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十二月十二日（1896年1月26日），《申報》第2版刊出消息《強學停報》：
“昨晚七點鍾，南京來電致本館雲：自強學會報章，未經同人商議，遽行發刊，內有廷寄及孔子卒後一條，皆不合。現時各人星散，此報不刊，此會不辦。同人公啟。”
“同人公啟”，似指《強學會章程》所列名的16人，但實際上的決定者是張之洞。“各人星散”，也說明了康有為離開之後強學會與《強學報》的情形。
也正在此時，光緒二十一年十二月初七日，禦史楊崇伊參劾京師強學會，光緒帝當日下令封禁。十二月十四日，經元善聞封禁該會的消息，立即發電張之洞：
“《新聞報》登京電，強學會奉旨封禁。憲台撥銀一千五百兩，康主事已支用過八百兩，尚存七百兩，應否止付？速候憲示。元善稟。”
由此可見，康有為辦《強學報》等事，已支用張之洞所捐銀800兩，占其支出總數約一半。對此，張之洞回電，對該款項表示“不便與聞”，以擺脫幹係。而從後來的情況來看，經元善也停止了付款。
光緒二十一年九月二十日至十二月初五日，康有為與張之洞之間有著兩個多月的交往。在此期間，南京的十多天大約是他們的蜜月期，康到上海後，平靜的日子還維持了一段，梁鼎芬、黃紹箕奉張之洞之命還在勸康；大約從十一月起，裂縫越來越大，以致最後破裂。從此兩人再無合作。
從事情本身來探討，兩人破裂主要原因有二：其一是兩人性格，康有為、張之洞皆是自我意誌堅強的人，康不願屈從權貴，而自認為是後台老板的張絕不會允許康如此自行其事；其二是“孔子改製”，即所謂“康學”，這本是學術之爭，然到了此時，已成了政治鬥爭，張也不允許將《強學報》變為宣揚“康學”的陣地。光緒二十一年十二月十二日，回到廣州的康有為，致信其正在上海的弟子何樹齡、徐勤，稱言：
“寄來星信悉。覽鄧仲果書，乃知為學術不同，疑我借局以行其經學，故多方排沮（中國亡無日，生民無噍類，而彼尚如此，可哀可痛）。我向不知此意，則尚相敬也，不過意見不同，不能容耳紀年事，南皮原麵許，今一切全翻，亦不足計。今不過主筆二人待麵商後，去留乃定未遲。以忌我之故，並排及孔子，奇甚，孔教其衰矣！既排孔子紀年，則報不宜發，以重增其怒。若遽不書紀年，自我改之亦不可，宜停後再舉，乃可改也。吾不能力爭，吾亦作孔子罪人。嗚呼！豈料攻孔子不談經學者，乃出於所謂清流者乎！孔子已矣。幸彼疑專為托局以行其經學，尚可解。死亡無日，此輩見地如此，大奇大奇仲弢雲，十二出滬。接信此時想已過。此君通達實心，惜二子不能與之談，不能自白也。堅守數日，以此事累子，相見不遠。”
由此可見當時分歧之所在。“既排孔子紀年，則報不宜發，以重增其怒。若遽不書紀年，自我改之亦不可，宜停後再舉，乃可改也”一句，指《強學報》第三號若排孔子紀年則不發，以免增對方的怒氣，若自行不排孔子紀年“亦不可”，隻能將《強學報》停辦，以後另辦報可不用孔子紀年。“仲弢雲，十二出滬”一句，說明他離開上海時知道黃紹箕將於十二日到上海與之麵商。“幸彼疑專為托局以行其經學，尚可解”一句，即張之洞一派隻是認為康有為打算以上海強學會推行其學說，雙方的矛盾“尚可解”，這似乎也透露出康此時還另有“不可解”的“經學”以外的目的。