一是立足基礎性，彰顯戰略性。對高等教育基本製度、基本結構、基本功能的關注，對高等教育重大主題、重要問題和重點難題的關注，是紀寶成高等教育思想一個非常鮮明的特點。紀寶成校長曾明確提出：“固然要關注教育技術層麵的問題，但我覺得，要更關注教育的實質性和深層次問題。我們既要關注教育與整個社會的關係問題，也要關注教育本身問題；既要關注教育目前的一些問題，也要關注全社會長遠、全麵和根本的利益問題。”比如他建議將高教體製和科技體製統籌考慮，改變高教體製和科技體製“兩張皮”的問題；比如他主張將高等教育分為“兩個體係”（普通高等教育和高等職業教育），實行“兩個高考”；比如他將大眾化高等教育視為一場深刻的社會變革而提出一係列的政策設計和製度安排建議；等等。正是這一係列的立足基礎問題的“關注”，使得他對高等教育具有令人印象深刻的宏觀把握能力和分析能力，因而其觀點和建議具有很強的戰略性。
二是立足實踐性，彰顯旗幟性。理論聯係實際，從實踐中來，到實踐中去，在幹中學，在工作中探索、總結、提升、創新，回應時代提出的重大實踐問題，是紀寶成高等教育思想另一個鮮明的特點。正是因為關注實踐，與實踐關係緊密，才能緊扣時代的脈搏，因而具有鮮明的時代性和社會性，也具有很強的旗幟性。比如，堅持教育的公益性，成為反對教育產業化、市場化的一麵旗幟；堅持教育經費以政府投入為主，社會籌集為輔，成為主張政府加大教育經費投入的一麵旗幟；呼籲全社會重視人文社會科學高等教育，成為繁榮和發展人文社會科學的一麵旗幟；首創國學院，探索國學高等教育的理論和模式，成為在高等教育體係中係統弘揚優秀傳統文化的一麵旗幟；深刻剖析市場經濟對高校的負麵影響，成為主張堅守大學使命，守護大學精神的一麵旗幟；等等。這些無一不是高等教育發展乃至社會發展過程中麵臨的重大實踐問題，對於這些問題的梳理、反思和解答，也使得紀寶成校長的觀點和主張具有很大的社會影響和公眾認知度。
三是立足理論性，彰顯一貫性。曾經有人以開玩笑的方式提出“紀校長反對紀司長”的說法。對此，紀校長自己做了解答：“我認為‘紀校長’和‘紀司長’本質上是一致的，觀點是一致的。……眾所周知，我當司長時，堅決反對國民教育的‘產業化、市場化’，反對‘一校兩製’，堅持最基本的辦學條件要求，在當時並不是所有人都理解的；而今天，我依然是如此，並沒有發生‘紀校長’反對‘紀司長’。所以‘紀校長’很多時候都是讚同‘紀司長’的。”的確，紀寶成教授的基本思想觀點具有長期的一貫性，能夠在壓力和風險麵前堅持正確的主張不動搖。做到這一點，除了他本人的人品、個性和思想作風之外，很重要的一個原因就是他的觀點和主張能夠實事求是，具有很強的理論性，符合高等教育的本質屬性，正確揭示了高等教育的發展規律和高等學校的辦學規律，這一點在他近二十年來堅持不懈地反對教育產業化、市場化方麵有突出的表現。此外，他對國際文化交流作為高等教育第四項職能的探討，對大學“國際化”和“國際性”的辨析，對人文社會科學的功能和特性的係統論述，對學術權力與行政權力的概念和關係的研究，對“寧靜校園”的闡釋，對所謂大學“去行政化”的議論，對德育與智育的關係的把握，對大學文化傳承創新職能的論述等等，都具有很強的思辨性和理論性，“看似平常卻奇崛”，令人耳目一新。
美國學者布魯貝克曾經把高等教育哲學分為兩種：以認識論為基礎和以政治論為基礎。認識論的高等教育哲學“趨向於把以‘閑逸的好奇’精神追求知識作為目的”；而政治論的高等教育哲學則認為“人們探討深奧的知識不僅出於閑逸的好奇，而且還因為它對國家有著深遠影響”。實際上，從布魯貝克的論述中可以看到，政治論高等教育哲學與認識論高等教育哲學的關係並不是截然對立的，政治論的內涵，包含了認識論的成分和內容；認識論的取向，包含著政治論的目標和價值。在高等教育發展的曆史上，這兩種思想觀點往往交叉在一起發揮作用，重要的不是采取哪種哲學理念，而是實現兩者之間的平衡和交融。作為新時期中國高等教育的一名探索者、改革者、實踐者和思想者，紀寶成校長既不同於純粹的書齋式的學者，也不同於教育行政部門的高級官員，他的高等教育思想，實際上就很好地體現了認識論和政治論這兩種高等教育哲學的平衡和交融。他善於將高等教育的抽象理論和思辨同高等教育改革發展鮮活的實踐相結合來探討問題；他善於將個人全麵、和諧、自由的發展同知識的創造、學術的繁榮以及國家社會的發展需要統籌起來考慮問題；他善於通過“大實話”提醒被忽略的常識，揭示被“窗戶紙”遮蔽的真相，發現人們習焉不察的重要問題，糾正人們習以為常的認識偏差。而這些，或許正是紀寶成高等教育思想的魅力所在和動人之處。