1877年9月，清政府終於贖回這條鐵路，他們的做法仿佛讓英國人看見了活鬼--清廷下旨立即將全路拆毀。負責辦理此事的是沈葆楨。他的舉動讓郭嵩燾大失所望。一年前的2月7日，即將出任駐英公使的郭嵩燾拜訪翁同龢，郭大談經世抱負，欲天下皆開煤礦，全中國遍修鐵路。他提到，朝廷重臣之中，洞悉洋務者隻有李鴻章、沈葆楨、丁日昌三人。精明如郭嵩燾也未能料到，自己看好的沈葆楨，“洞悉洋務”不過也是葉公好龍。
當然，沈葆楨拆除鐵路，也有不得已的緣由。保守派對新科技的抵製背後有位高權重的支持者。當時劉銘傳上書建議築鐵路後，很快遭到內閣學士張家驤的反對。他列舉出築鐵路的三大弊端:一是清江浦非開放口岸，如果鐵路修好了，商業發達，會比上海、天津更為熱鬧。倘若洋人覬覦，何以應之?二是鐵路沿線遇到田畝、屋廬、墳墓、橋梁，是平毀還是讓民眾遷徙?火車電掣風馳，必然貽害民間。三是建設鐵路會影響招商局海運收入，恐怕從前的投資無法取償。這些理由現在看起來都很瘋狂，但在當時顯得“思維縝密”。張家驤請朝廷“宸衷立斷，將劉銘傳請造鐵路一節，置之不議，以防流弊而杜莠言”。張是光緒帝的師傅，帝師們多與皇帝生父關係密切，勢力盤根錯節，影響力遠遠大於劉銘傳之輩。拆路一事，確實非沈葆楨本心。沈氏大興福州船政學堂，居然又同時拆除鐵路，看起來幾乎“人格分裂”，但這正是當時朝廷大臣內部爭鬥的必然結果。
福州船政學堂作為晚清海軍人才成長的搖籃，分為前學堂與後學堂。前學堂專管輪船修理製造，培養船隻製作人才;後學堂學習航海河運駕駛技術，英文、算術、幾何、代數、水重學、電磁學、光學、音學、熱學、地質學、天文學、航海術等都是常設課程。船政學堂雇有洋教習，管理、考試、獎懲相當嚴格，和傳統私塾教育不僅形式有別，而且課程內容幾乎都是當時國人所不了解的自然科學。正是在拆除吳淞鐵路這一年的3月31日，清政府派遣的第一批歐洲留學生從福州馬尾港出發，前往英國學習。
很快，清廷意識到，不接受火車已經不可能了。1901年，慈禧如果不選擇乘坐火車，那就要像當初逃離北京那樣一路靠人力轎子，沿路慢慢顛簸回京。回鑾的火車開到了保定，王公和大臣的車廂掛在慈禧的車廂之後，大家都得以“特快”回京城。大臣們抱怨說太擠了，機車尚有餘力，於是大家準備在車後再掛一節車廂。此事居然被慈禧發現了，立刻製止。這樣，袁世凱和其他大臣隻得繼續擠車。