“文化大革命”十年動亂結束時，蕭勁光已七十三歲。麵對海軍的現狀，他很快從粉碎“四人幫”的欣喜和振奮中沉靜下來，隨之而來的是痛心、焦急，是不可名狀的遺憾：如果沒有黨內連續“左”的錯誤，沒有林彪、“四人幫”的幹擾破壞，人民海軍將是另一種麵貌。十年，過去的十年是怎樣的十年啊！是世界科學技術突飛猛進的十年，是各國海軍裝備發展日新月異的十年。我們海軍耽誤的太多了！他很快就全身心地投入到清除“左”的影響、轉變海軍落後麵貌的工作中去。
1978年，是新中國曆史上值得紀念的一年。這一年，通過開展真理標準大討論，砸碎了“四人幫”的精神枷鎖，使億萬人民獲得了真正意義上的第二次解放；這一年，召開了黨的第十一屆三中全會，迎來了改革開放的新時代。有心人說，1979年元旦、春節的爆竹響得時間特別長，人民群眾心裏高興。
看到這一切，蕭勁光當然高興，但作為海軍司令員，他高興不起來。1978年，他過得並不輕鬆。
這一年，海軍與全國、全軍的政治形勢是不合拍的。
3月9日，南海艦隊某部160號導彈驅逐艦在軍港內突然爆炸起火，最後沉沒，死傷官兵一百六十餘名。這是人民海軍建軍以來發生的最嚴重的一起事故，它集中反映了“文化大革命”對部隊造成的嚴重危害。蕭勁光清楚，這種危害固然嚴重，但還是表麵的。更為嚴重的是搞亂了的部隊的思想，破壞了的黨委班子的團結。
為了貫徹中央軍委關於“軍隊要整頓”的重要指示，總結160號導彈驅逐艦爆炸沉沒的教訓，海軍黨委決定並經中央軍委批準，於同年4月開始，前後用近二百天的時間，開展了聲勢浩大的“查整改”運動。原定主旨是，以160號導彈驅逐艦爆炸沉沒事件為借鑒，查林彪、“四人幫”在部隊的流毒和影響；整頓部隊師以下領導班子，整頓部隊作風紀律和規章製度；改進工作，恢複、發揚黨和軍隊的優良傳統。在這一運動中，從海軍、艦隊到軍、師各級，先後有領導和機關幹部六千餘人組成工作組，分頭深入基層艦連、駐島部隊，現場辦公現場解決問題。由於各級黨委機關協力抓落實，這次運動確也為部隊建設解決了一些實際困難和問題。但是，由於海軍黨委主要領導人思想不夠端正，在幹部問題上繼續奉行了一些“左”的做法，隨意點名批判，動輒停職、撤職甚至逮捕，傷害了一大批幹部，給部隊團結造成了新的危害，造成了新的矛盾。
同年5月開始，在鄧小平等老一輩革命家的倡導下，全黨、全國開展了一場旨在衝破“兩個凡是”束縛的真理標準大討論。幾個月的時間裏，全國多數盛市、自治區和各大軍區主要領導，都通過發表講話、寫署名文章等形式先後表態，堅決擁護這一大討論，並發動機關、部隊積極參加這一大討論。鄧小平指出，真理標準問題的討論是基本建設，不搞好這一討論，撥亂反正就難以進行。然而，在這樣一場空前規模、影響深遠的馬克思主義思想教育和思想解放運動麵前，海軍黨委按兵不動。不僅不動，對主動參加、要求參加討論的單位和個人，還製止、壓製。偌大海軍部隊，萬馬齊喑，儼然置身事外。
對這些情況和問題，蕭勁光看在眼裏，急在心上。在幾次會議上，他坦率地發表了自己的意見，但沒有被采納。強烈的責任感、使命感，使他深深感到憂慮和壓抑。盛夏的北京，天氣悶熱難熬。海軍部隊特別是黨委、機關沉悶的局麵，更使蕭勁光難以入眠。聯想到自己頭上至今還頂著一個“上賊船”的帽子，更感到苦悶。經過幾天的苦苦思索，他決定親自起草一份材料，向中央軍委和總部首長反映海軍的問題，提出解決自己問題的意見和要求。8月4日晚上，蕭勁光獲悉在德國逝世的羅瑞卿大將的骨灰第二天將接回北京。他安排好去機場迎接的車輛，坐在書案前擬定提綱，開始起草給中央軍委首長的報告。突然，他感到心前區一陣陣劇烈疼痛，之後被送進了301醫院。
經檢查確診，蕭勁光為大麵積心肌梗死，一時生命垂危。在葉劍英、徐向前等中央軍委領導的關懷下，經半個多月的搶救，蕭勁光奇跡般的戰勝死神，脫離了危險。隨後，他一邊治療，一邊醞釀，思考海軍的工作，構思給中央軍委的報告。
12月18日至12月22日，具有深遠曆史意義的中國共產黨第十一屆中央委員會第三次會議在北京舉行。蕭勁光抱病出席了會議。這次會議作出的以全黨工作著重點轉移為核心的一係列重大決策，使蕭勁光大受鼓舞。會議結束後，中央軍委立即召開了由各大單位主要領導參加的關於貫徹十一屆三中全會的座談會。在座談會上，蕭勁光以幾個月來在病床上準備的材料，作了近兩個小時的發言。