1937年，經呂振羽介紹，翦伯讚加入了中國共產黨，但是為了隱蔽戰線鬥爭的需要，其黨員的身份一直沒有公布，知曉的人較少，直到1960年其黨員身份才正式公布。
回歸湖南 奔走抗日
1937年7月7日，抗日戰爭全麵爆發。翦伯讚回到湖南長沙，與呂振羽、譚丕模等同誌發起組織了中蘇文化協會湖南分會和湖南文化界抗敵後援會，覃振任會長，翦伯讚任常務理事，並主持機關刊物《中蘇半月刊》，宣傳馬克思主義。為了成立上述兩個抗日組織，翦伯讚奔走呼告，積極拜訪國民黨在湖南的重要人物，一再向他們講述成立兩個組織的必要性。先後得到了兩位湖南省主席何健和張治中的支持。
湖南省文化界抗敵後援會成立於1937年10月17日，600多人到會參加，國民黨省黨部特派員賴璉和省政府主席何健出席會議。大會推舉翦伯讚等五人為大會主席團成員。會議討論了“文抗會簡章”、“工作綱領”，還通電慰勞前方戰士。成立後的文抗會，剛開始工作開展較好，影響較大。文抗會在長沙舉辦各種講演會和時事座談會，利用群眾喜聞樂見的文藝形式，出版抗戰畫報、繪製大幅漫畫、組織街頭表演隊和街頭劇團等，廣泛進行抗日宣傳。
後期，由於CC派特務進行控製，國民黨勢力占據了各大部門的大權，削弱了抗日勢力，一些進步人士還遭到國民黨特務的迫害，很快，文抗會趨於瓦解。
中蘇文化協會成立於1936年。那時，中蘇兩國複交不久，國民黨迫於日本帝國主義大舉逼近華北，為了得到蘇聯在外交上的支援，由立法委員張西曼出麵，與一些留蘇學生發起組織了該協會，會長為孫科，副會長為陳立夫、邵力子，張西曼任常務理事。國民黨成立這一機構隻是為了向蘇聯做出一個姿態，並不想真正促進中蘇文化交流，加強中蘇關係，所以根本就不想在地方上設分會。為了成立中蘇文化協會湖南分會，翦伯讚積極爭取新任湖南省主席張治中的支持和批準，又到武漢找到覃振，請他任分會的會長。經過不懈努力，1937年12月19日，湖南分會正式成立。
成立後中蘇文化協會湖南分會主要開展了以下工作：一是發行《中蘇》半月刊，宣傳中國共產黨抗日民族統一戰線政策，鼓動、團結各界一致抗日；二是開辦俄文班，先後開了十餘班，培養了數百學生；三是與文抗會輪流舉行時事座談會，傳達最新抗戰形勢；四是宣傳馬列主義。
《中蘇》是中蘇文化協會湖南分會的機關刊物，翦伯讚任主編，創刊於1938年3月15日，是一本綜合性刊物，內容包括政治、經濟、文化、軍事、外交等方麵。“長沙大火”後，翦伯讚作為省委的特別黨員率分會遷往湘西抗日救亡運動的中心——沅陵縣城，住總爺巷28號，改名為湖南中蘇文化協會，仍以原來的名字與蘇聯對外文化協會聯係。
《中蘇》在翦伯讚的領導下繼續出版，他先後發表《偉大的十月革命》、《論湘西民眾救亡運動》等十六篇論文。國民黨為監視和破壞刊物的出版，出動警察，強迫印刷廠取銷承印合同，威嚇房東退出房子，由於翦伯讚的據理申辯，才使敵人的陰謀未能得逞。後來，駐沅陵的省警備司令孫常鈞也公然出麵，施加壓力。一天，孫司令派人把翦伯讚叫去，一見麵，就嚇唬道：“你們中蘇文化協會裏有很多共產黨員，我們知道。你明白，共產黨員是要殺頭的。共產主義無論怎樣好，殺了頭，就什麼也看不見了。”對於孫常鈞的威嚇恐嚇，翦伯讚早有準備，回敬道：“謝謝司令的關照，不過，我要告訴你的是，我翦伯讚不是共產黨員，我的同事們也不是。中蘇文協是搞人民外交的，分會長是覃振，總會長是孫科，這個，想必司令也是知道的。我是奉命來宣傳蘇聯文化的。我們不宣傳他們是不行的，不然，蘇聯不幫助我們抗日，對我們非常不利，你們應該支持我們的工作，不應該和我們為難。還有，我不能不提醒你，國共合作抗日，是蔣委員長的決策，你們殺共產黨人的頭，上邊如果追究責任，你怎麼辦？！”這一連串的反間，弄得孫常鈞張口結舌，不知所措，隻好矢口否認他要殺共產黨人。
1939年6月12日，國民黨駐湘鄂邊第27集團軍總司令部根據蔣介石的秘密命令派特務營一個連，突然包圍了新四軍駐湖南平江縣嘉義鎮的通訊處，並將新四軍高級參謀塗正坤等當場槍殺。晚上，又將八路軍少校副官羅梓銘、通訊處秘書吳淵、新四軍司令部少校秘書曾金等6人活埋於平江縣的黃金洞，通訊處財物被洗劫一空，製造了曆史上著名的“平江慘案”。“平江慘案”新四軍留守處十幾個幹部慘遭殺害，同時，在平江的紅軍家屬及其他革命分子被殺者不下千餘人，其中有一紅軍家屬兄弟八人竟被殺掉六個。接著，湖南省黨部召集各縣黨部書記開會，布置殘害共產黨員和進步人士的運動。
“平江慘案”以後，國民黨反動派為了加強對湘西的控製，把穀正倫的憲兵派進了那裏。形勢的惡化，使《中蘇》不能按時出刊。為了加強《中蘇》的力量，中共湖南省委於1940年初建立了省文委，翦伯讚、張天翼、譚王模、楊榮國、呂振羽、李仲融等都是委員，為《中蘇》撰稿。政治局勢進一步險峻、一些同誌不得不撤離湘西或隱蔽起來。1940年春，翦伯讚也前往重慶，在周恩來同誌身邊協助工作，但他仍然是《中蘇》的主編。這時，中共湖南省委機關報《觀察日報》已被迫停刊，省委也轉入地下，但仍然指示中蘇文協，要把《中蘇》作為省委的刊物繼續辦下去，使轉入地下的基層黨組織和同誌們看到《中蘇》，就感覺到省委的存在。為此，《中蘇》無法在湖南出版的情況下，經省委同意，遷往桂林，改半月刊為月刊，1940年出了第一期。
期間，翦伯讚還不忘進行曆史研究，1938年8月，翦先生新著《曆史哲學教程》一書由內遷長沙的新知書店出版。該書比較全麵係統地闡述了曆史唯物主義基本原理，同時，緊扣時代脈搏，尤其是對有關中國當前社會性質及其發展方向的理論觀點，進行了簡明扼要的論述。該書是我國最早的一部從本國國情出發的“曆史哲學”著作。該書的“序”開宗明義地說：“在這樣一個偉大的曆史變革時代，我們決沒有閑情逸致埋頭於經院式的曆史理論之玩弄；恰恰相反，在我的主觀上，這本書，正是為了配合這一偉大鬥爭的現實行動而寫的。在目前，隱藏在民族統一陣線理論與行動陣營中的‘悲觀主義’、‘失敗主義’等等有害的傾向，都有其社會的曆史的根源；因而從曆史哲學上去批判過去及現在許多曆史理論家對中國曆史之一貫的錯誤見解，及其‘魔術式’的結論，是我們一個不可逃避的任務。”這樣的曆史觀和寫作目的無疑是科學而先進的。
該書一問世，不僅在出版地長沙發生了強烈的社會效應，就是在桂林、貴陽、重慶、廣州、香港等地的門市上也被搶購一空。尤其是愛國進步的文化人和青年學生，因讀到這本充滿愛國的、革命的、戰鬥的著作而精神為之一振。可是當該書於次年再版時，由於增加了一篇《群眾、領袖與曆史》作為“再版代序”，而引發了國民黨頑固派的憤怒。國民黨中央執行委員、湖南省政府秘書長潘公展大罵文化檢查部門人員是一群“笨蛋”、“瞎子”，說“敵人的刺刀戳穿了你的肚皮都不知道”。他下令該書不許再版，不許翻印，不許銷售，現存的“付之一炬”。從此時開始，翦伯讚被列入“危險分子”遭到國民黨軍警特務的跟蹤和監視。
1939年3月，翦伯讚前往湖南漵浦民國大學任教。民國大學也稱民國學院，是張學良在北平創辦的，學校創辦開始，張學良兼任校長。“七?七”事變後，學校南遷，經過數次遷徙，最後遷到湖南漵浦縣。學校有五個係，學生兩百多，教師二十多位，校長是國民黨CC派成員。翦先生知識淵博，平易近人，支持學生運動，深受學生尊敬，但是卻受到國民黨反動派的痛恨，經常找些借口對其進行刁難和威脅。
開學不久，國民黨漵浦縣黨部書記等人登門拜訪翦先生，軟硬兼施要翦不再宣傳馬克思主義。翦先生回答道：“尊敬的書記長大人，我是大學老師，大學是講學的地方，學術自由，各種學說都可以在此傳授，三民主義可以，馬克思主義也同樣可以，你們沒有權利進行幹涉，我從事馬克思主義的教學和研究已經多年了，在南京、長沙、沅陵都有講馬克思主義的身影，怎麼到了漵浦就不可以講了呢？你們不要以為誰講了馬克思主義，就有多大的問題，就是大逆不道，你們要知道，這是學術，不是政治。”
書記長說不過翦先生，就轉移話題，又問：“翦先生，我們通過其他渠道了解到你是共產黨員，這是不是真的？”翦先生反擊道：“你是因為我研究馬克思主義，就懷疑我是共產黨員吧！懷疑是要有證據的，沒有證據不能隨便懷疑人，不要因為研究馬克思主義，就亂扣黨產黨員的帽子。北京、上海的大學教師，研究馬克思主義的很多，難道都是共產黨員，都應該抓起來？況且，現在是國共合作時期，即使我是共產黨，國民黨也不能背信棄義抓共產黨員吧。何況，我做得不夠，根本就不配做共產黨！隻有朱德、毛澤東等配做共產黨。”
因為拿不出充足的證據證明翦先生是共產黨員，書記長萬般無奈地走掉了。但國民黨對翦先生的懷疑和監視沒有停止過。不久，中共漵浦地下縣委機關被破壞，縣委書記被捕，供出了漵浦的共產黨員名單，翦先生身邊的國民黨特務多了，出入經常有人盯梢，情況萬分緊急。