本書標題所說的河，指的是一條DNA之河，它是在時間中流淌，而不是在空間流淌。它是一條信息之河，而不是骨肉之河。在這條河中流淌的，是用於建造軀體的抽象指令，而不是實在的軀體本身。這些信息通過一個個軀體，並對其施加影響；然而信息在通過這些軀體的過程中卻不受軀體的影響。這條河流經一連串的軀體，不僅不會受這些軀體的經曆與成就的影響，而且也不受一個潛在的、從表麵上看更具威力的“汙染源”的影響，那就是：性。
作者認為作為一個物種，其特征是：任何一個物種的所有成員流過的基因之河都是相同的，而同一物種的所有基因都必須做好準備，相互成為良好的夥伴。當一個現有物種一分為二的時候，一個新的物種就誕生了。基因之河總是適時分出支流。從基因的角度來說，物種形成（即新物種的起源）便是“永別”。經曆一個短期的不完全的分離之後，這支流與主流不是永遠分道揚鏢，就是其中之一或雙方都趨向幹涸、消失。兩條河在各自的河道之內是“安全”的，通過性的重組，河水互相混合、再混合。但是，一河之水永遠不會漫過自己的河岸，去汙染另一條河流。一個物種分裂為兩個物種之後，兩套基因就不再互為夥伴了。它們不會再在同一個軀體中相遇，因此也就無從要求它們和睦相處。它們之間不再有任何交往。這裏所說“交往”的字義是指兩套基因各自的暫時載體——個體之間的性交。為什麼會發生物種分裂？是什麼因素導致兩套基因的永別？又是什麼原因使得一條河流分成兩條支流，並且互相疏遠以至永不彙合？作者對此的解釋是，盡管在細節上尚有爭論，但沒有人懷疑這一觀點，即，最主要的原因是由於偶然發生的地理上的分離。雖然基因之河是在時間中流淌，然而基因的重新配對，卻是發生在實在的個體之內，而這些個體都在空間中占有一定位置。
作者說，經過很長一段時期之後，基因之河裏充滿了曆經萬難仍存活的基因。成功的原因是多種多樣的：有的基因使人投擲長矛的能力略有提高，有的基因使人辨別毒物的能力略有提高，以及其他等等。作為一種平衡，有些基因對生存不利：可能會使具有它的人眼睛散光因而標槍投不準，或者使具有它的人缺乏吸引力因而找不到配偶。它們最終會從基因之河中消失。在所有這一切中，要牢記的是：在基因之河中能夠長期存活下去的基因，將是那些有利於這一物種在一般環境中存活下去的基因；所謂“一般環境”，或許最主要是指這個物種的其他基因，即指這個基因不得不與之在同一個軀體中共存的那些基因，與之在同一條基因之河中共同遊過地質時代的那些基因。
作者覺得，一定有某種上帝以某種形式存在著，並且必定與生命形成的過程有著不斷發展的關係。簡言之，造物主上帝不是大洪水之前的神話，而是確實存在的。
作者反對這樣的觀點：某某事物的逐漸進化是不可能發生的，因為某某事物要起作用，它顯然必須從一開始就是完美無瑕的。作者在回答這種觀點時，已經采用大量的事實，說明黃蜂及其他動物眼中的世界與人們眼中的世界是非常不同的。在任何情況下，人們都很容易幹蠢事。但是，作者還有其他一些更有說服力、更普遍的論點需要進一步闡發。讓我們用“一碰就壞”這個詞來形容一種裝置，這種裝置要想發揮效用，就必須完美無瑕。作者發現，實際上很難想像一種毫不含糊的“一碰就壞”的裝置，這一點是很有意義的。飛機不是一碰就壞的。因為，盡管人們都更願意把生命委托給一架所有零件都處於完善工作狀態的波音747飛機，但是，一架飛機即使主要的零部件（例如一台或兩台發動機）出了故障，它仍然能夠飛行。顯微鏡不是一碰就壞的，因為雖然一台劣質顯微鏡隻能提供模糊的、灰暗的圖像，但是用它來觀察細小物體總比沒有顯微鏡好得多。收音機也不是一碰就壞的，如果它在有的方麵存在缺陷，它可能保真度差些，聲音聽起來尖細、失真，但是你仍然能夠聽懂話語的意思。作者想找出那怕一件人造的一碰就壞的裝置的恰當例子，結果隻想出了一個：拱門。拱門有某種近乎一碰就壞的性質。就是說，一旦兩邊合攏之後，它有很高的強度和穩定性。但在合攏之前，兩部分都不能穩固地豎立。建造拱門的時候，必須借助支架撐住。支架在拱門完工之前起暫時支撐的作用；造好之後就可以將支架拆走，拱門便可長久地穩固地屹立在那裏了。