第三卷寫道：格列佛又隨“好望號”出海，遇上海盜，一座會飛的島嶼將他救起。這個名叫“勒皮他”的飛島驚人的龐大：在半空飛行的過程中，它把太陽遮住了六七分鍾。島上的人相貌異常，衣飾古怪，因為容易陷入沉思默想而需要仆人用特殊的拍子打醒。
格列佛被救上飛島之後，慢慢了解到飛島的構造：
飛島，或者說浮島，直徑達七千八百三十七碼，或者說四英裏半，所以麵積有十萬英畝。島的厚度是三百碼。底盤是一整塊碟形金剛石，上麵覆蓋著一層層礦物，最上麵是土壤。飛島中央有一個直徑五十碼的“天文學家之洞”，裏麵安置著決定該島命運的東西。那是一塊形狀像梭子的巨大磁石。長六碼，最厚的地方至少有三碼。磁石中間穿著一根極其堅硬的金剛石軸，依靠這軸，磁石即可轉動。因為磁石在軸上絕對平衡，所以就算力氣最小的人也可以轉動它。
對於“勒皮他”的飛行原理，作者這樣寫道：
飛島就是借助於這塊磁石，或升或降，或從一處移動到另一處。在這位君王統治的這部分土地上，那磁石的一端具有吸力，另一端具有推力。如果把磁石豎直，讓有吸力的一端指向地球島就下降；如果讓有推力的一端指向地球，島就徑直往上升。假如磁石的位置是傾斜的，島的動向也是傾斜的，因為這磁石所具有的力量總是在與其方向相平行的線上發生作用。
在17世紀那種農業和手工業環境下，能夠懸浮在半空，靠磁力驅動的勒皮他島無比的科幻，體現了作者驚人的想象力。飛島構思之奇特，景象之壯觀，不僅在當時堪稱神奇，就是對後世讀者也多有震撼。
勒皮他的國王和貴族都住在飛島上，老百姓則住在巴爾尼巴比等三座海島上。如果老百姓要造反，國王會：①把飛島籠罩在叛亂子民上方，讓他們無法得到陽光和雨露，饑餓致死。②從島上往下扔石塊，將下方的建築和人民砸死。③直接用飛島壓下去，飛島下方的金剛石底座將整個城市夷為平地。
格列佛離開飛島後，來到巴爾尼巴比進行訪問，並參觀了島上的拉格多科學院。這所科學院研究的都是些荒誕不經的課題，比如從黃瓜裏提取陽光、將糞便還原為食物、把冰煉成火藥、用豬耕地、軟化大理石想做出枕頭和針氈等等，結果造成全國遍地荒涼，房屋坍塌，人民無衣無食。
爾後，格列佛又遊覽了拉格奈格王國，見到一種長生不死的人“斯特魯德布魯格”。這又是一個非常科幻的設定。但一般人追求的長生不老，在斯威夫特筆下卻是噩夢般的存在。
在第四卷，斯威夫特為我們描繪了一個由馬建立的文明—慧駰國。這個馬族國家位於南緯45度，距馬達加斯加不遠的印度洋裏，與周圍隔絕。主人公格列佛被叛亂的船員拋棄到這個大島上，遇到了文明的慧駰。它們建立了使用石器的文明社會，還不會使用金屬，也不會建造船隻，所以從來沒有離開過他們的島。慧駰們吃熟食，能夠建立房屋，有社會等級。最重要的是，慧駰們擁有天使般理想的品質：理智賢明、勤勞勇敢、仁慈友愛、公正誠信。在慧駰國裏，雖然按馬的毛色不同分貴賤優劣，但它們都很友愛，“仁慈和友誼”是這個國家的兩種美德。
在那裏，與慧駰相對的，是醜陋肮髒的野獸耶胡。耶胡原文是Yahoo，雅胡、野胡、野猢、雅虎等多種名稱是翻譯的問題。耶胡與人外貌相同，然而全無智慧和理性。慧駰向格列佛介紹，該國以前沒有耶胡。許多代以前，最早的兩隻耶胡出現在爛泥裏，然後繁衍開來。文明高貴的慧駰們從來沒有發現耶胡有些許智慧的表現，即便是訓練作牲畜也非常不合格。所以，剛上島的時候，格列佛不得不攪盡腦汁，反複向慧駰證明自己有智慧。在目睹了耶胡的醜陋與慧駰的高貴之後，格列佛被慧駰的誠信友愛所征服。後來他回到英國，仍然視同類為野獸，而把馬當做智慧的朋友。
在神話和傳說中，會說話的聰明動物數不勝數，然而，像慧駰這樣建立了國家和文明的，卻是有史以來第一回。在《格列佛遊記》中，非人類智慧文明第一次登上人類文學的舞台，而且非人類智慧文明也是科幻小說一個非常重要的題材。
1752年，法國哲學家伏爾泰（Voltaire，1694—1778）在《米克羅梅加斯》（Micromégas）中，描寫了天狼星人米克羅梅加斯的旅行。他身高4千米，才華橫溢，風度綽約，因為堅持自己的觀點而被天狼星法官流放。他有時憑陽光指路，有時靠慧星定向，從一顆星球飄到另一顆星球，宛若鳥兒從一條樹枝躍向另一樹枝。後來他來到土星，盡管土星人比他矮許多，他還是和一個土星人交上了朋友。兩個人結伴而行，跳上一顆慧星，來到了地球。最初因為他們太過龐大—地中海在他們眼裏就像是個小池塘—沒能發現地球上的生命。後來借助鑽石做的顯微鏡，終於發現了人類的存在，這引起了雙方在哲學上的辯論。