失去聯絡 孤軍奮戰
1936年秋冬之交。一日，潘漢年在陳文珍家中約見董健吾，若有所思地對董說：“健吾兄，目前上海的地下黨組織已遭到嚴重破壞，中央決定上海地下黨暫停運轉。組織上決定讓你立即離開上海到武漢聽從組織分配。你原來與宋慶齡聯係的這條線，由我代替，不知兄弟你有什麼意見？”董健吾有點不快地回答到：“漢年，對於組織的決定我沒什麼好說的，完全服從，但是讓我去武漢接受組織安排，確有困難。我一家老小十幾口人，要我養家活口，我不能丟下不管。”潘漢年回答說：“健吾兄言之有理，那麼你就暫留上海，不管從事什麼工作，隻要是對抗日有利即可，有什麼情報，仍可通過關係向組織彙報。”
1937年以後，董健吾征得潘漢年同意，先後參加陸田東領導的國民黨上海抗日行動總隊以及熊劍東領導的淞滬特遣支隊、江蘇六縣抗日遊擊隊，任情報處長、政訓處長、情報室主任等職。在此期間，他所獲得的有關抗日情報，一份給抗日部隊，一份通過女兒惠芳送宋慶齡處，轉交給潘漢年，成為一名肩負抗日使命的雙重身份特工。在這段日子裏，董健吾廣泛收集日寇登陸人數、軍需輜重的儲備、駐軍地點、“掃蕩”行動的部署等等。
1937年，淞滬大戰前夕，董健吾任上海抗日行動總隊情報處長。董健吾與一位跟隨中山先生多年的海軍將領一起，秘密策劃炸沉日寇“出雲”艦，成為當時一件轟動上海乃至全國的大事。他們之所以選擇“出雲”艦，是因為該艦是日寇停泊在浦江及吳淞口的29艘戰艦（有魚雷艇、炮艇、潛水艇等）中指揮作戰的旗艦，炸沉它對重創日寇、打擊其囂張氣焰有著重要意義。何子玉受董健吾指令，身穿一件紅馬夾，喬裝打扮成清道夫，在外灘一帶以打掃清潔為名，觀察“出雲”艦停泊的精確位置，向董密報。一切準備就緒後，董健吾組織爆破行動。行動人員將小船劃到“出雲”艦近端，把炸藥安放在艦隻尾部，引爆後，把巨型艦隻的尾部炸成重傷。
1940年秋天，董健吾受日寇追捕，東躲西藏，生活極其貧困。此時，南京汪偽政權在民眾反對聲中建立。曾經在武漢掩護過董健吾的劉少岩，獲悉老同學生活潦倒，無業賦閑，建議由他向周佛海去謀一個差使。後來，劉少岩引薦董健吾見到了周佛海，在周佛海的關照下，董健吾在偽中央警官學校任訓育處長之職。未幾，周佛海考慮董健吾家庭成員多，開銷大，薪金低，又為他謀得一份偽中央儲備銀行掛名虛職，這樣可得雙份俸祿。雖然在汪偽政權供職，但董健吾始終沒有忘記自己是共產黨員的身份，他仍然適時利用職務上的方便，搭救釋放十餘名被俘的新四軍戰士，使他們重返新四軍中繼續抗日鬥爭。
抗戰後期，他憑著多年來地下工作的經驗，感到敵人開始對他注意，於是主動辭去了職務。為了養家糊口，董健吾當上了推拿醫生。他在聖彼得教堂當牧師時曾學過此道，但隻是粗通而已。為當好一名醫生，治病救人，他努力學習，刻苦鑽研，正像他經營鬆柏齋古玩店，很快成為一名古文物專家一樣，經過一段時間的學習和實踐，成為一個群眾愛戴的高明的推拿醫生。
參加“民革” 策反起義
雖然遠離黨的工作，董健吾仍關注國內形勢發展。當獲悉國民黨破壞重慶談判，蔣介石集中兵力挑動內戰，但未幾我軍從防禦進入反攻時，他欣喜若狂，就想找到黨的關係，繼續為黨為人民做些有益的事，但一直沒有機會。不久，董健吾通過朋友孔如霖與“民革”上海方麵的負責人何民魂取得聯係，加入了“民革”， 配合、協助中共策反國民黨將領起義，營救革命同誌，做了一些有利於促進解放事業的工作。
1949年初，中國革命的勝利曙光在即。3、4月間，解放軍雄師南下前夕，身在上海的董健吾從一位朋友處得知蘇州守敵司令厲百川企圖借蘇州城進行最後頑抗，心中不禁一震。“蘇州可是一座美麗的城市、曆史古城！能眼看著它毀於炮火之災嗎？”幾天裏，董健吾一直在想此事。一天，何民魂（民盟成員）前來找董健吾聊天，二人談及時局時，談到了蘇州之事。何民魂也有勸說厲百川、爭取和平解放蘇州之心。二人商議一番後決定，由董健吾和孔如霖前往蘇州國民黨警備司令部策反厲百川，因為孔如霖是厲百川的好友。