製宜是時間治療學的核心，根據季節加減用藥是其重要內容，東垣有異常豐富的經驗，值得借鑒和研究。原有處方基礎上隨季加減,如補中益氣湯，夏季加白芍三分。加減平胃散，夏季加炒黃芩。夏季少加三黃丸,冬季少加草豆蔻丸，朱砂安神丸，長夏加蒼術、白術、澤瀉、麥冬、五味子、人參。羌活愈風湯，望春、大寒之後，加半夏二兩、柴胡二兩、人參二兩；望夏之月半，加石膏二兩、黃芩二兩、知母二兩；季夏之月，加防己二兩、白術二兩、茯苓二兩；初秋、大暑之後，加厚樸二兩、藿香二兩、桂枝一兩；霜降之後望冬，加附子一兩、官桂一兩、當歸二兩等。
同一病症，隨季節而變化用藥由於患病季節不同，用於某一疾病的藥物亦有不同。如表虛自汗，春夏加黃芪，秋冬加桂枝。腹痛，秋冬去芍藥，加半夏、生薑或智仁、草蔻類；夏月加黃芩。閉塞，膈咽不通，冬月宜加吳茱萸，夏月宜加酒洗黃柏，六、七月間加五味子、麥門冬。噎塞，冬月加吳萸，夏月加青皮、陳皮、益智、黃柏，或以消痞丸合滋腎丸，冬月加吳萸。氣澀滯、食不下，三春之月，多用陳皮，少用青皮，更加風藥；初春猶寒，少加辛熱之益智仁、草豆蔻；秋月加檳榔、草豆蔻仁、縮砂仁或白蔻仁；冬月加吳茱萸、人參。痰嗽，春夏大溫，加佛耳草三分、款冬花一分；夏月加五味子三十二枚，麥冬二分或三分；冬月加去節麻黃五分等。
藥應選擇適宜的時間，這在《內經》早有記載。《素問·刺瘧篇》說：“凡治瘧，必先發如食頃，乃可以治，過之則失時也。”《傷寒論》中十棗湯要求“平旦服”。現代時間生物學實驗證明，不同給藥時間將發生完全相反的效果。如O.miillen氏以大鼠做苯巴比妥半致死量毒性和安眠作用試驗，腹腔注射190毫克／公斤體重，實驗室自然光照：日出時間04∶30，日落時間20∶30。動物分為九組，給藥時間各不相同。結果同樣半數致死量，白天服藥的動物死亡率在50％以上，下午服藥的動物死亡率高達100％，動物睡眠時間都很長。反之，夜間服藥的幾組動物死亡率很低，睡眠時間也很短。
李東垣非常重視服藥時間的選擇，並有嚴格的規定。初步統計可分為食前服、食後服、食遠服，空心服、五更服、上午服、已午間服、臨臥服和不拘時服九種，這是由晝夜陰陽消長的節律所決定的。此外，東垣要求訶梨勒丸五更服，升陽湯、升陽舉經湯、升陽除濕湯、內托黃芪湯、人參補氣湯、當歸補血湯、補肝湯、當歸芍藥湯、酒煮當歸丸、益陰腎氣丸、涼血地黃湯、療本滋腎丸、破血散疼湯、蒼術湯等方清晨空心服，補中益氣湯、升陽益胃湯、補脾胃瀉陰火升陽湯、參術調中湯、瀉榮湯等方上午服，黃芪當歸人參湯“於已午之間，食消盡服”，神效明目湯、當歸龍膽湯、安神湯、清震湯、葶藶丸、羌活湯臨臥服，如此都體現了按晝夜陰陽消長節律選擇服藥時間的思想。如果疾病現象表現出晝夜節律性，那麼按此節律服藥就更有必要。如麻黃蒼術湯證每日五更咳嗽，則“稍熱臨臥服”，意在截其未發；瀉血湯證發熱晝少而夜多，則早晨“空心溫服”，意在避其銳勢。後人曾對此有不少闡發，趙獻可說：“若未發之時，當迎而奪之……若正發之時，當避其銳鋒，若勢已殺，當去其惰歸，恐曠日遲久，反生他患也。”近代著名中醫學家，上海中醫學院院長黃文東先生老曾主張，濕溫病的服藥時間，“應爭取在上午熱勢未張之際，截邪除路，則效果更好”。關於按月節律選擇服藥時間，神聖複氣湯的服法中有“於月生月滿時，隔三五日一服”的記載，說明他對月節律亦有深刻認識。
疾病的時間節律性為診斷提供了依據。東垣說：“夫百病晝則增劇，遇夜安靜，是陽病有餘，乃氣病而血不病也。百病夜則增劇，晝則安靜，是陰病有餘，乃血病而氣不病也。晝則發熱．夜則安靜，是陽氣自旺於陽分也。晝則安然，夜則發熱煩躁，是陽氣下陷於陰中也……晝則發熱煩躁，夜亦發熱煩躁，是重陽無陰也。當極瀉其陽，峻補其陰。夜則惡寒，晝則安靜，是陰血自旺於陰分也。夜則惡寒，晝也惡寒，是重陰無陽也，當極瀉其陰，峻補其陽。夜則安靜，晝則惡寒，是陰氣上溢於陽中也。”總之，李東垣對時間節律性的應用是多方麵的，他不僅繼承了其師張元素的有關成就，而且有了很大補充和發展。整理和研究東垣在時間醫學方麵的成就，對於進一步提高中醫理論和臨床水平，加速現代時間醫學的研究都是很有益處的。
脾胃為滋養元氣之源
真氣與元氣，異名同類，為維持人體生命活動的原動力，又是維持生命活動的最基本物質。真氣之說，首見於《內經》，如《靈樞．刺節真邪篇》所雲：“真氣者，所受於天，與穀氣並而充身也。元氣之說，首見於《難經》，認為命門為元氣之所係。李杲彙合《內》、《難》之說，一歸於脾胃而論之：“真氣又名元氣，乃先身生之精氣也，非胃氣不能滋之。”“元氣、穀氣、營氣、清氣、衛氣、生發清陽之氣，此六者皆飲食入胃，穀氣上行，胃氣之異名，其實一也”。並進一步明確指出：“元氣之充足，皆由脾胃之氣無所傷，而後能滋養元氣。若胃氣本弱，飲食自倍，則脾胃之氣既傷，而元氣亦未能充，而諸病之由生也。”從而強調了後天脾胃之氣對先天真元之氣的充養作用，這就為“脾胃為後天之本”論奠定了基礎，並進而導出“養生當實元氣，欲實元氣，當調脾胃”的著名論點，成為其全部脾胃學說立論之宗旨。
脾胃虛衰諸病所生
“內傷脾胃，百病由生”，“脾胃之氣既傷，而元氣亦不能充，而百病之所由生”為其立論根本。因人之元氣，雖稟受於先天，實賴後天脾胃水穀精氣時時充養，方得以盛而不衰，循三焦曆行周身髒腑經絡，成為激發人體生命活動的根本動力。脾胃之氣既衰，元氣得不到水穀之氣的充養，隨之亦衰；根本既衰，則五髒六腑、四肢百骸、五官九竅、十二經脈皆失於滋養而發生各種病變。李杲在其《脾胃論·下卷》中，首論“大腸小腸五髒皆屬於胃，胃虛則俱病”，次論“脾胃虛則九竅不通”，再論“胃虛則髒腑經絡皆無以受氣而俱病”，條分縷析，“胃虛元氣不足諸病所生”,突出表明“胃虛”或“脾胃虛”是髒腑、經絡及九竅發生病變的根本原因。
胃氣下溜,五髒皆病
“胃氣下溜”，指脾之清陽下陷而言，李杲也稱為“穀氣下流”。在《脾胃論》中李氏引《內經》“陰精所奉其人壽，陽精所降其人夭”之語，指出所謂“陰精”乃“地之伏陰，其精遇春而變動，升騰於上，既曰生發之氣”，在人體中則為脾之清氣，脾氣升浮將飲食水穀之精微上奉心肺，化生氣血維持正常的生命活動。脾之升清作用失常，則形成“穀氣下流”、“胃氣下溜”的病理變化，像自然界天行“收斂殞殺之氣”，甚則引起生命的夭、殺。這是李氏脾胃內傷發病學說中，反複闡發的脾胃內傷的核心。