與正在上海辦理教案與蘇州開埠事務的金陵洋務局總辦、分省補用道黃遵憲商議此事，得到了黃的支持。汪又與上海紳商經元善（張之洞此時派在上海的賬房）商量，以索回張之洞捐贈上海強學會的餘款。經最初對此並不同意，且言詞激烈；然他奉到張之洞的幕僚黃紹箕、梁鼎芬的信件後，立即予以撥款。光緒二十二年五月初三日（1896年6月13日），經致汪信稱：“昨承左顧，罄談甚暢。茲送上強學會餘規銀七百兩莊票一紙”此款後來成為《時務報》開辦的主要經費之一。與此同時，梁啟超抵達上海。黃遵憲、汪康年、梁啟超、吳德潚、鄒淩瀚共同發起《時務報》。張之洞雖未直接參與其事，但也表示了對汪未從其命返回湖北而堅持在上海辦報的諒解。T米T花T書T庫T www.7mihua.com
光緒二十二年七月初一日，《時務報》第一期在上海出版。梁啟超以其精銳的思想、出色的文筆，使之風行於世。汪康年亦於該報出版初期寫信向張之洞報告，並附呈其報：
“廣雅年伯尚書大人鈞察：前奉稟敬，諒塵鑒覽。《時務報》已於初一出報，曾托念劬轉呈，想蒙賜察。第二期報已印成，謹由信局寄呈貳冊，並附第一期報二冊。伏乞察入。所慮論卑識近，不足塵大雅之觀。惟望訓正。專函敬請崇安。年愚侄汪康年謹上。”
“念劬”，張之洞的親信幕僚錢恂。張之洞收到此信後，於七月二十四日（9月1日）命錢恂發電：
“上海《時務報》館：頭期報三百五十、二期二百速寄。恂。”
二十五日，張之洞又命全省文武大小衙門書院學堂一律官費派閱。此後，浙江巡撫廖壽豐、湖南巡撫陳寶箴、安徽巡撫鄧華熙、兩江總督劉坤一、江西布政使翁曾桂等官員紛紛下令派閱或協助銷行，使《時務報》短期內獲有極大的銷路。然而，康有為的“今文公羊”、“孔子改製”等學說為張之洞等官員所不喜，汪康年更多地代表著張之洞一派的立場。梁、汪之間，由此生隙。
梁啟超考慮到《時務報》此時的財務困局及自辦報紙不易，對“孔子紀年”等項，采取了“不複力爭”的態度，對康有為提出的“再蹶再興”的強硬要求，也提出了“稍諧眾論”、“然後徐圖”的和緩對策。而他在致汪康年之弟汪詒年的信中，將其在《時務報》館中的委曲，盡情發泄出來：
“啟超之學，實無一字不出於南海。前者變法之議（此雖天下人之公言，然弟之所以得聞此者，實由南海），未能征引（去年之不引者，以報之未銷耳），已極不安。日為掠美之事，弟其何以為人？弟之為南海門人，天下所共聞矣。若以為見一康字，則隨手丟去也，則見一梁字，其惡之亦當如是”
同為《時務報》撰述的章太炎，亦因學術分歧，於光緒二十三年三月十三日（1897年4月14日）在上海被康有為弟子所毆，狼狽不堪，避走杭州。汪康年與章太炎同鄉且交善，汪自然袒章。