理學大師在書院講學，吸引了大批讀書士子慕名奔趨，造成了書院空前勃興之勢。
宋徽宗的第九子趙構於公元1127年即位於南京(河南商丘)，改靖康二年為建炎元年，是為南宋高宗。不久，在金兵的進逼下，又由南京逃至揚州。建炎三年(公元1129年)再由揚州逃至鎮江，然後經蘇州，逃至杭州。接著至明州(今浙江寧波)，到昌國(今浙江象山)下海，才躲過金兵的追擊，最後避難於杭州。紹興八年(公元1138年)正式建都於此(時稱臨安)。前後經曆了12年之久的逃亡生活，自然顧不上什麼百年大計的興學設教了。當時，葉琳曾上書請立太學，朝廷以“軍食未暇，國家削弱”為由，隻得“故從緩議”。朝廷無暇無力顧及文教事業，恰好為書院的發展提供了一個契機。
一首稱：
宋欽宗靖康元年(公元1126年)金兵渡過黃河，攻陷宋都城汴京(開封)，擄走徽宗、欽宗、後妃、公主、宗室、大臣等3000餘人，以及各種財物(文物、圖書、檔案、天文儀器等)和眾多的技藝工匠。統治了160年的北宋政權，被迫南遷。
南宋書院的規模進一步擴大，設施也漸趨完備，而且形成了較穩定的建築格局。一般書院多由祭祀設施、藏書樓、講堂、齋舍、生活設施五部分組成。講堂多達十餘間，齋舍百餘間，容納生徒和來訪者數百人。
理學奠基於北宋時期。周敦頤、二程、張載、邵雍等人，反對漢唐經學教育隻重章句訓詁、箋注，主張為學要講究明心養性，講明義理，認為仁、義、忠、信不離乎心，本源於理，正心、誠意、修身為為學之本，必須以《易》為宗，以《大學》、《中庸》為體，以孔、孟為法，構建起理學的基本體係和框架。朱熹以畢生精力完成對《大學》、《中庸》、、《孟子》的注釋工作，合稱為《四書集注》，並推崇為“經”的權威神聖地位，標誌著理學已進入成熟階段，朱熹也成為理學的集大成者。
南宋書院的勃興發軔於朱熹於淳熙六年(公元1179年)複興白鹿洞書院，又於紹熙五年(公元1194年)複興嶽麓書院。自北宋初就名聞天下的兩大著名書院的相繼複興，對南宋書院的發展起了直接的推動作用。之後，各地爭相效法，紛紛建立書院，延聘名師碩儒，聚徒講學。二十幾年後，竟蔚然成風，書院得到迅速發展，呈鼎盛之勢。
南宋書院大部分集中分布在文化繁盛的江南之地，以江西、湖南、浙江、福建為最多，分別為161所、24所、44所和27所。這一方麵是由於宋廷南遷，北方大地落入女真族金兵控製之下，漢民族南遷，漢民族文化中心隨之南移；另一方麵，書院的發展受著名學者講學活動影響極大，江西、湖南、浙江、福建等地有眾多名師講學，是南宋理學家活動的主要地區和範圍，所建書院自然隨之增多。特別是朱熹、陸九淵、呂祖謙、張栻等一批理學流派的代表人物及其弟子都在江南地區，遂使這些地區成為書院最發達之地。
南宋書院教育的勃興並不是一開始就形成的，而是經過了一個相當長的醞釀過程，直到南宋理宗朝(公元1225—1264年)才達到高潮。
南宋時期，中國的印刷術又有了新的進步，刻版印刷的發展，大大提高了刊印圖書的效率和質量。除了官方的刊書機構，大量出現私家書坊，為私人藏書提供了方便。書院藏書的條件得到了保障和改善，並且開創了書院刊印圖書的曆史。後世圖書館藏書中的珍本書、善本書，一部分就是“書院本”。如：婺源麗澤書院在理宗紹定三年(公元1230年)重刻司馬光的《切韻指掌圖》二卷；龍溪書院於淳祐八年(公元1248年)刻《陳北溪集》50卷；象山書院於紹定四年(公元1231年)刻袁燮的《家塾書抄》12卷；建安書院於鹹淳元年(公元1265年)刻《朱文公文集》100卷，《續集》10卷，《別集》11卷。
注釋：
南宋的理學，形成不同的學派。每一學派都創辦了一批各具特色的書院，而每所書院也就成為研討或傳播某一理學派別學術思想的基地。如：朱熹複興白鹿洞書院，張栻主講嶽麓書院，陸九淵講學於應天山精舍和象山精舍，呂祖謙主講麗澤書院等。他們各以書院為基地傳播自己學派的學術思想，實現自己學派理想的教育目標。特別是他們的弟子門人又各創書院，以擴大影響，造成了書院繁盛的局麵。
南宋統治者也從總結北宋發展官學忽視書院造成更多的社會矛盾的教訓中，深感支持書院的發展是有利的。一方麵出於政治上的考慮。北宋興學運動，提高了官學的社會地位，官學學生，尤其是太學生成為一股強大的政治勢力。北宋末年，太學生論陳時政，已成風氣。至南宋時，太學生伏闕上書，幹預朝政的聲勢更強烈，造成相當大的社會影響，給統治集團帶來很大的政治壓力。如：陳東在欽宗和高宗時曾七次上書，並領導了太學生請願運動；光宗紹熙五年(公元1194年)太學生汪安仁等200餘人上書；寧宗慶元元年(公元1195年)太學生楊宏中等六人上書；理宗淳祐十年(公元1250年)太學生劉黻〔fu伏〕等六人上書。因此，統治集團感到與其發展官學，不如鼓勵讀書士子在深山寂林創設書院閉門讀書、潛心修養更為可靠，至少可以減少許多麻煩。另一方麵還有經濟上的考慮。北宋興辦官學，上自太學，下至州府縣學，一切費用概由官府負擔，需要大批經費，而國家經濟實力又不足以維持數量眾多的學校。南宋時，國家財政更為困難，盡管高宗曾宣稱：“朕不惜百萬之財以養士”，究竟不免因實際困難而發生動搖。朱熹在《建寧府崇安縣學田記》中記敘過州縣學經費困難的窘況：“崇安縣故有學而無田，遭大夫之賢而有意於教事者，乃能縮取他費之贏以供養士之費。其或有故而不能繼，則諸生無所仰食，而往往散去，以是殿堂傾圯，齋館荒蕪。”朱熹感歎道：“然養士之需，至以天下之力奉之而不足，則亦豈可不謂難哉”，總不能老讓讀書人“歲終裹飯而學於我”吧！因經費困難致使官學時作時輟，難以維持，而自籌經費，置田設學的書院倒有獨特的優勢，遂應運而盛。