周恩來對董健吾說：“你虎口餘生，脫險歸來，應向你表示祝賀。現在通過你的彙報，使組織上及時掌握了顧順章在漢口的真實情況，這對我們研究下一步的對策非常有利。”接著，周恩來、董健吾和老王三人一起商量了應變措施，周恩來並責成董、王兩人在次日清晨以最快的速度分頭進行工作。
協助潘公 消滅叛徒
由於顧順章的叛變，原中央特科的許多骨幹人物都不能繼續留在上海工作。1931年6月，中共中央調整了中央特別委員會的領導班子，重新組成了新的特科領導機構，由中央委員、原任中共江蘇省委書記的陳雲擔任一把手，原任中共中央組織部部長的趙容（即康生）擔任二把手，原任中共江蘇省委宣傳部部長的潘漢年擔任三把手。中央特委下設四個科：第一科即總務科，科長由陳雲兼任；第二科即情報科，科長由潘漢年兼任；第三科即行動科，又稱紅隊，科長由康生兼任；第四科即通訊科，科長仍由李強擔任。改組後的中央特科的任務沒有變化。
1932年，陳雲調江西蘇區工作後，康生負責領導工作，潘漢年負責主持日常工作，仍兼第二科科長。董健吾是二科的情報工作人員，原在陳賡領導下開展工作，改組後轉歸潘漢年領導，他的直接領導人是潘漢年的主要助手歐陽新。
潘漢年與經營古玩店的董健吾經常聯係，一天上午，董健吾坐在鬆柏齋古玩店裏，翻看剛剛送來的各種報紙，突然，他被《申報》刊登的一條新聞所吸引，該報稱：昨日傍晚，一艘待命駛往南昌的客輪，停泊在十六鋪碼頭，形形色色的旅客正在蜂擁著上船。這時，一輛美式轎車戛然停在碼頭上，先走下兩個腰插手槍的保鏢，旋即又走下一位身著長衫，手提皮箱的中年男人，很有派頭的樣子起步登船。忽然，“啪”、“啪”兩聲槍響，中年男子當即倒在碼頭上，凶手迅速逃離了現場。
這時，潘漢年來到董健吾的店裏說事，看到董健吾在看這條新聞，就說，事有湊巧，我正是為這事來找你的。把事情的原委大致說給了董健吾。
原來為了配合江西中央蘇區反“圍剿”戰爭的進行，黨中央從江西蘇區派了一名叫熊國華的同誌來充實上海的秘密工作，此人原在蘇區從事機要工作。熊國華到達上海後被捕，因經不起刑訊逼供，叛變投敵，向龍華偽警備司令出賣了好幾個黨的同誌，同時還把他掌握的中央蘇區有關的情況向敵人泄漏。潘漢年通過秘密渠道了解到，國民黨設在上海的特務機構認為這個叛徒提供的情報十分重要，對國民黨的軍事“剿共”行動很有利，於是決定派人把他護送到南昌，當麵向蔣介石報告他掌握的所有機密。上海地下黨認為如果此人返回南昌，必將給蘇區和紅軍造成難以估量損失。上海地下黨及時向保衛中央機關的負責人陳雲同誌做了報告。經過研究，為了確保中央蘇區反“圍剿”鬥爭順利進行，決定在上海處決這個叛徒，交由康生負責的三科執行。康生組織特科人員在上海十六鋪碼頭埋伏，當叛徒準備乘船回南昌時“紅隊”隊員衝上前去射殺。這次新聞上寫的，其實就是特科“鋤奸隊”刺殺叛徒的情景。
潘漢年通過內線獲知，叛徒被擊中一槍，子彈從頸項穿過，竟然沒有死去，當即被租界巡捕房送入仁濟醫院搶救治療。潘漢年感到事態嚴重，立刻向黨中央做了報告。很快，中央命令，為了確保中央蘇區的紅軍和地下黨的安全，趁這個叛徒傷勢嚴重，幾度陷入昏迷的情況下，將其擊斃在醫院中。
仁濟醫院是一所教會醫院，附設在一座教堂的後麵。平時，醫院中就有著良好的醫療秩序，一般看門診的病人是不準進入住院區的，就是探視住院病人的親屬，也有著十分嚴格的規定。敵人清楚這個叛徒被狙擊致重傷的原因，在他的病房門前，加了專門人員看守，想接近這個叛徒相當困難。
潘漢年和助手們認為，若想製定出合乎實際的處決叛徒的計劃，必須摸清叛徒居住的病房，以及病房四周敵人布防的情況。而要完成這樣一項特殊的任務，最好找到一位和教會有關係的情報人員，打著宗教的旗號，進入病房區探查，董健吾成了大家心目中的最好人選。
董健吾深知這項使命的重要性。他受命之後，找到醫院中一位和自己很熟悉的牧師，在一般的閑談中，獲悉這個叛徒住在隔離病房，專由巡捕房警務處監守，防範甚嚴，非經特許，不準接近。接著，他又以關心病人為名，和這位醫院中的牧師視察了所有的病房，他還發現，在這個叛徒的病房門口還有兩名武裝巡捕監守。
回到自己的古玩店以後，董健吾立即向潘漢年做了彙報。潘漢年摸清了叛徒的病房位置，但卻無法把我們的鋤奸人員打入醫院，進入隔離病房，越過武裝巡捕的監守，去處決這個倒在病床上的叛徒。潘漢年隻好再次要求董健吾利用和醫院中的那位牧師的特殊關係，做好有關醫務人員的工作，盡快拿出一個可行的處決叛徒的方案。
董健吾再次拜訪了那位牧師，向他說明了情況，這位牧師出於愛國的正義感和對潘漢年人格的信任與崇敬，很願意幫忙，並很快和潘漢年共同密商了一個萬無一失的行動計劃。這天夜裏，保衛人員化裝成仁濟醫院的醫務人員，在護士和牧師的帶領下，以查病房為由，大搖大擺地走到叛徒的病房門口，出奇不意地製服了監守的武裝巡捕，闖進病房，幹淨利索地結束了這個叛徒的性命，然後越牆逃出醫院，坐上早已等候在此的汽車，安全地撤離了。
潘漢年指揮的這次行動，由於是在武裝巡捕監守的情況之下完成的，因而無論是對公共租界的巡捕人員，或是對國民黨特務機關的人員，尤其是對那些叛變投敵的敗類，都有了震懾的威力，叛徒們有了岌岌可危的恐慌感。而這次行動的幕後英雄卻是董健吾牧師。
董健吾還幫助潘漢年鎮壓了淞滬警備司令部的督察長王斌。王斌是專門負責引渡工作的，極端反動，血債累累，是殺害龍華24烈士的主要凶手之一。為了震懾敵人，給死難同誌報仇，潘漢年請示陳雲後，決定將這個罪大惡極的家夥除掉。但我們在警備司令部的內線已經轉移，熟悉王斌的人一時難以找到。潘漢年又請董健吾利用各種關係，幫助查明王斌的飲食起居、行動規律、經常走的路線等等。董健吾很快完成了任務，並翻拍了許多王斌的照片。一天，這個惡貫滿盈的特務頭子，身著西裝革履，坐著他的專用黃包車，神氣活現地架著二郎腿，叼著雪茄煙，經過法租界的龍門路時，說時遲，那時快，街頭突然閃出兩名槍手，“啪”、“啪”兩槍，王斌大氣都沒喘一口，便當場死在黃包車上。