1893年，湖北麻城宋埠民眾反對瑞典新教行道會，殺死教士梅寶善和樂傳道。次年8月，吉林練軍路過遼陽時搗毀蘇格蘭長老會教堂，教士李雅穀被毆重傷致死。1895年4月，成都出現揭帖，對英、美幫助日本侵略中國表示憤慨。5月28日端午上，傳教士竟將與之發生口角的兒童抓進教堂，從而激起暴動，教士住宅及教會醫館當夜被焚。次日又焚毀美國美以美會、英國內地會、法國天主教教堂三所，育嬰堂和醫館各一所，打傷法國主教杜昂。川西、川南數十州、廳、縣相繼發生打教事件。美、英、法三國軍艦遊弋長江，“各國公使聯銜抗議”。清政府再次屈從，將四川總督劉秉璋，候補道周振瓊，成都知府唐承烈，華陽、樂山、灌縣、大邑、冕寧、新津等縣知縣全部革職，六人被殺，17人受充軍、流放、枷刑和杖刑的處罰。劉秉璋是教案中被革職的最高官員。
1880年後，由於法國入侵東南沿海和西南邊陲，反洋教浪潮再次高漲。廣東清遠、花縣、大埔，福建福安、詔安，山東濟南，廣西南寧、梧州，貴州普安廳，乃至黑龍江呼蘭均有教案發生。1881年四川三岩群眾殺死天主教神父梅玉林。1883年雲南浪穹縣團民圍攻教堂，擊斃“無惡不作”的法國教士張若望及教徒數人。平素受教會欺壓的永平縣鄉民也“群起報複”。福建龍岩士紳擬訂條規，嚴禁“交通外匪，趨入異端邪教”。民眾則以“平夷滅番局”名義貼出告示：“有能得番首者賞銀二百兩。”1884年，法軍進攻基隆，偷襲馬江，台灣民心激憤，七座教堂被毀。“粵東義民，視凡法人，皆若仇敵。幾欲盡與教士商民為難，即教民亦不使片刻在境。”廣州北門外陶金坑天主教堂及法國領事、教士的墳墓全被搗毀。盡管清政府頒發保護各國“官商教民”的詔諭，但仍無濟於事。廣東、貴州、四川數十縣教堂會所被毀，教士、教民多被驅逐出境。江蘇揚州東鄉、浙江溫州西街等地外國教堂也在一夜之間焚毀殆盡。
自1860年《中法北京條約》規定“還堂”以來，天主教傳教士在各地妄指廟宇、會館、官衙和民宅為舊置教產，逼令歸還。同時利用“租買田地，建造自便”的特權，霸占公產，強買民田，硬立契約，逼令捐獻，致使交涉案件不斷發生。西方傳教士在各地傳教時，以戰勝者自居，幹預地方政事，藐視地方官員，包攬訴訟，從人命案件到民間糾紛無不插手。少數教民依仗教會勢力，橫行鄉裏，甚至挾製官府，欺淩孤弱，泄忿報怨，因而民教爭毆趨於激烈。民教糾紛一起，外國領事、傳教士則不問是非曲直，一意曲庇教民、教士，即使有幹清律，也百般為之開脫。清朝官吏不敢得罪洋人，總是袒教抑民。“遇有民教爭鬥，平民恒曲，教民恒勝。教民勢焰愈橫，平民憤鬱愈甚。”英國記者宓〔mi密〕克曾指出：“傳教一事，其謀始不臧，在以兵力強之使從，致中國國家，慚其臣庶。複因立約保教，此事愈為怨怒之媒，而耶穌教門，遂為舉國所憤毒。”
自此以後，傳教士便有恃無恐，恣意妄為。1861年3月，巴黎外方傳教會貴州代牧區主教胡縛理乘坐紫呢大轎，肩披紫帶，在100多名教徒前呼後擁下，招搖過市，謁見巡撫和提督，要求承認傳教自由，保護天主教在貴州的“合法”權利。自1756年至1860年，貴州已發生教案16起，群眾反洋教的情緒十分高漲。貴州巡撫何冠英和提督田興恕聯合致函全省官吏，把天主教斥為異端邪教。候補道繆煥章撰刻《救劫寶訓》，倡議驅逐天主教。6月，在田興恕的指令下，團務道趙畏三率團丁焚毀青岩姚家關天主堂大修院，7月捕殺四名教徒。法國公使逼迫清政府派專員攜《中法天津條約》和《中法北京條約》20份前往貴州張貼，但遭新任巡撫韓超拒絕。次年2月，開州(今四川開縣)知州戴鹿芝將唆使教民違抗禮俗、拒交龍燈捐的法國傳教士文乃耳及三名教徒處死；興義、普安、永寧等地官員也聞風響應。法國公使聯合英、美、俄三國公使，要求賠償一切損失，處死田興恕、戴鹿芝、趙畏三三人，並嚴懲保教不力或查處不嚴的有關官吏。1863年，清政府屈服於法國的武力恫嚇，將韓超交部議處，田興恕發配新疆，提督公廨撥給教堂使用，繆煥章永不敘用，《救劫寶訓》書版追繳銷毀，賠償白銀1.2萬兩。
從天津教案至1891年長江中下遊的反洋教鬥爭，是第二階段。天津人民在教案中所自發迸發的反帝愛國精神，逼使外國侵略者的囂張氣焰有所收斂，也使清政府感到教案問題的嚴重性。恭親王奕訢說：“若再不籌善後之方，將使教中之氣焰愈張，吾民之怨憤愈積，禍患正不知所止。”總理衙門為此提出《傳教節略》，並擬訂《傳教章程》，於1871年2月遞交各國公使征求意見，企圖對傳教士稍加約製。對此，法國蠻橫拒絕全部條文，其他各國也對《章程》表示反對。
1860年，法國在天津強占望海樓皇宮故址為領事館。法國傳教士乘機在天津東部建造仁慈堂，1869年又在領事館旁強占寺廟舊址建造聖母勝後堂(俗稱河樓教堂)，並要中國官員參加開堂典禮。次年，天津盛傳有人用藥迷拐幼孩事件，仁慈堂收容幼孩中有數十名死亡。這些拐賣並虐待幼孩事件，群眾懷疑是傳教士所為，而被捕拐犯亦供認受教堂門丁指使，事與修女有牽連。於是，士紳集會，書院停課，群情激憤，反洋教呼聲高漲。6月21日，天津官員押帶拐犯到教堂查看對質，遭到法國駐津領事豐大業的阻撓。午後，群眾聚集教堂前抗議，並推派代表找豐大業論理。豐大業要求派兵彈壓不成後，攜手槍闖入崇厚官署，咆哮如雷，向崇厚連開兩槍未中。歸途中又向天津知縣劉傑開槍，擊中隨員一人。秘書西蒙則向群眾射擊。積忿難忍的群眾至此怒不可遏，當場將二人毆斃。隨後鳴鑼聚眾，焚毀法領事館、河樓教堂、仁慈堂，以及英美四所小教堂，先後打死法領事一人，隨員三人，教士、修女十二人，法國居民二人，俄國居民三人。6月24日，法、英、美、俄等七國公使聯合照會清政府提出抗議，並調派軍艦進行武力恫嚇。清政府雖知此案是“由豐領事倉猝激變”，仍堅持“嚴拿凶手，以懲煽亂之徒，彈壓士民，以慰各國之意”。最後判處20人死刑，包括府縣官員在內的25人充軍，賠償白銀50餘萬兩，並特派崇厚赴法道歉，始得結案。