“強學會之設，為平生誌事所在，深願附名其末。長素聰明絕特，其才調足以鼓舞一世，然更事尚少，比日時相過從。昨示大函，為之駭詫，延致諸君，遵憲居海外日久，多不悉其本末。惟此會之設，若誌在譯報刻書，則招羅名流十數人，逐漸擴充，足以集事；乃欲設大書藏、開博物館，不能不集款，即不能不兼收並蓄。遵憲以為，當局者當慎簡，入會者當博取，固不能如康公之所自出，亦不能如梁子之不因入熱。遵憲居間其中，為嶺南二妙作一調人，君意何如？”
未久，黃再致函梁：
“強學會事，頃語心蓮甚詳。公有何言語告心蓮告我？康郎之堂堂乎，張乃殊覺酸楚可憐也。”
從黃遵憲的信中內容來分析，他認為梁鼎芬與康有為之間的矛盾，在於康有意“博取”會眾，有意“集款”；梁對康有為“延致諸君”不滿，黃遵憲表示“不悉其本末”一語，亦有可能指康有為門徒徐勤、何樹齡，由康從廣東召來上海辦理《強學報》。雖說黃在信中表示在“嶺南二妙作一調人”，但從該信文字的基本態度來看，黃似已站在康一邊。 《強學報》第一號刊出後，雙方的矛盾立即激化了。從張之洞一派後來的指責來看，主要是兩項，一是刊發廷寄，二是使用孔子紀年。
《強學報》第一號刊發的光緒二十一年閏五月二十七日上諭，雖是倡導改革，也有“當此創巨痛深之日，正我君臣臥薪嚐膽之時”之語，但康在該上諭後，又加說明：
“此和議成後，發廷臣奏折：一、廣西按察使胡燏棻，二、工部主事康有為，三、軍機章京工部員外郎陳熾，四、協辦大學士徐桐，五、翰林院侍讀張百熙，六、禦史易俊，七、侍讀學士準良，八、侯爵信恪，交督撫議之。”
表明他的上書（即“上清帝第三書”）也是光緒帝交議的折片之一，這多少有點自重之意。又按當時製度，此上諭不屬可以公開的“明發”（即“內閣奉上諭”，張之於宮門鈔）；而屬“廷寄”，即“軍機大臣字寄某某”，屬保密的，不可以公開刊布。雖說當時的廷寄經常外傳，也無密可保，但在製度上仍可以抓抓小辮子。
康有為用孔子紀年，乃仿效基督教用基督誕生紀年。這是“康學”的主要特征之一，康於此也表現出有立孔教的政治企圖。張之洞與康有為之間最重要的學術分歧乃在於此。然以當時的政治觀念而言，奉正朔用紀年當屬政治表態，立教會更有謀反之嫌，康此時雖絕無與清朝決裂之意，但此舉必引來許多不利議論。此在康似尚屬理念，在張則是政治。
就在《強學報》第一號刊發之日，十一月二十八日（1896年1月12日），康有為發電給張之洞：
“聞還鎮舊楚，為之短氣。欲來相視，適病未能。母壽當歸，朔前必行。局事粗定，捐者漸至。章條、報紙寄呈，稍乏書局書，乞公留意提倡。明歲見公於漢上。為。”