中法戰爭後，長江流域反洋教浪潮進一步高漲。1886年，重慶武童拆毀美以美會醫院和學堂，接著士民紛紛行動，“集團四處打教”，焚毀英國內地會房屋、法國教堂及英領事署。大足縣鄉民連年砸毀教堂，至1890年“數百裏洶洶騷動”，焚毀龍水鎮、馬跑場、強家壩三處教堂，由於官府的鎮壓，終於爆發了以餘棟臣為首的反洋教起義。江南的反洋教高潮也在此時開始醞釀。1891年，湖南又出現大量反洋教的書文、詩歌、詞曲、圖像、揭帖等，如《謹遵聖諭辟邪》、《擎天柱》、《棘手文章》、《鬼叫該死》、《滅鬼歌》、《稟天主邪教》等數百種，僅《鬼叫該死》一種便在湖南刊印80萬份。這些反教宣傳品“遍傳各省”，其中湖南鄉紳周漢刊刻的朱墨套印的反洋教通俗圖畫，在民間廣泛流傳。湖廣總督張之洞說：“屢次嚴飭南北兩省查禁，不遺餘力，舊本甫毀，新本旋出。”這些宣傳品對長江中下遊的反洋教鬥爭起了巨大的鼓動作用。1891年5月，因蕪湖耶穌會中國修女領養兩名小孩，被傳為“迷拐幼孩，挖眼製藥”，輿論大嘩，傳教士和英領事脅迫官府派兵幹涉，致使群情激憤。5000餘人手執小旗，擁入教堂，將教堂、育嬰堂及教士住宅焚毀，並衝擊海關洋樓和英領事公署。清兵開炮威脅，群眾“仍四處聚集不散”。蕪湖起事後，反洋教鬥爭迅速向全省及江蘇、江西、浙江、湖北等地擴展。安慶、丹陽、無錫、金匱、陽湖、如皋、江陰、九江、杭州、廣濟、宜昌等地群眾起而焚毀教堂和教士住宅，“竟有一縣焚毀數處者”。6月，湖北廣濟縣哥老會郭六壽率民眾千餘人圍攻武穴鎮英國遁道會福音堂，擊斃英國傳教士和海關鈴子手，並搗毀附近黃梅、蒲圻等地教堂。9月，宜昌方濟各會聖母堂收買拐來兒童，家屬到教堂索還，居民齊集堂外評理。美國聖公會教士竟向人群開槍，擊傷一人，激起民憤。數千人衝入聖公會，燒毀教堂，接著又到聖母堂救出幼童數十人後，焚毀該堂，並擊傷修女多人。此外，河街天主堂、英人住宅和正在修建的英領事署亦被毀。武漢兩岸，“洋街洋堂，人人自危”。甚至上海租界和徐家彙一帶也出現反教揭帖。美國公使田貝向美國國務院報告說：“幾乎在長江各通商口岸都有騷亂發生”，“沒有一個城市是安全的，上海也包括在內”。各國出動在華的所有軍艦到武漢等地示威，各國公使聯銜提出抗議，清政府則對群眾實行血腥鎮壓。鬥爭的餘波則持續到1893年。
在這種背景下，自1856年西林教案至1899年肥城教案，曆40餘載，幾乎年年有教案，處處有教案，在全國形成由各階層人民參加的反洋教運動。整個運動，可按其發展過程大體分為三個階段。
巴黎外方傳教會川東主教範若瑟，在重慶強拆寺廟會館，霸占民房，修建教堂，該教堂在1863年被群眾搗毀。範若瑟利用重慶教案，索取在川東境內廣建教堂的權利。傳教士在酉陽等地組織教民武裝，橫行鄉裏，欺壓民眾。1865年，在酉陽富紳張佩超等人支持下，劉勝超率眾拆毀天主教公信堂(公館)，土家族頭人冉從之毆斃法國傳教士瑪弼樂，彭水、酆〔feng風〕都等地起而呼應。1868年，酉陽教民欺淩非教百姓，逼勒退婚，搶掠家財，燒毀民房，激起民憤。團民何彩率眾焚毀教堂，殺死法國傳教士李國及教民39人，團民亦死傷68人。天主教中國教士覃輔臣乘民團解散之機，指揮教堂武裝槍殺民眾145人，打傷700餘人，並縱火燒毀民房。在此期間，貴州遵義、永寧，台灣鳳山，江蘇揚州，安徽安慶，湖北天門，福建福州、漳浦、羅源，廣東雷州，江西貴溪、定南廳、廬陵，直隸永年等地都發生反教毀堂事件。全國反洋教情緒日益高漲，1870年終於爆發了震動中外的天津教案。
從長江流域反洋教鬥爭後至義和團運動爆發止，為第三階段。會黨領導的反教暴動使清政府感到自危。他們一麵屢出告示嚴禁會黨活動，動輒實行武力鎮壓；一麵也想變通方法，約束教士和教民。1892年5月，直隸總督李鴻章提出《論變通教務》和《酌擬教堂禁約十條》，內容包括：禁止教士詆毀儒教；中國官員按季查看教堂並看望所收嬰孩；教堂按月報告收養及病故嬰孩人數；教堂隻收養12歲以下幼童；教堂照約由地方官員稅契，並登記所在地，報明地方存案，教堂停止濫收莠民和被拐騙者；教民訴訟，教士不得包庇；教士須約束教民；由教皇派遣大主教駐北直隸與地方官員直接商辦教務事宜，不用法國照料保護。但在帝國主義加緊瓜分中國的時候，清政府自顧不暇，所擬“禁約”根本無法實施。各地的反洋教鬥爭卻在民族存亡的嚴重關頭迅猛發展起來。
1896年，山東曹縣、單縣，江蘇豐縣和安徽碭山先後發生反洋教事件。4月，法國傳教士鄧玉函在廣西被殺。11月，德國傳教士能方濟和韓理在山東巨野被大刀會所殺。同時，壽張、濟寧、單縣、城武等州縣，也發生搗毀教堂，毆逐教士、教民事件。德國借口巨野教案，乘機侵占膠州灣，山東全省遂成為德國的勢力範圍。1898年春，四川大足的餘棟臣再次舉行武裝起義，以“順清滅洋”、“除教安民”為號召，哥老會黨踴躍參加，周圍30多個州縣紛紛響應，搗毀教堂20餘處。湖北、貴州、雲南各地哥老會聞風而動，聚眾毀堂。在清軍“剿撫兼施”的政策下，起義雖然終於失敗，但大足教案的影響波及全國。同年4月，巴黎外方傳教會蘇安寧司鐸等三人在廣西永安被殺。10月，外方傳教會另一名教士伸德輝在廣東博羅被殺。11月，貴陽民眾殺死英國內地會教士明鑒光。12月，巴東縣殺死方濟各會比利時神父董若望等人。在山東各地的反洋教鬥爭中，民間秘密結社迅速發展，大刀會、義和拳(後改為義和團)等成為組織群眾反洋教鬥爭的核心。1898年初，梅花拳在冠縣梨園屯組織鄉民焚毀天主教堂，義和拳在日照反對傳教，毆傷德國傳教士薛田資。1899年底，大刀會在平陰縣醞釀起事，英國安立甘會傳教士卜克斯聞訊後由泰安府趕回製止，在肥城被大刀會殺死。同年，浙江海門農民發動“護國滅教”的起義，迅速擴展到黃岩、太平、臨海三縣，鄉民立將當地教堂全行拆毀。
(本章完)