於是，秦檜開始精心組織安排，準備殺掉嶽飛等人。他先派諫官萬俟卨製造、收集偽證，然後又串通張俊，收買了嶽家軍的重要將領張憲的部將王貴、王俊等，令王貴、王俊誣告張憲和嶽飛的兒子嶽雲，把張憲和嶽雲捕入獄中。在送交高宗的“罪證材料”中，有一封偽造的書信，其中有嶽飛令張憲舉兵之辭，高宗看了，驚懼不已，立即批準逮捕嶽飛。
嶽飛被人騙入大理寺，他看到嶽雲、張憲遍體鱗傷，不禁怒火中燒。他袒出脊梁，露出母親所刻的“精忠報國”四個字，在場諸人無不震驚。問官何鑄在審查材料時見所告不實，就向秦檜請求撤銷此案。秦檜當然不肯，把案子轉交死黨萬俟卨審理。嶽飛等人雖經嚴刑拷打，始終一言不發。
在迫害嶽飛的過程中，秦檜已代表南宋同金兀術簽訂了“和約”，規定兩國以淮水為界，割唐、鄧二州與陝西諸地；歲貢銀兩、絹匹各二十五萬；北方人流寓江南者，任其歸回舊地。
高宗沒想到條件如此低，不僅滿口答應，甚至還心存感激，連忙發誓同意，這就是宋金對峙史上的第二個“和約”，史稱“紹興和約”。
嶽飛被關已兩月有餘，秦檜等人還是找不到足夠的證據，在逼迫嶽飛簽字畫押時，嶽飛寫下了“天日昭昭、天日昭昭”八個大字。後來，秦檜在老婆王氏的慫恿下，發出密令，將嶽飛、張憲、嶽雲等人處斬。在行刑之時，還特囑多設防衛，以免有人劫法場。對嶽飛的親朋故舊，也不放過，殺戮流放，極盡迫害之能事。
對於嶽飛的被害，當時就引起了公眾的憤怒。韓世忠已被罷職，但他還是當麵質問秦檜說：“嶽飛到底犯了什麼罪？有何證據？”秦檜說：“莫須有。”“莫須有”是宋時的口語，意思是也許有。韓世忠聽了，十分氣憤地說：“‘莫須有’三字，怎可服天下人！”
秦檜就是這樣一個十惡不赦的奸徒，他之所以能在南宋時期興風作浪，實在跟他縱奸有術大有關係。
首先，他在總的方麵抓住了金強宋弱的特點，利用南宋積弱不振的局麵和朝廷裏多有主和派的情勢來為金朝賣力。他還深深地抓住了高宗極怕迎還“二聖”或是金人讓欽宗在北方立朝的心理，牽製高宗，讓他乖乖地跟著自己走。即使有一時的不便，他也不喪失信心，而是等待時機，以求一逞。
其二，他嚴酷地迫害政敵，且必欲把對手置於死地而後快。例如，大學者胡銓任樞密院編修，對秦檜的投降行為極為憤慨，就上書高宗，要求斬秦檜以謝天下。秦檜立刻把他貶至昭州。後來陳綱上書附和胡銓，秦檜又借小故把他貶往當時稱為“死地”的安遠，終於使他死在貶所。邵隆對秦檜主持簽訂的“紹興和約”很不滿意，秦檜就先行貶官，再用毒酒毒死他。總之，秦檜對反對他的人毫不容情，被他殺死的人不知有多少。
其三，他善於見縫插針，造謠離間，撥弄是非，借此製造群臣間的矛盾，拉攏自己的勢力。張浚本來是趙鼎的好朋友，曾推薦趙鼎做宰相，經過秦檜的離間，趙鼎與張浚反目成仇，反去幫助秦檜排擠張浚。後來，趙鼎也被秦檜排擠，兩人晚年在貶所相會，談起前因後果，才恍然大悟，知道為秦檜所騙。就這樣，秦檜在朝廷之中竟能左右逢源。
其四是他發語不多，言出必中。他在與人討論問題時，一旦覺得對方反對自己，就住口不說，等對方說完，他尋找破綻，出語攻擊。例如，大臣李光在討論政事時頂撞秦檜，秦檜就沉默不語，等李光說完，秦檜才慢慢地說：“李光沒有做大臣的禮法。”結果使得高宗對李光十分不滿。秦檜的這種做法看來很簡單，但要掌握到火候上則十分不易，一旦使用純熟，往往能生出奇效。