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孫家鼐以黃遵憲查辦為由，拒絕了張的提議。
北京的情勢急轉直下。八月初八日，張之洞的親信楊銳被捕。十四日，楊銳等六君子不審而誅。八月十五日（9月30日）亥時（晚9-11時），張之洞發電北京黃紹箕：“黃遵憲實是康黨，都人有議者否？”張之洞在極為悲痛之際，竟突然指責昔日的朋友黃遵憲是康黨！這在當時是一個極大的罪名。而在張之洞幕中諸人，均已公開敵視。第二天晚上，八月十六日亥時，黃遵憲發電張之洞，稱梁鼎芬對其發難：
“憲病調理未痊，自揣萬難成行，二三日當請總署代奏開去差使，有負恩培，實深惶悚，惟有矢誠圖報將來耳。近有人言，汪接梁電雲，首逆脫逃，逆某近狀，逆超蹤跡何若。聞之駭詫。憲生平無黨，識康係梁介紹，強學會亦梁代列名。乙未十月在滬見康後，未通一信。卓如實憲至交，偶主張師說，輒力為諫阻。此語曾經佑帥奏聞。在湘每駁康學，曾在南學會中攻其孔子以元統天之說，至為樊錐所詬爭。此實佑帥所深悉，湘人所共聞。不意廿年舊交之星海，反加以誣罔。憲不與深辯。伯嚴曾一再函電代鳴不平。至《時務》改為官報，彼此僻處湘鄂，均不可幹涉。星海忽攘臂力爭，借我泄忿，斥為預聞。過鄂往見，麵言其故，並未絕交，乃騰播惡聲，似有仇怨，殊不可解。當此危疑時局，遏冤杜禍，均惟憲台是賴。憲素荷恩知，不敢不告。伏求密察婉釋，無任企禱。遵憲。銑。”
其中“汪接梁電雲，首逆脫逃，逆某近狀，逆超蹤跡何若”一語，“汪”是汪康年，“梁”是梁鼎芬，“首逆”是康有為，“逆超”是梁啟超，而“逆某”正指黃遵憲。黃遵憲此電自辯其非為“康黨”，並稱自光緒二十一年十月與康有為相見後，未通一信。他此時還不知道，武昌方麵早就視其為“附康”，此時在張之洞的指斥下已是同仇敵愾。
八月十九日（10月4日），黃遵憲致電總理衙門，以病要求“請開差使”。八月二十一日，總理衙門又收到劉坤一的電報，稱黃“患病屬實”，代奏黃的請求。也恰在這一天，禦史黃均隆上奏攻擊湖南，涉及陳寶箴、黃遵憲等人。清廷當日下旨將陳寶箴等人革職，並下旨：
“出使大臣黃遵憲因病請開去差使。江南道監察禦史李盛鐸著賞給三品卿銜，以四品京堂候補，派充駐紮日本國二等欽差大臣。”
第二天，二十二日，黃遵憲發電給張之洞，報告此旨命。又過了一天，二十三日，因禦史黃桂鋆上奏，清廷下令將黃遵憲秘密看管。二十五日，趙鳳昌在上海發電：“黃看管，候旨。聞英領事已電沙侯，保其命雲。”至二十六日，在日本等國的外交施壓下，清廷又命黃“即行回籍”。二十八日（10月13日），黃遵憲給張之洞發去電報：
“武昌督憲鈞鑒：奉旨：無事。即日回籍。遵憲叩。”
這是我在“張之洞檔案”中所看見的黃遵憲給張之洞的最後一電，且從檔案中也看不到張的回電，很可能就沒有回電。也就在這一時候，梁鼎芬到達上海，遞送與黃遵憲的絕交信。
時間很快過去了一年，張之洞對黃遵憲的態度仍沒有好轉。光緒二十五年八月十六日（1899年9月20日），為左宗棠之子左孝同被參案，張發電湖南巡撫俞廉三：
“來函示及左孝同被參各節，深為駭異。去年湘省開保衛局，因保甲局有紳士、大府委左隨同辦理，一切皆黃遵憲主持，通國皆知，至主民權、改服色等事，尤無影響”
他為保左孝同，將其中的一切責任皆歸之於黃遵憲。時間又過去了兩年，光緒二十七年九月十三日（1901年10月24日），兩廣總督陶模發電張之洞，詢問黃遵憲“獲咎有何字樣，曾否褫職？”並聲稱：“擬奏明令伊辦理學堂，未知可否。”此時八國聯軍還未全撤出北京，慈禧太後、光緒帝正從西安回鑾，政治風向已大變。黃遵憲當時僅下旨“因病開去差使”，“即行回籍”，並無正式的懲處，陶模若上奏請其“辦理學堂”的“總理教習”，很可能將東山再起。而張之洞在鎮壓了唐才常自立軍之後，對康黨的活動痛恨至極，收到此電後，再次激起他對黃遵憲的連帶憤恨，於十五日發回電：
“廣州。陶製台：急。元電悉。黃遵憲真正逆黨，戊戌之變，有旨看管，為洋人脅釋。湖南風氣之壞，陳氏父子之受累，皆黃一人為之，其罪甚重。且其人鑽營嗜利，險狠鄙偽，毫無可取，屢經新嘉坡華商控告。公萬勿誤聽人言。忝在相知，不敢不以密告。名心泐。寒。”