翦伯讚白天去馮公館講課，晚上回到家裏，還要挑燈夜戰，為重慶的一些進步報刊撰寫稿件，以微薄的稿酬維持全家人的生活。不久，他的愛女翦心倩患喉炎，無錢治療，發展到晚期已不能進食，但是翦伯讚沒有求救於馮將軍。後來，馮得知這一情況後，責怪翦伯讚見外了，派副官送來了100塊大洋，並親自開車把翦心倩送到德國開設在重慶的協和醫院治療。由於馮玉祥的搭救，使翦伯讚心愛的女兒翁心倩轉危為安，他十分感激馮的救女之恩。
轉戰香港 參與建國
1942年夏，翦伯讚開始撰寫《中國史綱》。
《中國史綱》的第一卷（原始社會至戰國時期）共37萬字，半年脫稿；第二卷（秦漢部分）共47萬字，一年脫稿。並又連續發表了60多篇論文，都是資料豐富、觀點新穎的重要學術論文。他還發表了《評實驗主義的中國曆史觀》等文章，點名批判了“文化班頭”胡適等人的曆史唯心主義。
翦伯讚還以詩進行戰鬥，1944年夏，日本侵略軍大舉進攻湘、黔、桂，國民黨軍隊全線潰敗。翦伯讚憤慨地寫了如下的詩句：
喋血常桃血未幹/又傳胡馬渡衡山/焚書到處縱秦火/殺敵何人出漢關/南渡君臣憐晉宋/北征豪傑遍幽燕/莫傳巫巴能阻險/從來王業不偏安
1945年8月，抗日戰爭勝利，8月28日，毛澤東主席飛臨重慶，代表中國共產黨同蔣介石談判“和平建國”問題。翦伯讚協助毛澤東主席和周恩來同誌做馮玉祥、覃振和其他一些高級民主人士的工作，揭露蔣介石的醜惡嘴臉，共商建國大事。
1946年1月，翦伯讚應中國民主同盟的邀請，以民盟代表團“顧問”的身份，參加了政治協商會議，與國民黨反動派進行了針鋒相對的鬥爭。5月4日，翦伯讚乘中共代表團的專用飛機，由重慶飛抵南京，轉赴上海，繼續在周恩來同誌的直接領導下從事統戰和理論宣傳工作。當時，上海的工作環境非常差，蔣、敵、偽合流，特務橫行，一不小心，隨時都有可能落入敵人的魔窟，經過多年的鬥爭，翦伯讚先生早已把個人的生死置之度外。他與當時的中共上海工委書記華崗保持聯係，有計劃地在文化、教育界展開工作。他與張誌讓、周穀城、李政文等同誌組織並領導了“上海大學教授聯誼會”等公開的群眾組織，與鄧初民、夏康農同誌主編出版《大學月刊》。又通過吳澤同誌的安排，到大夏大學任教，講授“曆史方法論”。他還到各高等學校、店員工會及其他群眾組織中發表講演，積極推進民主運動。
1946年7月初，國民黨反動軍隊悍然進攻中原，發動全麵內戰。10月15日，又在南京召開偽“國大”。國、共兩黨的談判實際上已經破裂，血風腥雨再次籠罩全國。就在這時，周恩來同誌來到上海，親自向翦伯讚分析了形勢，布置了工作。不久，因工作需要，周恩來和華崗同誌離開上海回到延安。上海的革命鬥爭更加困難，翦伯讚不畏艱險，團結進步文化界人士，支持“反饑餓、反內戰、反迫害”為主要內容的反美愛國民主運動和青年學生運動，譴責國民黨反動派的殘酷內戰和法西斯暴行。
1947年10月，國民黨政府悍然宣布民盟為“非法團體”，11月，設在上海的中國民主同盟總部被國民黨特務包圍，民盟總部被迫解散。全國政治形勢更加惡化，民盟地方組織和盟員轉入地下鬥爭，民盟的海外組織積極開展活動，繼續與國民黨反動派進行鬥爭。1948年民盟轉戰香港，並在香港召開一屆三中全會，成立臨時總部，公開宣布同中國共產黨攜手合作，為徹底摧毀國民黨反動政府，實現民主、和平、獨立、統一的新中國而奮鬥。翦伯讚也隨民盟轉移到香港繼續從事鬥爭。
在上海期間，翦伯讚既堅持革命鬥爭，又堅持著述，把鬥爭與著述有機地結合起來。他撰寫了《中國史綱》第三卷（魏晉南北朝部分）的大部分初稿，還發表論文20多篇。如《中國史上的正統主義》、《義和團暴動的背後》、《史料搜集與辨偽》、《史料與史學》等。
1947年冬，翦伯讚舉家全遷香港，在民主人士創辦的香港達德學院任教，講授中國通史，繼續從事民主運動。此外還進行學術研究，在港期間共寫過論文30餘篇。
1947年9月13日中共全國土地會議公布了《中國土地法大綱》及其《決議》，翦伯讚很快便於1948年1月25日在《華商報）上發表了《從曆史上看中共的土地改革》一文。他讚揚說：“這是中國史上破天荒的一件大事”，是“土地之封建所有製之最終的消滅”。
同年9月17日，翦伯讚在《史地周刊》上發表了《孫皓的末日》一文，以三國時建都今日南京的吳國末代皇帝的投降，暗喻南京蔣介石政權即將滅亡。
後來，馮玉祥被蔣介石派往美國考察水利。1948年l月，中國國民黨革命委員會在香港成立，公推李濟深為主席、馮玉祥為政治委員會主席。蔣介石恨之入骨，決定開除馮玉祥的黨籍。14日，馮玉祥在美國紐約舉行記者招待會發表了“對被開除黨籍發表的聲明”，決定開展“鏟蔣工作”。17日，他以極大的政治熱情，由自己口述，妻子李德全執筆撰寫《我所認識的蔣介石》一書，並想到請翦伯讚幫忙出版。此時，翦伯讚先生正居住在香港九龍尖沙嘴，擔任達德學院教授和《文彙報》史地副刊的主編工作。7月21日，馮玉祥把手稿秘密寄給翦伯讚。郵件中附了一張不大的油畫，並題詩一首：“乘小船，上高山，脫去長衫，要打獨裁賣國的漢奸！決心極堅，不怕任何危險。”意在將此詩同翦伯讚相互勉勵。在當時險惡的政治環境下，翦伯讚深知《我所認識的蔣介石》的曆史價值和現實意義，以及發表後會給自己帶來多大災難。他冒著生命危險，多方聯係，終於將《我所認識的蔣介石》一書在香港、上海等地出版。該書的發表在埋葬蔣家王朝的過程中發揮了積極作用。
1948年5月1日，中共中央號召召開新的政治協商會議。翦伯讚5月8日即在《華商報》“目前新形勢與新政協”座談會上做了《擁護新政協的召開》的發言，公開表明堅決擁護中共中央號召的態度。
1948年下半年以來，由於人民解放軍驚人的勝利，蔣介石及其部下開始設想重演曆史上的南北朝。翦伯讚於1948年冬就此針鋒相對地寫了一篇《評南北朝的幻想》，以曆史學家的身份有理有據地分析了幾代南北分治其所以存在的曆史條件，指出曆史上的南北分治，無一不是種族之間的鬥爭，是先進文化與落後文化的鬥爭。而今天卻是統一中華大地的解放鬥爭，是結束反動統治，建立人民當家作主的新中國的鬥爭。隻有將革命進行到底，而絕無南北分治之可能。
1948年9月6日上午，翦伯讚從報上看到馮將軍由紐約經蘇聯歸國途中，於9月1日航行於巴統至敖得薩之間的“波貝達號”輪船上不幸因火災遇難的消息，不禁失聲痛哭，茶飯不進。
1948年11月，翦伯讚響應中共黨中央的電召，與郭沫若、馬敘淪、許廣平、曹孟君、侯外廬等20餘人乘輪北上，於1949年1月4日，抵達當時黨中央所在地石家莊附近的李家莊。北平和平解放後，翦伯讚等隨軍進城，參加文化接管工作，為建立中華人民共和國而緊張地工作。