蒙冤死去 終得清白
新中國建立後，翦伯讚的政治生涯和史學活動掀起了新的一頁，他被任命為中央人民政務院文化教育委員會委員和中央民族事務委員會委員。他起初任燕京大學社會係教授，1952年係調整後，任北京大學曆史係教授兼任主任，後又兼任校黨委委員、副校長，還兼任中央民族研究部主任、中國科學院專門委員、哲學社會科學學部委員、民族曆史研究指導委員會副主任委員、中國史學會常務理事、《曆史研究》雜誌編委、《光明日報?史學》副刊及《北京大學學報》（科學版）的主編、中緬友協副會長等職；還被選為第一、二、三屆全國人民代表大會代表和人大民族委員會委員。此時的翦伯讚的政治地位和社會影響力非常顯赫。
50年代初，注解、宣傳馬列主義、毛澤東思想成為翦伯讚的主要任務，他注解毛澤東的《中國革命和中國共產黨》一文的《古代的封建社會》一節，而且還發表有關曆史人物評價的名作《關於曆史人物評價中的若幹問題》；還參加了史學方法論，尤其是對史料問題的討論；發起組織編纂《中國近代史資料叢刊》，該叢刊卷帙龐大，多達兩千多萬字，十一個專題，他親自主編《義和團》（1950年，4冊）和《戊戌變法》（1953年，4冊）兩個專題。同時他還與有誌合編了《曆代各族傳記會編》（兩集共三冊）和《中外曆史年表》。尤其是他在修改《中國史》第三卷初稿時，重新收集、研究各種文獻、簡牘、敦煌和吐魯番文書、考古資料等，共一百多萬字。翦伯讚以身作則，為史學界正確對待史料的態度樹立了榜樣，其著作至今仍為研究中國曆史的工具書，對中國史料編輯工作做出了巨大貢獻。
作為一個少數民族出身的馬列主義史學家，翦伯讚不僅在民族史理論研究中頗有開拓，實際工作中也非常重視民族工作和民族研究。在重視民族史研究方麵，建國初，翦伯讚參與籌建中央學院（今中央民族大學），並且兼任該校的《中國少數民族史料叢刊》編輯委員會的主任委員，他還呼籲史學工作者要重視民族史史料編纂工作；他還親自編寫了《曆代各族傳記會編》之一（1958－1959年出版），並在50年代參與策劃“少數民族社會曆史調查”和“民族史、民族民族自治地方概況”三套叢書的編寫工作，這一工作的開展獲得了較大成果。同時，翦伯讚還到少數民族地區進行考察訪問，並在眾多的民族地區的高等學校和學術單位進行座談和報告、講演，鼓勵少數民族地區利用區域優勢大力開展民族曆史研究，培養曆史研究人才，發展少數民族地方教育事業。如在1961年，翦伯讚親臨內蒙古，並撰寫名文《內蒙訪古》，他考察當地的曆史和文物，概述了曆史上綿亙二千多年的十多個北方民族的發展史，並揭開了長城、陰山一帶曆代出現民族矛盾高潮的秘密，因為那裏發生的戰爭是北方部族從後院走上舞台較量的關鍵戰爭，勝利者往往南下而去打開長城的大門。又如在1963年，翦伯讚親臨廣西史學會成立大會，翦伯讚所作的報告闡明了“三基”和“四性”問題，指導了廣西史學界研究。翦伯讚的這些實際工作，反映其對民族曆史和文化教育事業的重視，也體現了其對祖國、對兄弟民族、對社會主義的熱愛。
建國以後10餘年中，翦伯讚為新中國的馬克思主義曆史學的建設，為文化、教育事業的發做出了突出貢獻，尤其是他在1959年末至1963年初，為捍衛馬克思主義的原則，為堅持馬克義曆史學的科學性，對泛濫的極“左”思潮所進行堅決的鬥爭。當時“左”傾政治路線直接影響學術界，表現在史學領域中，出現了抽象化、簡單化、公式化、絕對化、現代化等錯誤傾向，馬列主義受到嚴重破壞。在此期間，翦伯讚充分利用其顯赫地位，組織推動史學界的糾“左”活動，陸續發表了《關於打破王朝體係的問題》、《目前曆史教學中的幾個問題》、《對處理若幹曆史問題的初步意見》、《目前曆史研究中存在的幾個問題》等一係列文章和講話，嚴肅批評極“左”的錯向，並在社會上產生巨大反響。正是因為翦伯讚堅持馬克思主義理論的立場、觀點和方法，反對極左思潮的反馬克思主義的錯誤傾向，觸怒了“四人幫”及其爪牙陳伯達、關鋒、戚本禹等人，使他受到“四人幫”在學術、政治上的汙蔑和圍攻。
1965年底，《紅旗》雜誌發表了戚本禹《為革命而研究曆史》一文，不點名地給翦伯讚加上了“反對”馬克思主義的罪名，這就為公開地、全麵地批判翦伯讚拉開序幕。到了1966年3月24日，戚本禹、林傑、閻長貴三人在《紅旗》和《人民日報》同時發表了《翦伯讚同誌的曆史觀點應當批判》文章，給翦伯讚扣上了資產階級史學的“掛帥人物”的大帽子，還把翦伯讚對中國馬克思主義史學理論探討的重要論著《對處理若幹曆史問題的初步意見》和《目前曆史研究中存在的幾個問題》兩文，誣陷為“兩篇反馬克思主義的史學綱領”，誣蔑翦伯讚“以資產階級老爺式的態度對待史學革命，冷嘲熱諷，挖苦打擊”，其史學綱領是“老掉了牙的資級曆史主義”，企圖在政治上置他於死地。
到了6月1日，隨著北大聶元梓的大字報的廣播，翦伯讚從此被列上眾多“罪狀”，如“蔣家王朝的忠實走狗”、“破壞偉大的土改運動”、“漏網的資產階級大右派”、“頑固地反對史學革命”、“瘋狂地反對毛澤東思想”、“借古諷今，反黨反社會主義”、“推行修正主義的教育路線”、“結黨營私，搞資本主義複辟”、“宣揚資產階級民族主義，挑撥民族關係”、“抗拒無產階級文化大革命”等，於是，翦伯讚在“文革”中以“資產階級反動學術權威”的“罪名”被打倒，後又因為堅決拒寫誣陷劉少奇同誌的黑材料，而遭到林彪、“四人幫”派出的專案組逼供，1968年12月，翦伯讚夫婦雙雙被迫自殺，造成千古奇冤！
1976年10月，黨中央一舉粉碎了“四人幫”，結束了長達十餘年的“文革浩劫”。1978年6月，在黨中央的關懷下，鄧小平同誌對於翦伯讚同誌的冤案，明確批示：“我認為應予昭雪”。同年9月1日，北大黨委召開全校落實黨的政策大會，“宣布了北京大學黨委關於推翻林彪、‘四人幫’代理人在北大製造的‘走資派’、‘資產階級反動學術權威’錯案的決定，關於推翻清隊假經驗和為受打擊的教職工、學生平反昭雪的決定”；同時，為翦伯讚同誌昭雪了“十年沉冤”。
1979年2月22日，翦伯讚同誌的追悼會在北京八寶山革命公墓隆重舉行。在追悼會上，校長周培源致詞。致詞中概括了翦伯讚同誌在無產階級曆史科學戰線和無產階級革命鬥爭過程中革命的戰鬥的一生，還有對中國曆史科學發展的突出貢獻，並明確指出“翦伯讚同誌遭受誣陷和迫害是林彪、陳伯達、‘四人幫’製造的重大冤案之一，必須予以昭雪，他們強加給翦伯讚同誌的罪名和誣陷不實之詞應予推倒，翦伯讚同誌的名譽必須予以恢複。”這代表了黨和人民對這位無產階級革命戰士和馬克思主義史學家一生的公正評價。