其實，封禁也仍然有政治軍事方麵的需要，東北是清朝的後方，大量滿、鄂倫春、鄂溫克和赫哲人等都是後備軍。不僅如此，如果關內守不住，還可以退到關外。清朝初年，東北的版圖北接西伯利亞，東北至黑龍江以北的外興安嶺與庫頁島。沙皇俄國一直想實現黃色俄羅斯的計劃，看到滿族進軍關裏，便乘虛而入。自16世紀末葉開始，沙俄派遣驍勇善戰的哥薩克兵團，越過兩個汗國，進攻黑龍江，屠殺各族人民。早期，清廷忙於鎮壓關裏漢族人民的反抗，之後又有平定三藩等戰爭，鞭長莫及，以和約方式割土讓權一味妥協，方有晚清俄人在東北的長驅直入。後來的開禁，也是由於邊患日益嚴重。
盡管封禁政策嚴酷，在有清一代，以漢族為主的勞動人民，還是不顧清政府的禁令，紛紛偷越。翻長城，渡渤海，扶老攜幼，擔子偕妻，長途跋涉，源源不斷地湧進東北移墾。東北的土地由此得到開發。隨著封建租佃關係的發展，手工業和商業也發展起來。在廣大農民長期反封禁鬥爭的推動下，清政府被迫做出了一些讓步。這首先是因為，山東、直隸等地的農民為了生存，不顧清政府的禁令，從古北口、喜峰口進入東北，也有“泛海自天津、登州來者。”盛京、吉林的柳條邊牆，已阻擋不住流民湧入東北的洪流。乾隆九年（1744）和嘉慶元年（1796），均曾援例允許關內饑民無業貧民出關謀食，實際上否定了封禁政策。其二則是東北旗人莊主，需要招徠更多的勞動力，地方官吏也希望招民墾地，以增加稅收。各莊園主一向是渴望人工的，非特不加拒絕，反極盡招徠之能事，於是供墊牛糧籽種，白住房屋，能下田的去下田，能伐木的去伐木，能種菜的去種菜，放羊的放羊，喂豬的去喂豬，鐵匠送到鐵匠爐，木匠送到木匠鋪，念過書的功名人則留在房裏，“教少東家念書，伴老東家清談”。並且“地方官吏亦與之有相通的希望，默認流民私墾，以時借詞收其土地，地方既承認租佃權，增益官府收入，複以種種名目，清丈私墾土地，大事搜刮。”他們對清政府的禁令陽奉陰違。道高一尺，魔高一丈，越封禁民人越多，辟地越廣，最後清政府不得不承認：“查辦流民一節，竟成懸文。”
1860年—1866年東北爆發了大規模的農民起義，橫掃遼、黑、吉三省，衝破了清朝以來為封禁而設置的蕃籬和障礙。起義軍縱橫馳騁，不管什麼封禁重地，都出入自由，甚至把奉天圍場（即皇家獵場）變成了活動的中心。起義失敗以後，清政府為了解決財政困難和不使“匪徒藏匿”，於鹹豐同治年間，實行部分的弛禁放荒，允許農民墾殖。由於農業生產力的提高，東北的經濟結構發生了重要的變化。在封禁時期，“據統計，‘關東豆麥每年至上海者千餘萬石’。”當時，經濟作物主要是棉、煙、麻和蠶絲。主要的手工業部門是釀酒業（即燒鍋）和榨油業（即油坊），這些都促進了城鎮貿易的發展。東陲重鎮寧古塔，吉林烏拉、齊齊哈爾，以及盛京等大城市，都有相當規模的商貿交易。奉天沿海和關內各省的貿易往來也十分密切。每年自春至秋，福建、浙江、江蘇、山東、直隸五省商船往來貿易，至冬初全行回棹。“東北的土特產運銷各地。”
1858年—1860年第二次鴉片戰爭之後，根據《天津條約》，牛莊即後來的營口，被迫於1867年開埠。從此，東北被拖入了世界資本主義市場，成為外國資本主義傾銷商品、掠奪原料和廉價勞動力的半殖民地。西方宗教勢力也乘機接踵而至，在東北建教堂、辦學校、開醫院，一方麵配合侵略掠奪的需要，以“基督教征服中國”。同時，也為現代文明的傳播做了大量的工作。為了抵製沙俄的軍事侵略，在19世紀八九十年代，清朝在東北設防過程中，近代工業開始在東北出現。為了增強邊防軍作戰能力，籌集軍餉及以杜外人覬覦礦產出發，在東北以官辦、官督商辦、官商合辦、商辦等方式，建立了一批近代軍火工業和采礦業。80年代東北各地建立了電報局，1884年，旅順、錦州、山海關至天津之間架設了電線。次年，電線延續架設到奉天。1886年，又從奉天延長至吉林、寧古塔、暉春。1887年，又從吉林架設到黑河。1891年4月，清政府決定修築關東鐵路，“以林西（現內蒙古赤峰市林西縣）現有鐵路，接造幹路至吉林，另由沈陽造支路至營口。為了加強邊防實力，抵製沙俄侵邊，清政府決定廢除吉林東部邊疆的封禁政策，一再下令“招民試墾”，“妥籌墾務”。辦防期間不斷派人“前往登、萊、青各州屬招募”農民前來墾荒。同時又奏準朝鮮難民墾荒種地，“領照納稅租”。
1894年，甲午戰爭之後，日本人長驅直入，侵占了東北大量土地，同時以保護僑民的名義，軍隊進駐遼東半島關東州（大連、旅順和金州），遂有關東軍日後的滔天罪行。1895年4月17日，《馬關條約》簽訂，準許外國在中國投資辦廠，大量外國過剩資本開始傾入中國。同年8月7日簽訂了《交受遼南條約》。1898年3月，沙俄在“租借名義下，奪得旅順和大連地區。1891年3月，沙俄開始修築從莫斯科到海參崴的鐵路。1896年6月3日清政府和沙俄簽訂了《中俄禦敵互相援助條約》，即《中俄密約》。1898年9月8日，簽訂了《中俄合辦東省鐵路公司章程》（即《中東鐵路合同》）。其路由我國滿洲裏入海拉爾、齊齊哈爾、哈爾濱、牡丹江，最後從綏芬河出境到達海參崴，長達1700多公裏。1898年3月《旅大租地條約》簽訂之後，沙俄又得到了修築中東鐵路支線的權力，從哈爾濱向南，經長春、沈陽直到旅順，從而形成一條2800多公裏的“丁”字形鐵路。與此同時，沙俄以哈爾濱為中心，逐漸建立了許多重、輕工業工廠。在中東鐵路開始修建之前，沙俄就以護路隊的名義派遣軍隊常駐哈爾濱，到1900年，已經逐漸增加到2.5萬人。至此，沙俄黃色俄羅斯的計劃有了穩固的基地。清朝政府對俄一貫割土求和的妥協政策，無疑助長了沙俄的氣焰。早在中俄最早衝突的雅克薩戰爭之後，1689年8月27日簽署的《尼布楚條約》中，清政府就割讓了相當兩個日本大的領土。在此後的曆次條約中，不僅使中國喪失了大片領土，前前後後屠殺了上千萬的民眾，被稱為通古斯人的東北各民族原住民幾乎被殺盡，作為清朝後方的東北地區成了最殘酷的戰場，也使清朝幾乎斷絕了兵源，為最後的覆沒埋下伏筆。1900年的庚子之亂時期，6月末，為了爭奪旅順港，也為了進一步實現黃色俄羅斯的計劃，沙俄集結了10萬兵力在外貝加爾、黑龍江、烏蘇裏江等處的中俄邊境。7月9日，悍然發布命令，分七路先後侵入東北。1904年至1905年，日俄在東北地區進行了大規模的戰爭。戰後簽訂重新劃分勢力範圍的《檏次茅斯條約》，將俄國在南部東北的權益轉讓給日本。東北這塊由各民族人民開發出來的富饒土地，就這樣以半殖民地的方式進入了現代化的過程。