洪秀全還汲取《勸世良言》中有關天國的雙重涵義，但不是界定為天堂和教會，而是分為天上的大天堂和地上的小天堂。小天堂不是指教會，因為拜上帝會並無教會的觀念和組織。他們沒有牧師製度，沒有特定的禮拜堂，一切宗教生活皆由各級統領主持。後來雖然按洪仁玕的建議，設有“牧司教導官”一職，但在政教合一的國家體製中，他也隻是專職分管宗教事務的官員而已。洪秀全說：“天上大天堂是靈魂歸榮上帝享福之天堂，凡間小天堂是肉身歸榮上帝榮光之天堂。”“神國在地是上帝小天堂，天朝是也。”(《欽定舊前遺詔聖書批解》)這個肉身榮光的小天堂，後稱“天父天兄天王太平天國”。太平天國後期，洪秀全將《啟示錄》中關於世界末日天國降臨的預言加以發揮，稱太平天國就是從天降臨的“新天新地”，天京就是新的耶路撒冷。
拜上帝會采納了基督教關於魔鬼的觀念，把魔鬼作為罪惡的代表。《勸世良言》所稱蛇魔、鬼風等，係指不具肉身的“邪靈”、“惡靈”，即靈界的異教邪神，而拜上帝會則將其在宗教和政治上的敵人都包括在內。除將閻羅妖、東海龍妖、老蛇稱魔鬼外，洪秀全還提出“土、木、石、金、紙、瓦像，死妖該殺約，及邪教、粉色、煙、酒、戲、、卜、筮、祝、命、相、、佛、娼、優、尼、女巫、奸、賭，生妖十九項”。在檄文中以“奉天誅妖”為名，直指清朝皇帝及官兵為“韃妖”、“妖胡”。洪秀全宣稱：“爺(上帝)今聖旨斬邪留正，殺妖，殺有罪，不能免也。”並針對基督教的謙卑、寬恕等說教，宣布“過於忍耐或謙卑，殊不適用於今時，蓋將無以管鎮邪惡之世也”，從而將誅妖與救世的政治目標結合起來。
這次起義是拜上帝會組織和發動的，而拜上帝會則源於基督教。拜上帝會的創始人馮雲山，據說在1848年訪問過郭士立牧師，並在其名下領洗。漢會在1853年9月27日也報告說，馮雲山在三年前與廣西漢會成員接觸，其後成為漢會成員，曾受業於郭士立牧師門下。郭士立是早期來華的基督教傳教士，其神學思想和傳教方式深受的影響。摩拉維亞弟兄會的信仰以基督為中心，但上帝與基督彼此同一。禮拜儀式簡單，僅有洗禮、唱詩、讀經和禱告。主張消除等級特權，強調人人平等，信徒之間互稱兄弟姊妹，提倡實行財物公有。信徒依性別、婚姻劃分小組，由組長負責紀律與靈修，以保證生活嚴謹。每位信徒均可自由傳道，因無確定的教義標準和信仰條文，傳教皆隨個人意願而為，不受布道會的約束。由於漢會的傳教活動早已進入廣西一帶，其成員進入拜上帝會並發生影響，也屬當然之事。洪秀全、馮雲山、洪仁玕等人與那些傳教士都有聯係，因而拜上帝會的信仰體係與漢會有著不可否認的淵源關係。但在革命活動中，他們又糅合進自己的社會、政治理想及中國的傳統思想，使其在許多方麵與基督教大相徑庭。這種“異端”趨向，隨著太平天國運動的發展而日益顯著。
對於基督教的傳統節日，拜上帝會也一無所知。洪秀全在1859年下詔規定：正月十三為“太兄升天節”(耶穌升天之日)，二月初二為“報爺節”(對上帝感恩之日)，二月二十一為“太兄暨朕登極節”，三月初三為“爺降節”(楊秀清自稱上帝附體傳旨日)，七月二十七為“東王升天節”(楊秀清遇害日)，九月初九為“哥降節”(蕭朝貴自稱耶穌附體傳旨日)。後期雖有慶祝耶穌聖誕的活動，但僅是舉行禮拜和擺設盛筵，並無基督教的傳統禮儀，也非全體信徒都慶祝聖誕節。
洪秀全從《勸世良言》中汲取“上帝當拜，人人所同”，“普天之下皆兄弟，上帝視之皆赤子”的平等觀念，但不接受謙怯自卑、安於命運、順從官府等說教。拜上帝會將宗教上的平等觀念擴大到政治和經濟製度上，把靈性上的平等推及到現世生活中，提出男女平等，人人平等，民族平等的主張，呼籲世間的兄弟姊妹“跳出邪魔之鬼門，循行上帝之真道，時凜天威，力遵天誡，相與淑身淑世，相與正己正人，相與作中流之砥柱，相與挽已倒之狂瀾，行見天下一家，共享太平”，實現“有無相恤，患難相救，夜不閉戶，道不拾遺，男女別途，舉選上德”的理想社會。
拜上帝會的宗教禮儀多屬無師自創，因而呈中西混合的形式。舉行洗禮時，大堂一端的神桌上置明燈兩盞，清茶三杯。男女分坐左右，開始時齊唱讚美詩，主禮人講道。祈禱時，全體向著陽光進入處跪下，由一人代眾禱告。新皈依的教徒要寫一張“悔罪奏章”，上書本人姓名，行禮時由本人高聲朗讀，讀畢焚化。主禮人問求洗者：“願不拜邪神否？願不行惡事否？願恪守天條否？”求洗者悔罪立願後跪下，主禮人從大盆清水中取水一杯，灌於受洗者頭頂，同時念道：“洗除罪惡，去舊從新。”然後領洗者起立，自飲清茶一杯，再以盆中清水自洗胸口，表示洗淨內心。教徒也常到河中浸洗，同時祈禱認罪求赦。受過洗禮者即可承領各種祈禱文，在早晚禮拜和食飯時念誦。此外還有婚、喪、動土等的祈禱文，在舉行儀式時念誦，其儀式類似中國祭祖拜神舊俗。