案件審理程序存在的問題：
評查中發現，行政案件出現瑕疵和執法過錯問題，更多的是由於審理程序不當。
1.程序拖遝，反複發還重審，造成司法資源的浪費和當事人的訴累。行訴法規定：原判決認定事實不清，證據不足，或者由於違反法定程序可能影響案件正確判決的，裁定撤銷原判，發回原審人民法院重審，也可以查清事實後改判。依據上述法律規定，二審法院可以發回原審人民法院重審，也可以查清事實後改判。但在潘家國案中，經過三輪訴訟、一審判決連續三次被撤銷的情況下，中院又一次提起再審，本可以直接改判，卻再一次發還，致使不堪訴累的潘家國對法院喪失信心，拒不參加庭審。中院辦案程序拖遝，不必要的發回重審既浪費了司法資源，降低了訴訟效率，又給當事人造成了巨大負擔。
2.對本院已經生效的判決提起再審不經審委會研究。行訴法規定：人民法院院長對本院已經發生法律效力的判決、裁定，發現違反法律、法規規定認為需要再審的，應當提交審判委員會決定是否再審。但在潘家國案中，中院以原審違反法定程序為由提起再審，從案卷材料看，提起再審未經審委會研究，做法顯然不當。
3.上下級法院對申請再審的審查程序不規範。行訴法規定：當事人對已經發生法律效力的判決、裁定，認為確有錯誤的，可以向原審人民法院或者上一級人民法院提出申訴。可見，對當事人申訴的審查，應由原作出終審裁判的人民法院受理，不服該審查的可以繼續向該法院的上一級法院申訴。但本次評查中有兩起案件，分別存在著受理申訴審查級別不當或上下級法院對同一申訴案件審查結果相悖的情形。如在劉建業案中，區法院受理劉建業申訴、對中院終審裁定進行審查的做法不規範。因為一審法院無權對上級法院已經發生法律效力的判決、裁定是否正確作出判斷，該案雖然最終實體審查結果並無不當，但申訴審查程序欠妥。再如婁某某上訪案，婁某某對司法局作出的行政複議決定不服，向法院提起行政訴訟。一、二審法院經一次發還重審，最終維持了司法局的行政複議決定。婁某某不服該行政判決，繼續向省高院和中院提出申訴。在婁某某向省高院申訴期間，2008年6月，中院作出行政裁定，決定對該案進行再審。對此情況，省法院並不了解，仍對已撤銷的裁判進行審查，2008年12月，省法院駁回了婁某某的再審申請。上下兩級法院缺乏溝通，均對當事人的申訴進行審查，結果相異，引起重複訪。
4.審理超期限，導致當事人被超期羈押。如曹林秀上訪案，其因多次無理纏訪、滋事鬧訪被勞動教養一年，自2002年10月28日起，至2003年10月27日止。曹林秀不服勞教決定，提起行政訴訟。法院於2003年4月7日立案，後裁定曹林秀勝訴，7月28日將判決書送達曹林秀，8月1日將判決書交郵，向被告勞教委郵寄送達。法律規定，郵寄送達判決書的，以交郵日期為結案時間。即該案的結案時間為2003年8月1日。法律規定，審理第一審行政案件的期限為三個月，有特殊情況需要延長的，由省法院批準。本案案卷中沒有省法院批準延長審限的手續，該案結案時間應為7月8日前。8月1日的實際結案日期比法律規定期限晚了二十四天，致使當事人被超期羈押，顯係程序違法。
5.裁判文書出現文字錯誤，卷中材料不完整。有2起案件存在此類問題。蔚祥習案的正副卷宗未分開裝訂，合議筆錄中合議庭成員缺少一人簽字，趙少波案的判決書未加蓋公章等。
部分上訪係由行政機關的工作瑕疵引起的，與法院行政審判行為無關：
行政機關的行為雖然最終從處理結果看是正確的，但是處理過程存在瑕疵，引起行政相對人的不滿而上訪，比較突出的是劉佳麗上訪案。2004年，唐山市某縣國土資源局對劉佳麗的丈夫路某某作出了拆除確權證所標尺寸以外建築物的行政處罰決定，劉佳麗不服，提起行政訴訟。法院審理認為，縣國土資源局依據核發的土地使用證，對路某某違法占地行為進行處罰並無不當，遂維持了該行政處罰決定，並予強製拆除。但評查發現，縣國土資源局在核發路某某土地使用權證的過程中存在瑕疵，劉佳麗對宅基地的勘驗過程和宅基地四至的確定有異議。劉佳麗對該行政案件的申訴上訪，是對原具體行政行為不滿的延伸。