80年代，元化先生一度曾為黨務官員，然而，先生的本質和氣質還是帶有傳統色彩的文人作家，或者說是兼具文采風流和辦事能力的知識分子、是陳同甫一流的人物。大陸知識界經曆了八十年代的批判“四人幫”和極左思潮之後，思想解放和啟蒙教育，受到廣泛的認同。王先生常說自己是“五四的兒子”，本著這個信念，他親自主編《新啟蒙》，目的在於推動文化改造和社會進步。到了90年代知識界出現了危機，有人批評80年代的思想解放運動是“空疏”“浮躁”，對於社會現實投入過多的關注是“舍其田而耘人之田”，是喪失了學術獨立……總之是要改弦更張。在高校和研究單位，人們紛紛表示要走回書齋做專業知識分子。這些現象被李澤厚先生概括為“思想家淡出,學問家凸現”。他說“90年代大陸學術時尚之一是思想家淡出，學問家凸現，王國維、陳寅格被抬上天,陳獨秀、胡適、魯迅則退居二線”（香港《二十一世紀》1994年第六期）。
書齋是回去了，然而真正有分量的學術著作卻也沒有出現多少，許多學者隻是呀呀學語式地稗販歐美出現的各種“新理論”，枯燥、煩瑣、無味、無趣，缺少原創性。學術界、知識界的不景氣，真給人以七零八落之感。
李澤厚的說法有對的一麵，也有說得不準確的一麵，因為這個時期還有幾位老人——如王元化先生、李慎之先生、何家棟先生等人在支撐著局麵，堅持著八十年代的啟蒙和反思，在思想界努力耕耘。他們如同老樹挾霜，梅花垂露，點綴著那個獨特歲月。至今思之，還令我們這些晚輩後學後輩汗顏。
王先生最重要的著作都是90年代問世的：如《傳統與反傳統》（1990）《文心雕龍講疏》（1992）《清園夜讀》（1993）《思辨隨筆》（1994）《清園論學集》（1994）《讀黑格爾》（1997）《清園近思錄》（1998）《談文短簡》（1998）等，雖然每本書的影響不同，但王元化這個名字不是作為學者，更不是作為官員被學人們記住的，而是作為思想的領軍人物得到知識界的廣泛認同。
此時，也就是得知先生過世消息的時刻，手頭僅有《清園夜讀》《思辨隨筆》以及和李輝的對話等，這裏僅就這些做一些點評，看看先生是不是也與許多學術界人士一樣“學術凸現”而“思想淡出”了。
丁東等人的“人文對話錄”《思想操練》中，智效民、丁東等都認為王先生反思比較徹底。這不僅體現在理性認識上，而且也表現在感情的梳理上。六十五歲以上知識界人士大都知道張中曉這個“令人毛骨悚然的名字”。他是“胡風反革命集團”中最年輕的一員，被主持這個案件的人視為是“胡風集團”中最反動的分子。他被逮捕了，後因為舊病複發，咳血不止，保外就醫。 “三年困難”時期，沒工作、沒收入的張中曉實在支持不下去，向王先生寫信求援。先生也處於危難之中，沒有回應，後又來了一信，“再一次向我呼籲，訴諸我的良知，企圖喚醒我由於權衡利害逐漸變得麻木而凍結起來的同情心”（見《序·無夢樓隨筆》）。這一次，先生把信交給市委文教書記石西民，張中曉總算有了一線生機，多活了兩三年。元化先生在為序中重提此事，檢討了自己的懦弱和因此事而導致的“劇烈的心靈交戰”。這篇序文真摯坦率，特別具有震撼力，但隻有經過那個年代的人們才會理解。這是他堅持反思的出發點。
王先生說他與張中曉有許多共同“內心體驗和精神曆程，這首先表現在完全出於自覺的反思上。這種反思是痛苦的。它是以巨大的精神力量來進行的。人的尊嚴越是遭到淩辱，人的人格意識就愈會變得堅強起來。這實施加暴虐的人所不能理解的”。也就是說王先生的反思來自他的經曆和對經曆深刻的認識。
反思的焦點是啟蒙，在這個問題上王先生推重顧準，尊重他在極其艱苦條件下思想所達到的高度。然而王先生反對把思想定於一尊或一元上，主張排除先入為主的定見、定念。他說，五四以來，人們反傳統中往往運用了與傳統思維相同的模式。這就是雙方在討論問題之先，都各自具有的“意圖倫理”。王先生舉例，1919年東西方文化論戰時，蔣廷黼和杜亞泉曾就思想和態度問題進行的爭論。杜批評蔣以感情和意誌作為思想的原動力說：“先定了我喜歡什麼，我要什麼，然後用道理來說明所以喜歡以及要的緣故。”這就是“意圖倫理”。它是從一種政治信念引發出來的。這種政治信念又產生了一種意識形態的思維模式。說簡單點就是“把屁股（後改為立足點）移過來”。這意思是說：在認識真理、辨別是非之前，首先需要端正態度，站穩立場。也就是說：你在認識真理以前首先要解決“愛什麼，恨什麼，擁護什麼，反對什麼”的問題，以達到“凡是敵人讚成的我們必須反對，凡是敵人反對的我們必須讚成”。但是這樣一來，你認識的真理，已經帶有既定意圖的濃厚色彩了。