會議開始後，國民黨江蘇省特派員宣布共產黨“製造分裂”、“破壞革命”，要實施“清黨”，並要立即緝拿共產黨為首分子高爾鬆、高爾柏、姚湘濤、黃麟書、徐造初、孔如霖、蔣秉均等七名“要犯”。接著，要求與會人員務守機密，並提出緝拿方案。對於這突來的情況，董健吾感到吃驚，但很快冷靜下來思考對策。他迅速提議采用鴻門宴之計，邀請高爾鬆等共產黨員赴宴，然後對他們實行抓捕。
顧莞生等同意了董的策略，並迅速做好鴻門宴的準備。董健吾設法暗中告知高爾鬆等人迅速逃走或者躲避。結果設宴那天，無一到場，國民黨的陰謀落空。國民黨對董健吾的身份產生了疑問，但苦於沒有直接的證據，更為重要的是董健吾在當地很有聲望，他們不敢輕舉妄動，也隻好作罷。但是借口董健吾校長公務繁忙，不能再兼要職，撤消了董的“清黨委員會”主任職務。董也考慮長留青浦，恐遭不測，便帶了家眷，再次離開了家鄉，回到上海聖彼得教堂，重新披上聖衣，操牧師聖職。
1927年，董健吾應聖約翰大學時要好的同學、共產黨員浦化人的邀請，轉赴西安市聖公會教堂擔任牧師。浦化人是中共產黨地下黨員，當時的公開身份是馮玉祥將軍國民革命軍第二集團軍軍官學校校長。通過浦化人的引薦，董健吾在西安結識了時人稱為“基督將軍”的馮玉祥及其夫人。
馮玉祥夫婦信奉基督教已經多年，他的部屬也信教，他曾明令善待各派宗教人士。董健吾這次有幸見到馮玉祥，二人一交談，馮將軍被董健吾對基督教義精深的見解和其淵博知識所吸引，兩人一見如故，相見恨晚。馮玉祥於是便誠懇邀請董健吾到自己軍隊任職。董健吾開始以自己才疏學淺為理由沒有答應馮將軍的請求，但是在馮將軍三番五次的盛情邀請下，董健吾答應了馮將軍。不久，董健吾擔任了馮玉祥部國民革軍第二集團軍隨軍牧師，並任集團軍政治部秘書處長一職，同時兼任馮玉祥的私人英文秘書。
1928年，董健吾在河南開封經劉伯堅和浦化人介紹，秘密加人中國共產黨，開始了自己新的“傳教布道”工作。其實，在此以前，董健吾就經常協助劉伯堅、浦化人等中共地下黨員進行工作。人黨後，他一度擔任西北軍隴海鐵路工人管理處處長。他憑借自己的合法身份，以及與馮玉祥過從甚密的關係，在馮部國民革命軍中從事兵運以及農運、工運工作。董健吾還以隨軍牧師之名，深入馮部上下，兢兢業業傳播講授“紅色的”教義，士兵群眾由此稱他為“西軍中的紅牧師”。
董健吾在西北軍中的革命活動，引起了蔣介石在馮玉祥部隊中的密探、特務的極大注意，在他們“黑名單”上，列入了董健吾的名字。馮玉祥知情後，立即將董健吾秘密保護起來，並思忖如何讓他脫離險地。一天，董健吾接到馮玉祥的請柬，恭請他到官邸赴宴。董健吾在馮將軍的親兵、衛隊陪同下來到了將軍在西安的官邸。席間，馮玉祥告訴董健吾，他被蔣介石國民黨中央內部秘密通緝，並征求意見道：“為了董先生的人身安全，我老馮已決定派下屬護送先生出境，不知先生意往何處？” “多謝將軍的坦誠相告和對董某的厚愛，我想即刻離軍返回上海。”“先生要回上海？”馮玉祥略顯吃驚。上海的白色恐怖彌漫，危險重重。
馮玉祥看到董健吾點頭，思索了一會兒，接著說：“先生既然一定要回上海去，為了先生的安全著想，依我所見，先生最好不要坐火車返回上海，以免途中遭特務、軍警緝查，出現不測。”頓了頓，馮玉祥又說：“依我之見，先生不如先由此南下武漢，再由水路乘船秘密返回上海，先生以為如何？”董健吾接受了馮玉祥的一片好心和建議。臨行前，馮將軍又饋贈100大洋給董健吾，權作路資。
加入特科 懲處叛徒
1928年11月，董健吾秘密回到上海，重回聖彼得教堂繼續擔任牧師。不久，中共上海地下黨派互濟會負責人王弼與之聯係。在王弼的領導下，董健吾參加了互濟會的一些工作，並認識了潘漢年、李維漢等人。在互濟會，他的主要任務是以牧師身份，借到獄中向犯人布道的機會，溝通被捕的中共黨員與獄外黨組織和家屬的聯係，然後由地下黨組織根據具體情況展開對被捕人員的營救工作。後來，負責政治工作的陳賡看中了他的牧師身份，親自出麵說服他加入中央特科。從此，董健吾即以基督教界有名望的牧師身份為掩護，以大無畏的姿態奮鬥於隱蔽戰線上。
這裏有必要介紹一下中央特科。大革命失敗以後，中共中央機關遷至上海。為保衛黨中央的安全，1927年11月，中央在上海建立政治保衛機構——中央特科，由周恩來直接領導。1928年11月，中央又決定由向忠發、周恩來、顧順章組成特別委員會，領導特科工作，由周恩來實際主持。特科的主要任務是保衛中央領導機關的安全，了解和掌握敵人的動向，營救被捕同誌和懲辦叛徒特務。特科設總務、情報、保衛三科，總務科（一科）負責設立機關，布置會場和營救安撫等工作，科長洪揚生；情報科（二科）負責收集情報，建立情報網，科長陳賡；保衛科（三科，也稱紅隊、打狗隊）負責保衛機關，鎮壓叛徒特務等，科長顧順章（兼）。1928年又增設了無線電通訊科（四科），負責設立電台，培訓報務員，開展與各地的通訊聯絡工作，科長李強。特科在上海開展了大量卓有成效的工作，建立反間諜關係，派李克農、錢壯飛、胡底等人打入敵特機構，建立秘密電台，營救任弼時、關向應等領導幹部，懲治叛徒何家興、白鑫等等，為保衛黨中央的安全發揮了重大作用。1931年4月顧順章叛變後，中央特科重新調整，由陳雲總負責，兼任一科科長，二科科長潘漢年，三科科長康生（化名趙容），原四科的工作1932年後交給中央。經整頓，特科改變工作辦法，創立統一戰線工作與情報工作相結合的獨特方式，重建情報關係網。1933年中央遷離上海後，特科工作由武和景等相繼主持，1935年9月分批撤離，上海設辦事處。
早年在聖約翰大學讀書時，董健吾與後來成為國民黨顯貴的宋子文、顧維鈞等人是同學，且交往密切，關係不錯。大學畢業後，他與上海幫會也有很深的關係。他參加過上海青幫，並有相當的地位（“同”字輩）。上至蔣介石、杜月笙（上海青幫頭子），下至一般青幫成員，他都有結交。在上海警察局、租界巡捕房，也都有他的朋友。當時上海的基督教信徒很多，聖彼得教堂又久負盛名，董健吾常被各界人士請去布道，連宋子文的母親也請他去陪同祈禱，由此結識了不少上層人物。那些達官貴人對這位儀容莊重、彬彬有禮、談吐風趣的大牧師，毫無戒備之心，常常當著他的麵，議論南京政府在政治、財經方麵的一些政策和動向。董健吾雖有那麼多的社會關係，但信念自堅。蔣介石叛變革命後，宋子文找到董健吾，以同學、朋友之誼勸說他追隨國民黨，被董健吾婉言謝絕。董健吾善於結交朋友，有著廣泛的社會聯係，這為他後來從事中共地下特工活動提供了有利的條件。