太子案的升級正是此背景下政治鬥爭、派係傾軋的緣故，此案風雲再起後，真假忽然模糊了，“南京士民嘩然不平。袁繼鹹及劉良佐、黃得功輩皆上疏爭。左良玉起兵亦以救太子為名。一時真偽莫能知也。”到後來，朱由崧親自出麵澄清，但為時已晚。“王亟出獄詞，遍示中外，眾論益籍籍，謂士英等朋奸，導王滅絕倫理。”
除太子案外，同時間還有另一件頗為轟動的童妃案。一位童氏女子至京，自稱為福王之妃，朱由崧拒不召見，交付錦衣衛監候。童氏原是一宮女，洛陽被清軍攻破時，童氏逃到尉氏縣，與福王同居並生有一子。福王南下，童妃與太妃均各自失散。福王即位後馬士英從河南迎回太妃，現在這位童妃又自動上門認親。廣昌伯劉良佐上言：“童氏必定不是假冒。”連馬士英也認為：“如果不是關係真情，誰敢自稱是陛下的王妃？”福王始終既不見麵也不回應，令錦衣衛都督馮可宗審訊。童氏詳細書寫入宮的年月，以及與福王相遇別情，甚為詳細，請馮可宗呈交朱由崧閱。馮可宗卻因此被撤，改由屈尚忠審理。屈尚忠對童氏嚴刑拷打，童氏不久便死在獄中。這兩樁案件，使得一時之間“中外嘩然。”
當時，南明諸將以鎮守荊楚的左良玉實力最強，“良玉兵八十萬，號百萬，前五營為親軍，後五營為降軍。每春秋肄兵武昌諸山，一山幟一色，山穀為滿。”最為馬、阮所忌。“良玉之起由侯恂。恂，故東林也。馬士英、阮大鋮用事，慮東林倚良玉為難，謾語修好，而陰忌之，築板磯城為西防。良玉嘆曰：‘今西何所防，殆防我耳。’”曾為左良玉監軍的禦史黃澍回京後，因彈劾馬士英被陷害，逃回左良玉處，“澍在良玉軍中，日夜言太子冤狀，請引兵除君側惡。良玉亦上疏請全太子，斥士英等為奸臣。又以士英裁其餉，大憾，移檄遠近，聲士英罪。”
左良玉發兵沿江東下九江，內戰開打。馬士英急調江北前線鎮兵堵擊，“乃遣阮大鋮、硃大黃、黃得功、劉孔昭等禦良玉，而撤江北劉良佐等兵，從之西。”致使江、淮防線空虛。清軍看準了這個機會，豫王多鐸乘虛而入，統兵渡淮南下。“時大清兵日南下，大理少卿姚思孝，禦史喬可聘、成友謙請無撤江北兵，亟守淮、揚。士英厲聲叱曰：‘若輩東林，猶藉口防江，欲縱左逆入犯耶？北兵至，猶可議款。左逆至，則若輩高官，我君臣獨死耳！’”好坦白的一句話，真正道出了政治傾軋的真諦，而這也正是南明輕易喪失了江南半壁的原因。
就這樣，僅僅一個月之後，“會良玉死，其子夢庚連陷郡縣，率兵至采石。得功等與相持，大鋮、孔昭方虛張捷音，以邀爵賞，而大清兵已破揚州，逼京城。”五月八日，清軍突破虛弱的長江防線，十一日兵臨南京城下。朱由崧逃往蕪湖，後被清擒殺。馬士英攜太妃，身邊僅有黔兵四百（馬是貴州人），奔浙江而去。京城宗室大臣從趙之龍、湯國柞，文臣自王鐸、錢謙益以下，文武官員數百名，軍士二十三萬，開門投降。不久之後，左良玉的兒子左夢庚降清，南明的第一個王朝就此覆滅。
小小一樁偽太子案，今天看來不過一詐騙事件而已，卻竟使尚有江南半壁南明小朝廷頃刻分崩離析，輕易淪喪。無需為其嘆息，一個連存亡危機都無法令其警醒振作的末路王朝，滅亡完全是理當如此，並非異數。