紛爭中，能有如此的識見，實在是難能可貴的。