根據遷徙產生變化的觀點，我們就可以理解隻有少部分物種在海洋島上生活，而且其中有諸多物種是不同一般的即為本地獨有的類型。我們清楚地了解那些無法逾越萬裏波濤的動物群的物種，像蚌類與陸棲哺乳類，何以不在海洋島上生活；另一方麵，還能夠理解，同蝙蝠一般的這些可以橫渡海洋的動物，其奇特的變種為何在大海中的孤島上可見。蝙蝠的特殊物種可見於海洋島上，卻無任何另外的陸棲哺乳類，倘若用獨立創造的學說來說明此種情形，就完全得不到說明。
倘若兩個地區存在密切近似的或典型的物種，則依照伴隨著變異的生物起源學說的觀點來說明，這意味著從前同一種親類型曾生活在這兩個地區，而且，一旦在兩個地區我們找到有密切近似的物種生活，我們絕對還能找到兩個地區所共有的另外的物種。無論何地，在那裏倘若找到諸多密切近似的而差異顯著的物種，則在該地一樣也能找到同一群的可疑類型與變種。諸地區的生物定然同移入者的最近根源地的一些生物存在關聯，這是一個通常規律。經加拉帕戈斯群島、胡安·斐爾南德斯群島以及別的美洲島嶼上的差不多全部的動植物和相鄰的美洲大陸的動植物的生動關係中，我們極易體會到此點：在佛得角群島以及另外的非洲島嶼上的生物和非洲大陸生物的關係中我們也可以看到這點。不能否認，依照特創說，此等事實是沒法解釋的。
我們已經看到，全部過去的與現代的物種都可以群下分群，且絕跡的群一般介乎現代諸群之間，在這般情況下，它們都能夠歸入為少部分的大綱內。依照自然選擇以及自然選擇所導致的滅絕與性狀差別的學說，該事實是能夠理解的，而且依照相同的原理，我們還可以理解，各個綱裏諸類型間親緣關係錯綜複雜的緣由。我們一樣可以理解，為何在分類上一些性狀比另外的性狀更為有用--為何某種適應的性狀盡管對於生物相當重要，然而在分類上卻基本上毫無價值，為何經殘跡器官而來的一些性狀，盡管對於生物毫無用處，可在分類上通常卻有著高度的價值；另外，胚胎的性狀何以一般有著最高價值。與其適應性的類似相反，全部生物的真實的親緣關係能夠歸因於遺傳或係統的共同性。“自然係統”是某種依據譜係的排列，經所得到的差別諸級，通過變種、物種、屬、科等術語來表示的；我們應當經由最穩定的性狀去找尋係統線，不論它們是什麼，也不論在生活上它們如何不重要。
形成人的手、蝙蝠的翅膀、海豚的鰭以及馬的腿的骨骼都是相似的--長頸鹿頸與象頸具有著相同數目的脊椎--以及數不清另外的類似事實，依照和緩慢的、微細而不間斷的變異相伴隨的生物起源學說，立即能夠得以解釋。蝙蝠的翅膀與腿--螃蟹的顎與腿--花的花瓣、雄蕊與雌蕊，即便使用目的不一樣，可它們都有著相似的結構樣式。此等器官或部分在諸綱的早期祖先中曾經是相似的，可後來慢慢產生了變異，從此觀點出發，在大體上上述的相似性還是能夠解釋的。不間斷的變異不一定產生在早期年齡中，而且其遺傳發生在相應的而並非是更早的棲息時代；依照該原理，我們能夠更為清楚地理解，何以哺乳類、鳥類、爬行類與魚類的胚胎會這樣酷似，而其成體類型又完全不同。如不得不借助非常發達的鰓來呼吸溶解在水裏的氧氣的魚類那般，呼吸空氣的哺乳類或鳥類的胚胎有著鰓裂與弧狀動脈，對於此點，我們不必訝異。
時而由於生物的自然選擇，長期不使用某些器官使得這些器官會在改變了的棲息習性或生活環境下失去作用且慢慢縮小；依照此觀點，殘跡器官的意義就被我們所理解。然而在生存鬥爭中不使用與選擇往往是在各個生物成熟而且必定在充分發揮作用時，才可以對生物產生影響，可是對早期生活中的一些器官不會產生何種影響；所以在這初期年齡那些器官不會縮小或變為殘跡。比如，小牛從某個有著十分發達牙齒的早期祖先那兒遺傳了牙齒，可其牙齒卻從不穿出上顎的牙床肉；我們應該相信，由於在自然選擇的作用下，舌與顎或唇變得十分適於吃草，而不用借助於牙齒，因而從前成長動物的牙齒就因為不使用而縮小了；然而在小牛中，牙齒卻未受到影響，而且依照遺傳在相應年齡的規則，它們從遙遠的時期一直遺傳到現在。那些一點用處都沒有的器官，比如小牛胚胎的牙齒或者是諸多甲蟲的連合鞘翅下的萎縮翅，既然會數目眾多地存在，倘若用各個生物以及它的所有相異部分都是被特別創造出來的觀點來說明的話，這是無法說通的。能夠說“自然”曾經想方設法地運用殘跡器官、胚胎的以及同原的結構來泄露其造物的設計，隻不過我們太粗心，因而無法明白它的苦心。