轉戰重慶 繼續戰鬥
1940年2月，在地下黨組織的安排下，翦先生離開淑浦赴重慶。據翦先生的女兒翦心倩在《爸爸永遠活在我的心裏》一文回憶：“記得是陰曆臘月三十日，我家做了一頓豐盛的晚餐，幾乎把家中所有的臘菜都用光了，你叫我請一些比較親近的同學一起過年。這天晚上，家中很熱鬧，還有鄒任洪（時任民國大學地下黨書記）等同學在我家守歲到天明。初一，我們還是照常賀新年，但到初二下午，你卻告訴我，明天清晨即將離開。果然，初三的清晨，來了兩乘轎子，你們帶著很少的行李，我叫哥哥，還有鄒任洪同學送你，扶你們上轎，依依不舍地把你們送走。你們走後，我才明白，擔心著你們在小江口換木船時發生問題，因為你們在那裏要住一夜，又是漵浦與辰溪交界的地方，查得嚴。”
翦先生走後，還在民國大學就讀的女兒翦心倩被漵浦縣民政科的易科長扣留，一周後才放回學校。她回到家裏，發現父親留下的書翻得亂七八糟，滿地都是。不到一周，學校當局又來搜查，將其父親留下的全部書籍抄走。大概是搜查的人不認識外文，沒有查出問題，後來這些書又全部送回。心倩在進步學生的協助下，將全部圖書轉移到新化縣。不久以後，心倩和其他一些進步學生被開除學籍。輾轉周折後，在重慶巴縣歇馬場與其父翦伯讚團聚。翦伯讚對國民黨反動派剝奪其女兒上學的機會十分氣憤，不顧白色恐怖的危險，毅然寫信給民國大學校長魯滌平，痛斥他迫害青年學生的反動罪行。
翦先生到重慶後，主動到紅岩村八路軍駐重慶辦事處接上組織關係。當時周恩來正在蘇聯治病，董必武、葉劍英、塗冰、潘梓年、胡繩接見了他。5月底，周恩來自延安回重慶，立即約見翦先生。主要給他安排了四項任務：一、國民黨軍事委員會政治部部長張治中已同意聘翦為政治部名譽委員，要利用好這個機會；二、任馮玉祥將軍的曆史教師；三、任以郭沫若為廳長的政治部第三廳專門委員；四、支持《新華日報》和《群眾》雜誌，做好理論宣傳工作。王昆侖代表中蘇文化協會（總會）轉達翦由該會候補理事遞補為理事，並被推選為“雜誌委員會”副主任委員兼機關刊物《中蘇文化》月刊副主編決議。
剛到重慶的大半年時間中，翦先生生活貧困，白天忙於革命工作，晚上伏案疾書，人變蒼老了，頭發也灰白了，但是清淨了很多，減少了國民黨軍警憲特的幹擾，也不再有《中蘇》半月刊等的編輯出版等事務，隻是全力以赴地參與理論宣傳與戰鬥。
1940年10月，國民黨反動派發動了第二次反共高潮。到次年一月，又製造了駭人聽聞的“皖南事變”，重慶也是一片白色恐怖。戰鬥在國民黨統治中心的馬克思主義史學家翦伯讚，在周恩來同誌的直接領導下，同國民黨頑固派進行著巧妙的鬥爭。由於國民黨反共猖獗，翦伯讚的上述職務被撤掉。馮玉祥將軍也不得不上了峨眉山，講課之事也停止。這時，以周恩來為書記的中共中央南方局為了保存力量，貫徹黨中央的“隱蔽精幹，長期埋伏，積蓄力量，以待時機”的方針，部署重慶文化界的黨員和進步人士，一部分轉移到解放區或其他安全地區；一部分仍留重慶，按照“勤業、勤學、勤交友”的方針，“閉門”讀書，研究學術，提高業務水平，大力開展學術活動，在文化界和學術界及政界的上層人物中進行統戰工作，為迎接新的戰鬥做好準備。翦先生仍留重慶，但深居簡出，加強學術研究和支持郭沫若等開展學術活動，並撰寫多卷本“中國通史”。同時受著名平民教育家陶行知先生的邀請，到重慶市附近合川縣草街子育才學校去講課。
授課於馮 拒蔣聽課
1941年，雖為國民黨軍事委員會副委員長，但長期被蔣介石邊緣化的馮玉祥來到周恩來在重慶的住所曾家岩50號周公館，經周先生介紹，認識了翦伯讚。他們之前雖未謀麵，但馮對翦伯讚淵博的知識仰慕很久。幾年前，馮玉祥讀過翦伯讚的名著《中國史綱要》和近作《桃花扇底看南朝》。這幾年，馮玉祥傾向進步，和蔣介石總是不合拍，老蔣將他放在重慶，有職沒權。因此，他很想學些中國曆史，以不虛度時光。而翦伯讚是當時山城聞名的曆史學家，對中國曆史造詣頗深。因此，馮玉祥請求周恩來牽線搭橋認識翦伯讚，並拜他為師，周恩來爽快地答應了馮的這一請求。
當一身補丁衣裳，臉色蠟黃，一副病容的翦伯讚出現在馮玉祥麵前的時候，馮將軍有點遲疑，很難將這一形象與著名的曆史學家等同起來。不過他很快轉變過來，禮貌地和翦伯讚打招呼：“翦先生，您好！古語雲曆代文人多清貧，看來是名副其實啊。我是一介武夫，沒有什麼文化，但對中國曆史感興趣，請先生收下我這樣一個老學生吧！”
“豈敢！豈敢！” 翦伯讚婉言推辭道，“鄙人才疏學淺，豈敢在馮將軍門下班門弄斧！”
“翦先生如此說來，煥章我無地自容矣！不過，我是真心想拜您為師。蔣委員長不給事做，我天天清閑在家，因此想學學曆史提高提高自己的修養，不至於荒廢光陰。”馮玉祥將軍真誠地說道。在一旁的周恩來見他們一個非要拜師，一個又推辭不從，於是出麵圓場，“難得煥章一片求知的誠意，你就收下他這個‘帥’字號學生吧。”翦伯讚不好再推辭，於是謙虛地說道：“恭敬不如從命，以後，那我就和馮將軍一起研讀中國曆史吧。”
從此以後，在較長一段時間裏，翦伯讚就做起了馮玉祥的曆史家庭教師，主要講授《中國史綱》。翦伯讚每月講半個月的課，其餘半個月由馮玉祥自己閱讀史料。翦伯讚曾經回憶給馮先生講課的情景時說：“他除了早晨讀聖經和英文不算在內，每天有七小時是在教室裏做學生。不遲到，也不早退。”、“戴著一老花鏡，拿著一支毛筆，一麵聽一麵記的神氣”使人印象深刻。馮身為國民黨副委員長，卻十分尊敬老師。每次上課，馮總是用心聽講，邊聽邊記，老師提問，他起立回答。翦伯讚在講授中，以馬克思唯物主義的觀點重新解釋說明中國曆史，廣征博引、以古喻今，講得精辟透徹，馮玉祥十分折服。馮不但自己聽，而且還叫心腹大將鹿鍾麟、餘心清等20餘人一起參加，並委任鹿鍾麟為“筆記檢查官”，十分認真。一次飯後談天，馮玉祥半開玩笑地說：“翦先生，我對民族英雄非常感興趣，到時我做你的助手，咱們合編一本民族英雄傳，不知意下如何？”翦伯讚讚成馮的主張，認為這是件對民族有益的事，並相約請馮將軍做主編。
一天，在馮公館特辟的教室裏，眾人在認真聽課，講台上，翦伯讚正講授著《中國通史》漢楚之爭那一節，講台下，馮玉祥等聚精會神地聽著，一字一句地做筆記。忽然，通道上傳來了腳步聲，身穿黃呢軍服、手戴白手套的蔣介石出現在門口。馮玉祥看到趕緊迎上去：“委座光臨，有失遠迎，還望海涵。”蔣介石和顏悅色地說：“煥章，咱們是兄弟，何必這麼客氣，見外了麼。”說著，瞄了一眼教室，看到這麼多政要聚集在此，以為是在開會，馮玉祥解釋道：“報告委座，我們正在聆聽翦伯讚先生講中國曆史。”蔣介石認識翦伯讚，知道他是有名曆史學家，就說：“翦先生，正好我也想聽聽您講授中國曆史，請不要介意，你繼續上課吧！”翦伯讚一直對蔣介石有意見，看到蔣想聽自己上課，心理有一百個不情願，於是就說道：“蔣委員長，不好意思，我們的課講完了，現在到了下課時間。”於是夾起課本走出了教室。蔣介石雖然很生氣，但他對馮玉祥邀請老師到家裏上課的行為非常推崇。幾天後，蔣介石要求各級機關仿效，於是各機關奉令紛紛組織讀書會。抗日戰爭時期，非常流行的讀書會就來源於翦伯讚給馮玉祥講授曆史課。