這一階段的反洋教鬥爭大多由傳教士恃仗外國侵略勢力，橫行不法激起的。核心事件是借“還堂”而強買、侵奪房地產，或包攬詞訟，侵犯中國司法權。地方官吏和士紳，或公開號召，或暗中指揮，發動民眾打教毀堂，主要矛頭針對法國的天主教勢力。清政府開始態度曖昧，交涉時頗費躊躇，但在外國侵略者的壓力下，妥協讓步，“殺民以謝敵”。
這一階段的反洋教鬥爭，由於列強瓜分中國的危機日趨嚴重，人民群眾的愛國熱情高漲，參加人數愈來愈多，民間秘密會黨成為反洋教鬥爭的主體，因而鬥爭比以前更加激烈、更為廣泛，出現了由會黨領導的有組織有計劃的武裝鬥爭。清政府采取扶教抑民政策，同帝國主義一起殘酷鎮壓中國人民。1898年3月，清政府頒布《地方官接待教士章程》，竟承認主教相當於督撫，副主教、會長相當於，傳教士相當於的政治地位。因此，民教矛盾愈趨尖銳，人民自發的反帝愛國情緒不斷高漲。在義和拳、大刀會等組織和發動的反洋教鬥爭的基礎上，1900年終於爆發了大規模的義和團運動。
第一階段從1856年西林教案起，至1870年天津教案止。鴉片戰爭後簽訂的不平等條約規定，外國人可在五個通商口岸“建堂禮拜，斷不越界傳教”。可是，傳教士違約非法潛入內地，引起民教糾紛，如福州黃竹岐(1848年)、江蘇青浦(1848年)、浙江定海(1851年)、江西南昌、鄱陽(1855年)都發生了民教衝突，而以西林教案影響較大。1853年，法國巴黎外方傳教會教士馬賴由香港潛入貴州活動，1855年又到廣西西林“糾夥拜會”，引起地方官員的恐懼。兩廣總督葉名琛奏稱：“連年倡亂，蔓延數省，即由廣西上帝會而起，上帝會乃天主教之別名。”1856年，新任西林縣知縣張鳴鳳根據村民呈控，逮捕馬賴及教徒25人，並將馬賴和兩名教徒處死。法國政府以此為借口，與英國聯合挑起第二次鴉片戰爭，迫使清政府簽訂《中英天津條約》和《中英北京條約》。其中包括將西林知縣張鳴鳳革職，永不敘用；外國傳教士可以自由進入內地傳教；歸還天主堂、學堂、墳塋、田土、房廊等以前沒收的教產。西林教案始開列強以武力保護傳教並攫取中國其他權益的先例。
與成都教案同時發生的有福建古田教案。甲午戰爭後，古田齋會多次發動民眾抗捐抗稅並準備武裝起義。古田英國傳教士偵知後向清政府告密。1895年8月，齋會首領劉祥興等率百餘人殺死英國傳教士史犖〔luo駱〕伯夫婦等11人，焚房二幢。事件發生後，英美兩國軍艦到福州威脅，並組織調查團前往古田，英、美領事參加會審。古田知縣王汝霖被革職，劉祥興等26人被處死，17人終身充軍，五人終身監禁。
長江中下遊的反洋教浪潮一直波及中國北部。1891年11月，熱河朝陽金丹道會首楊悅春等人發動武裝起義，在理教首領郭萬湻〔chun唇〕率眾響應，起義者在“旬月之間，由數千聚至數萬”，其中不少人來自江南各地。起義軍所到之處焚堂滅教，橫掃朝陽、平泉、建昌、赤峰四州縣教會勢力，其影響波及開平、灤州、遷安、永平和錦州。最後在清軍殘酷鎮壓下失敗。
貴州反天主教的鬥爭迅速波及湖南、江西、四川等省。1862年，湖南士紳公議，凡“有畀〔bi幣〕屋居住者，火之；有容留詭奇者，執之；有習其教者，宗族不齒，子弟永遠不準應試”。又發布合省公檄，號召驅逐天主教士。檄文傳入江西，法國遣使會傳教士羅安當正在南昌索賠教產，並強令地方官張貼傳教布告。齊集在省城考試的生童，聯合前翰林院檢討夏廷榘〔ju舉〕、在籍甘肅臬司劉於潯等，連夜趕印湖南公檄數萬份，貼遍省城內外通衢，並發布行動的揭帖。於是，江西南昌、湖南湘潭、衡陽、清泉、衡州等地教堂、育嬰堂、教士和教民房屋多處被毀。
基督教與伊斯蘭教、猶太教不同，後者早期來華以移民為主，組成自治的小社團，並不對外傳教，而基督教來華的傳教士，以傳教為目的，因而與中國傳統的思想、信仰、風俗、習慣直接發生衝突。明末清初利瑪竇等人來華傳教，曾極力調和基督教教義與儒學的矛盾，迎合統治者和士大夫階層，以打開傳教的局麵。迄至黃貞、沈(氵隺)等人的反天主教論著出現，驅教呼聲日漸向民間擴散。那種維護儒學正統，抵製西方“邪教”傳播的輿論和行動，也非教義儒學化所能抵禦。明朝萬曆年間的南京教案，清朝康、雍、乾、嘉朝的數次大教案，就是這種衝突的表現。基督教新教的傳入，以西方列強的侵華活動為背景。鴉片戰爭以後，西方列強一再用炮艦侵犯中國領土，妄圖瓜分中國。各國的傳教士則仗著不平等條約的庇護，以炮艦為後盾，帶著政治、經濟、軍事的目的，紛至遝來，形成大規模傳教運動。傳教士深入內地，無視中國法律而任意行事，教堂建至窮鄉僻壤，揚言要用基督教征服中國。封建官紳擔心基督教的傳播會引起“人心大變”，從而打亂現有的統治秩序，因此他們多把基督教斥為異端邪教，極力維護封建禮教對人民群眾的精神統治。傳教士則企圖改變中國傳統禮俗，反對敬祖、祀天，詆毀深入群眾生活的佛教和道教，幹涉民間的迎神賽會等舊俗，經常引起民教衝突。當西方列強加劇侵略活動時，外國傳教士的活動引起各階層的不安和憤恨，地方官紳積極發動和組織的反洋教鬥爭，許多下層群眾也積極參與。
反洋教鬥爭隨著帝國主義對中國的侵略不斷加深而進一步擴大。鬥爭的區域北自黑龍江，南至廣東，東起沿海，西迄邊陲，幾乎遍及全國。教案大多是由天主教育嬰堂收養幼童和新教在內地買地建堂、擴大據點而引發。鬥爭的鋒芒不僅指向天主教，而且掃及英美新教各派。參加鬥爭的隊伍，初期尚以士紳起主導作用，民團是反教的骨幹。中法戰爭後，大量下層勞動人民投入運動，民間會黨日趨活躍，並成為鬥爭的核心力量。鬥爭形式也從焚堂鬧教發展成為大規模的暴動。官員士紳陸續退出鬥爭，清政府則與帝國主義站在一起，以血腥手段對付愛國民眾。
注釋：
清政府內，一部分官僚主張，“正可假民之憤，議撤傳教之條，以固天下民之心”，“縱不能乘此機會，盡焚在京夷館，盡戮在京夷酋，亦必將激變之法國，先與絕和，略示薄懲”。實權派則“明知此事為風俗人心所關，且與內地良民不相洽，第當四方多事之秋，和約已定，隻得持平辦理，以期相安無事”，因而讓“各地方官仰體朝廷不得已之苦衷，妥為駕馭，弗令滋生事端”。但是，天津教案後，廣大手工業者和城鄉貧民則越來越多地投入反洋教運動，其中也不乏中小士紳。1873年夏，巴黎外方傳教會川東主教範若瑟遣教士張紫蘭潛赴四川黔江縣建堂傳教，司鐸餘克林等遍貼告示，內中多係不義無禮之詞，激起民憤，導致四川反教風潮再起。南充、營山、內山等縣教堂相繼被毀。1876年，鄰水、江北廳、涪州民眾在鄉紳的倡導下，焚毀教堂及教民房屋。與此同時，在福建延平、建寧、福清，安徽建平、寧國、廣德，紳民反對強迫傳教，連續發生搗毀教堂、毆傷教士的事件。全國各地由士紳倡導的非教風潮此起彼伏，接連不斷。