肯尼迪努力勸說他們從政治和軍事兩個角度去看待這個問題。但他並沒有告訴他們，他已經決心要凍結ABM（AntiBallisticMissile，反彈道導彈）計劃。
參議院於9月9日開始討論禁止核試驗一事，公眾輿論對於議案的支持和反對各占一半，但是國會谘文則表示強烈反對。肯尼迪每天忙於各種努力，以讓議案獲得通過。他知道迪安·艾奇遜（於1949—1953年任美國國務卿）反對這個條約，於是勸說他不要在國會山遊說其他議員反對議案。然而，真正的關鍵人物是來自伊利諾斯州的埃弗雷特·麥金利·德克森，他是參議院的共和黨領導人，而且在參議院公開譴責該議案。而參議院中的民主黨領導人、精明的博比·貝克立即打電話告訴總統，德克森剛剛否決了議案的通過。
肯尼迪平靜地回答道：“未必如此。”
1962年，羅伯特·肯尼迪發現，艾森豪威爾政府時期的白宮參謀長謝爾曼·亞當斯曾經從富有的共和黨人那裏收取了大筆現金。鮑比準備以逃稅的罪名起訴亞當斯。瑪米·艾森豪威爾告訴艾森豪威爾，她擔心亞當斯會因受到起訴而自殺。但艾森豪威爾覺得，自己作為前任總統，不太合適請求現任總統給予自己特殊照顧。因此，他委托德克森去請求肯尼迪不要起訴亞當斯。德克森告訴肯尼迪，如果不起訴亞當斯，他和艾森豪威爾會對他感念於心。
在接到貝克的電話後，肯尼迪打電話給德克森並告訴他：“埃弗，我希望你能改變你的想法。而且我希望艾森豪威爾在參議院投票之前，公開支持議案。”9月23日，參議院以80票讚成、19票反對最終通過了議案。10月7日，總統簽署法案生效。
肯尼迪承認，禁止核試驗協定不會停止所有的核試驗或阻止核武器的擴散。中國人不會放棄他們擁有核武器的夢想，法國人也是如此。盡管這樣，他說：“千裏之行始於足下。”
禁止核試驗協定議案的簽署令肯尼迪十分得意。他認為這是他在任期內迄今為止所取得的最大成就，的確如此。而且，這也使得他將要做一件自富蘭克林·D·羅斯福以來沒有任何一位美國總統能夠做的事情——出訪蘇聯。但那至少也要等到1964年的選舉之後，他告訴戴維·奧姆斯比·戈爾：“我已經下定決心。”
導彈危機事件中，北大西洋公約組織（NATO）沒有受到任何影響，所有成員國政府自始至終都支持肯尼迪。赫魯曉夫妥協之後，美國人在北約組織中的威望高漲。
雖然如此，隨著法國日益強大和喪失殖民地之後，它開始尋求自己在世界中的新地位，並努力擺脫美國的陰影。1963年，戴高樂否決英國加入歐洲共同市場的申請，同時積極推進法國的核力量獨立發展，脫離北約的軍事管理體係，並通知北約將其總部撤離法國本土。
隨著法國不斷地為美國和北約製造麻煩，肯尼迪決定在1963年夏天出訪歐洲。法國不歡迎他，因此他決定訪問其他的主要歐洲國家——英國、德國和意大利，以及一個既不是北約成員國、也不太可能加入北約的國家——愛爾蘭。
肯尼迪的助理肯尼·奧唐納告訴他訪問愛爾蘭的想法非常荒謬。他已經獲得了所有愛爾蘭裔美國人的選票，“人們會說，這是一次遊覽觀光，而不是國事訪問”。
“這正是我想要的，”肯尼迪說道。“一次愉快的愛爾蘭旅行。”
7月22日他離開美國，抵達西德的首都波恩，第二天一早動身前往柏林。他兩次參觀柏林牆，每一次都令他不快。他注意到，在東德一側，婦女們在窗口向他揮舞著手絹。“這樣做難道不危險嗎？”他詢問柏林駐軍的指揮官——陸軍中將詹姆斯·波爾克。
“的確危險，總統先生。”
於是，他向她們微笑示意，但是沒有揮手。
波恩市政廳外搭建起一個大講壇。當他從他痛恨的柏林圍牆駛向這裏時，大約有兩百萬群眾——這裏的總人口也不過三百多萬，擠在街道和人行道上向他歡呼，迎接他的到來。這就是他們想要的、急需的、也是應得的：一個勇敢年輕的美國總統，帶著迷人的微笑來到他們的身邊，是美利堅民族決心的完美化身——自由的綠洲將在暴政的荒漠中繼續生存。
當肯尼迪講到自己對柏林牆的痛恨時，情緒非常激動，人群立即報之以熱烈回應。空氣中彌漫著一絲歇斯底裏的狂熱，如果他說，“我請求你們所有的人進入東德並推倒那麵該死的圍牆。”相信人們會立即衝進東柏林並將牆拆得片甲不留。
他著名的演講“我是個柏林人”引起的反響如此的熱烈，連他自己都有些無法控製。“有些人說，共產主義是未來的潮流，”肯尼迪宣稱，“那就讓他們來柏林吧。”他接著即興說道，“還有些人說，我們在歐洲或者其他地方能夠和共產主義者和平共處。那就讓他們來柏林吧。”他仍然在為達成禁止核試驗協議而努力，事後他對自己所說的話深感自責。
人群的興奮令他充滿活力，他們期待著從他這裏得到些什麼的同時，他也需要他們。在肯尼迪所服用的藥品中，沒有任何一種藥能夠像欣喜若狂的人群那樣令他興奮，而今天就是個美妙的日子。當他準備啟程離開德國時，他告訴德國總理康拉德·阿登納，不管誰將繼任成為美國下一任總統，他都會給新總統一個忠告，當一切看起來變得糟糕時，“去德國看看”。
離開柏林後，他飛往愛爾蘭，參觀新羅斯的碼頭，就是在那裏，1848年他的曾祖父帕特裏克·J·肯尼迪登上開往波士頓的輪船。歡迎他的人群雖然沒有在德國時那麼多，但對於一個收藏著大量愛爾蘭民歌和深受愛爾蘭文化影響的人來說，這些人具有特別的意義。肯尼迪告訴前來歡迎的人群：“這裏並不是我的出生之地，但是我對這裏卻充滿著感情。”