署名為李賢注的《後漢書注》流傳至今，我們可以從中窺知其政治態度。《後漢書》中有大量武後臨朝、外戚幹政的事例，李賢等人都做了詳細的注釋，甚至不乏舉一反三。這些注釋完全是事實的羅列，是一種有意的強調。
《後漢書》中說：“東京皇統屢絕，權歸女主，外立者四帝，臨朝者六後。”對於這一條，李賢注道：“四帝：安、質、桓、靈也；六後：章帝竇太後、和帝鄧太後、安帝閻太後、順帝梁太後、桓帝竇太後、靈帝何太後。”李賢還特別對《後漢書》中許多涉及呂後的事作了大量的注釋。
《後漢書·崔駟傳》所載崔駟與竇憲書“外家二十，保族全身、四家而已。”句下，李賢注曰：“謂高帝呂後產、祿謀反誅。”《後漢書·丁鴻傳》載丁鴻封事，其中有句雲：“諸呂擅權，統嗣幾移。”李賢注曰：“諸呂，謂呂產、呂祿也。產領南軍，祿領北軍，謀危劉氏。故曰：‘統嗣幾移’。”《後漢書·何敞傳》載何敞封事，其中有句雲：“臣觀公卿懷持兩端，不肯極言者，如憲等陷於罪辜，則自取陳平、周勃順呂後之權，終不以憲等吉凶為憂也。”李賢注曰：“呂後欲封呂產、呂祿為王，王陵諫不許，陳平、周勃順旨而封之。呂後崩，平、勃合謀，卒誅產、祿也。”
聯想武則天做皇後尤其是參政以來的表現，不難看出李賢等人褒貶現實的用意所在。說呂後將戚夫人做成“人彘”，使人想起武則天對王、蕭二氏的“骨醉”之刑。說到“貪孩童以久其政，抑明賢以專其威”，則更與李賢當時的處境有關。
武則天對李賢的這種作法很不滿意。李賢剛做太子就拉起了寫作班子，無疑是要樹立自己獨立的政治力量。尤其是這些人在借曆史而影射現實政治，對武則天參與政事隱含批評，這更使她無法忍受。
武則天針鋒相對地對官僚展開宣傳教育。她唱出一支悅耳又峭厲的高音。這便是她為《臣軌》所作的序言。《臣軌》在名義上是皇後寫的，但實際的撰著者是皇後的私人寫作班子“北門學士”。這個班子中的人物有劉禕之、元萬頃、範履冰、周恩茂、胡楚賓等人。他們的著作有《烈女傳》、《臣軌》、《樂書》、《百僚新誡》等。《臣軌序》現存《全唐文》內。在文中，她力圖在讀者中樹立“孝”的觀念。她發現了“孝”與“忠”處於不兩立的地位。她強調人們盡孝。她的讀者，就是各級文武官員。她以慈母般的口吻向臣下們暗示：積累棟梁而成大廈，憑借舟楫而過大河，君臣之間要唱和相依，同功共體！暗含的意思是，你們要跟著我走！跟著我走，就是孝！自然前途似錦！從這個角度來說，忠與孝並不矛盾。如果不跟著我走，後果又是如何呢？武則天並沒有說出來，這是她留下來請讀者去思考的問題。但我們也可以根據她文章的思路，作出答案。這答案就是：大禍臨頭，家族前途，一片黑暗！
李賢已經成為武則天謀權道路上的重大障礙，必須搬倒。這就不僅是意識形態上的鬥爭所能解決的了。武則天借一個偶發事件廢掉了李賢。
高宗儀鳳年間，有一個在政治上相當活躍而又極得武則天信任的術士，名叫明崇儼。他提出了一套說法：據相術，李賢、李顯、李旦兄弟三人，李賢的相最壞。這位術士又說，相王李旦的相最好。這個說法無疑是為武則天立幼君造輿論的，也就是為武則天臨朝稱製創造條件。
調露元年（公元679年）四月，居住在京師的明崇儼，在一次夜間出行的時候，突然被人殺害，這是震動一時的大案，許多人被捕下獄。但武則天認定，謀殺是在李賢安排下進行的。皇後要懲辦李賢，就從明崇儼一案入手。李賢的親信戶奴趙道生被逮捕了。趙道生供稱：李賢指使他刺殺了明崇儼。這樣，李賢就被引出來了。