對奇跡般的創造行為，這些作者並沒有表現出比對一般的生殖更加大的驚奇，然而他們是不是真正的肯定，一些元素的原子在悠久的地球曆史時期中，會突然被變成活的組織呢？在每次假定的創造行為中他們是否肯定都會產生出某個個體或多個個體呢？全部無法計數種類的動物與植物被創造出來時到底是卵還是種子還是完全長成的成體呢？倘若是哺乳類的話，是否它們是帶著營養的虛假印記被創造在母體子官呢？毋庸置疑，那些確信隻會出現或創造少部分生物類型或一種生物類型的人是沒法解答此類問題的。若幹位作者曾主張，確信創造成百萬種生物和創造一種生物是同等容易的：然而莫波丟伊的“最小行為”的哲學名言會指引更願意去接受不多數目的思想：可是我們絕對不應相信，生物在創造出來時，各個大綱裏的數之不清就有著遺傳自單獨某個祖先的顯著的、騙人的印記。
作為事物早先狀態的紀錄，我在上麵各個節及另外的的地方記下了一些博物學者們相信各個物種都是被分別創造的語句；我由於此般表達意見而遭到很大責難。然而，不用懷疑，當本書第一版出現之時，這是當時通常的觀點。從前我同諸多博物學者討論過關於進化的問題，可無一次遇到過何種的讚同。那時可能一些博物學者確實相信進化，可是他們要麼閉口不言，要麼敘述得相當模糊使得很難理解他們所表達的意義。目前的情形完全不一樣了，基本上一切的博物學者都不否認偉大的進化原理。即便這樣，依舊有一些人，他們相信曾經物種經由令人無法解釋的方式而忽然產生出新的、差異極大的類型；可是，就像我以前竭力說明的，諸多證據能夠提供反對該種巨大而忽然的變化，從科學的觀點看來，便於進一步研究，深信新的類型可以以難以理解的方式忽然從舊的、非常相異的類型當中發展出來，和深信物種由塵土中創造出來的舊信念比較起來，並沒有優越的地方。
人們或許會問，究竟我要把物種變異的學說延伸到多遠。回答該問題非常困難，因越是我們所談論的類型不一樣，對係統一致性有好處的論點的數量就越少，它的說服力也便越弱，可是最有力的論點能夠延伸得很遠。一條親緣關係的鏈子將整個綱的全部成員相聯結，全部都可以依群下分群的相同原理來與之分類。有時化石遺骸有某種可以將現存諸目之間的巨大空隙填充起來的傾向。
殘跡狀態下的器官明了地顯示，某種早期祖先的此類器官是相當發達的；在某些情況當中這意味著其後代已產生了相當多的變異。整個綱中，一切結構都是在相同式樣下產生的，且初期的胚胎互相之間密切相似，因而我不得不相信相同大綱或同一界的全部成員都被變異相伴隨的生物起源學說所包括是正確的。我肯定動物最多是傳自於四種或五種祖先，而植物也是傳自於相同數目或較少數目的祖先。
經類比方法讓我更進一步肯定，全部動物與植物都傳自某一種原始類型。然而又或許我們被類比方法引入歧途。即便這樣，全部生物在其化學成分上、細胞結構上、生長規律上、對於不利影響的易感性上，它們都存在諸多的相同之處，甚至經由下麵好像不重要的事實我們也能夠發現此點，也就是同一毒質通常可以一樣地對各種植物與動物產生影響；癭峰分泌的毒質可以讓野薔薇或橡樹出現畸形。在全部生物中，除一些最低等的生物之外，從根本性質上看有性生殖好像都是類似的。在全部生物中，就目前所了解的而言，起初的胚胞是一樣的，因而全部生物都起源於共同的根源。我們隻要了解一下這兩個主要部分--也就是動物界與植物界--我們會觀察到一些低等類型這樣具有過渡的性質，使得在確定它們到底應該屬於哪一界的問題上竟引發了博物學者們的爭論。
就像阿薩·格雷教授所說的，“可以說最初在特性上諸多低級藻類的孢子與另外的生殖體有著動物的生活，今後又不用懷疑地有著植物的生活”。因而，從伴隨著性狀分支的自然選擇原理來看，動物與植物起源於如此一些低級的中間類型，應該是可信的；並且，倘若我們承認了此點，則我們就應當一樣地承認在這世界上棲息過的全部生物都傳自於某一原始類型。可是該推論主要根據類比方法，它可不可以被接受是無關緊要的。就像劉易斯先生所主張的，不用懷疑，在生命的開端期也許就會產生諸多不一樣的類型：然而，倘若真是這樣，那我們就能推斷，僅有少部分類型曾經有變異了的後代被遺留下。因為，就像最近我所提出的有關各個大界、像“脊椎動物”、“關節動物”等成員的觀點，在其胚胎上、同原結構上、殘跡結構上，我們都可以提供顯著的證據用來證明各個界裏的全部成員都傳自於單獨某一個祖先。