中期禪宗：
六祖慧能門下悟道者共四十三人，各化一方，所謂“一花開五葉，結果自然成”，晚唐至北宋初期，共分臨濟宗、曹洞宗、雲門宗、法眼宗、溈仰宗五宗，再加上臨濟門下分出的黃龍、楊歧兩派，合稱五宗七派（或稱五家七派），為唐朝以後的佛教主流。但宋朝後，僅存臨濟與曹洞二宗。
“五家七派”，主要出於石頭、洪州二宗。溈仰、臨濟二宗出於洪州道一門下，曹洞、雲門、法眼皆出於石頭希遷門下，主要為：
溈仰宗。百丈懷海門下溈山靈祐及其弟子仰山慧寂創立於湖南寧鄉溈山密印寺，慧寂治所在棲隱寺（今江西宜春的太平興國寺）。
臨濟宗。百丈懷海門下黃蘗希運禪師住持黃蘗寺（在今江西宜豐縣）初露端倪，臨濟義玄從希運學法33年之後往鎮州（今河北正定）滹沱河畔建臨濟院創立。臨濟宗傳至石霜楚圓（986－1039）門下，又分出黃龍派、楊岐派。
黃龍派。慧南創立。因其住黃龍山（在今江西南昌市）而得名。
楊岐派。方會創立。因住楊岐山（在今江西萍鄉上栗縣）而得名。後由大慧宗杲光大，傳授話頭禪法，大行於世。
曹洞宗。由洞山良價與其弟子曹山本寂創立，良價禪師治所在今江西宜豐縣洞山，良價的弟子本寂（840－901）在洞山普利院學法數年，後到曹山（今江西宜黃境內）統揚師法，遂使宗風大舉。由於良價住洞山，本寂居曹山，所以禪林中把師徒兩人創立、弘揚的新禪宗稱為“曹洞宗”。後傳於宏智正覺禪師，建立默照禪法。
雲門宗。文偃創立。因文偃住韶州雲門山（在今廣東乳源瑤族自治縣北）光泰禪院而得名。
法眼宗。文益創立。南唐中主李璟賜諡其為“大法眼禪師”而得名。
至南北宋之際，曹洞宗門下宏智正覺禪師，鑒於臨濟宗叫人看話頭、看公案，流於空疏，故起而倡以靜坐為主的默照禪，但大慧宗杲認為曹洞宗隻教人靜坐，不求妙悟，是“默照邪禪”，對此宗大加批評。宏智正覺門下也後繼無人，在南宋後，影響力就變得非常的小。
臨濟楊歧派門下的大慧宗杲對當時的禪宗，提出兩大弊病：一種是好打高空，在公案及言語機鋒上逞能，另一則是隻知靜坐觀心的“默照邪禪”。《大慧普覺禪師語錄·卷二十》中載：“時學道人，不問僧俗，皆有二種大病，一種多學言句，於言句中做奇特想。一種不能見月亡指，於言句悟入。而聞說佛法禪道。不在言句上。便盡撥棄。一向閉眉合眼。做死模樣。謂之靜坐觀心默照。更以此邪見。誘引無識庸流曰。靜得一日。便是一日工夫。苦哉。殊不知。盡是鬼家活計。去得此二種大病。始有參學分。”他進而提倡所謂的話頭禪（又稱看話禪）以參趙州禪師的無字話頭。“隻這一（無）字，便是斷生死路頭底刀子也。妄念起時，但舉個無字，舉來舉去，驀地絕消息，便是歸家穩坐處也。”“千疑萬疑，隻是一疑。話頭上疑破，則千疑萬疑一時破，話頭不破，則且就上麵與之廝崖。若棄了話頭，卻去別文字上起疑、經教上起疑、古人公案上起疑、日用塵勞中起疑，皆是邪魔眷屬。”
大慧宗杲的話頭禪後成禪宗主流，但是到了明清之後，淨土宗興起，禪宗逐漸與淨土宗合流，形成一股新的趨勢。
晚期禪宗：
自南宋之後，禪宗衰微，明末憨山德清大師已有禪宗五家不振之歎，稱臨濟宗風，獨有紫柏真可大師可承續，然後繼無人。至於民間，則以因蓮池祩宏、藕益智旭大師的倡導，以三教合一、禪淨雙修為主流。雖然說禪淨雙修，但實以淨土宗稱名念佛求往生為主，已經不是原有禪宗宗風了。
明末臨濟宗的高僧密雲圓悟法師，在浙江天童寺傳授臨濟禪法。其弟子漢月法藏，作《五宗原》介紹禪宗五家，以圓相為萬佛之祖，臨濟為正宗，但遭到圓悟法師反對，作《辟妄七書》、《辟妄三錄》以反駁。法藏弟子潭吉弘忍作《五宗救》，為法藏申辨，並認為《辟妄》諸書為偽書，加以批判。清初，法藏一派在南方得到一些人的支持。清雍正皇帝，自許為禪宗血脈，編集《雍正禦選語錄》，並撰寫《揀魔辨異錄》，以上諭要求各地地方官對法藏、弘忍一係的僧人嚴加調查取締。表麵上是為了維護佛門正統，實則是對各地僧人進行清查與思想控製，於是禪宗大衰。