隔著發亮的桌子表麵，肯尼迪目瞪口呆地盯著鮑比，手捂在嘴上，臉龐漲的通紅。內心的挫敗感使他處於焦慮的掙紮中，一會兒緊握拳頭，一會兒又將其鬆開。在一兩分鍾內，總統好似身在其他地方，變成了另外一個人。
正當大家商議先阻止哪艘船時，麥考恩帶來了美國方麵所截獲到的一條蘇聯情報，說最靠近隔離區的蘇聯艦艇要麼突然在水中停下了，要麼正在返航。
在導彈危機期間，肯尼迪不僅把家人而且把朋友都團結在自己周圍。危機結束前，他曾兩次邀請奧姆斯拜·戈爾共進晚餐，三次邀請查爾斯·巴雷特在白宮進餐。當巴雷特周三晚到達時，他問肯尼迪：“難道我們不應該慶祝嗎？”
“不，現在還為時過早。”仍然有十幾艘船駛向古巴和隔離區。
周四淩晨，總統被叫醒，遞給他一封赫魯曉夫發來的電報，中心部分有一大段這樣寫道，“蘇聯政府不能向開往古巴的蘇聯船隻的船長下達命令讓他們遵守美國海軍的指示”，因為按照國際法，美國人所做的一切是不合法的。赫魯曉夫是正確的，這件事確實不合法。肯尼迪總統打電話給巴雷特說道：“我收到了我們老朋友發來的電報，他說那些船將通過隔離區。他們將會明天通過。”
周四早餐的時候，肯尼迪瀏覽了《華盛頓郵報》，在沃爾特·李普曼撰寫的專欄部分，作者寫道，古巴可以和土耳其相提並論，後者“是唯一在蘇聯邊疆部署了戰略性武器的地方。要想讓蘇聯從古巴撤回導彈，最好的解決辦法是美國從土耳其撤回導彈”。
肯尼迪對此的反應是“胡說八道”。
如果有人建議用土耳其的朱庇特和古巴的導彈做交易，這個人應該是他自己，而不是李普曼，而且絕對應該秘密進行。如果迫於蘇聯壓力，他從一個北約國家撤退中遠程彈道導彈，那麼看起來就是犧牲一個盟國來捍衛芝加哥和波士頓。這樣的話，北約就不可能存在。
那天在隔離區，蘇聯船隻並沒有掀起任何挑戰，但是中遠程彈道導彈場地的建設卻晝夜不停，而且偽裝得非常好。幾天內中程彈道導彈就可以使用了，而中遠程彈道導彈也在幾周內可以交付使用。
這次危機讓肯尼迪對他此前刻意回避的核武器有了深刻理解。“盡管隔離的做法100％的有效，但它僅僅是第一步。”10月26日早上，他提醒執行委員：“我首要考慮的是將這些導彈撤出古巴。”
根據軍方計劃，最遲不晚於周二，即10月30日，他們將針對導彈場、地對空導彈發射場和古巴空軍基地發動為期七天的空襲。緊接著將有15，000名陸軍和海軍入侵古巴，這是肯尼迪十分不想看到的情況。10月26日周五下午，在玫瑰花園和皮埃爾·塞林格交談的時候，肯尼迪說道：“你知道，如果我們不結束這次危機，無數的人就會因此而喪命。”
那天晚上晚些時候，總統正準備上床休息，他收到了赫魯曉夫寫來的冗長的書信。信的結尾，蘇聯領導人提出了一筆交易：“在我們方麵，我們將宣布，開往古巴的船隻將不會載有任何武器。你們也要宣布，美國不會用武力入侵古巴……如果這樣，我們的軍事專家留在古巴的必要性將不複存在。”
第二天一早，赫魯曉夫又發來一封信，信的語氣沒有先前通情達理，而且提出了額外的條件，包括要求美國從土耳其撤出朱庇特導彈。整個周六下午，正當肯尼迪總統和執行委員會商討如何處理赫魯曉夫發來的兩封有著天壤之別的信件時，有消息傳來說，有兩架低空飛行的偵察機受到攻擊後返回，機身上布滿了彈孔；還有一架U-2偵察機被擊落。
古巴人用20mm口徑輕型高射槍朝飛機射擊。指揮古巴防空的蘇聯將軍，“本著團結的精神”，也下令他的地對空導彈炮兵連向飛機開火。盡管華盛頓的人當時並不知道，但是蘇聯將軍下達的命令完全背離了他從上級那兒得到的指示。
肯尼迪對U-2偵察機飛行員魯道夫·安德森少校的遇難非常難過。他的哥哥小約瑟夫二戰期間因為執行極度危險的飛行任務而犧牲。在他自己的軍旅生涯中，肯尼迪曾經在戰鬥中失去了兩名PT-109成員，很久以來，他們的犧牲一直縈繞在他心頭。安德森的犧牲對他來說不是一個與己無關的事件。那些勇敢的人為了國家而犧牲，這讓他深感悲痛。由於擔心在古巴上空飛行的U-2偵察機飛行員的安危，他命令目前暫停飛行任務。他就此停止了，完全忘記了他自己定下的政策，即如果U-2偵察機被擊落，那麼他們會馬上對薩姆導彈（即地對空導彈）發射基地發動反擊，相反卻再次給予赫魯曉夫機會去思考：他到底要讓這次危機走向何方。
10月27日的晚上，總統將白宮筋疲力盡的工作人員召集在一起。他感謝他們為解決核危機所做的努力，緊接著他說道：“回家去看看你們的妻子和孩子們吧。今天晚上，我們就會決定是否發動戰爭。”然後他自己去參加執行委員會的會議，同意召集空軍儲備力量為入侵古巴做準備。
他決定忽視赫魯曉夫10月27日那封措辭強硬的信，給那封更為通情達理的信回了一封信。肯尼迪的回信中說，如果赫魯曉夫承諾將古巴的所有導彈撤走，美國保證不入侵古巴。
即便在那個時候，肯尼迪仍然打算滿足赫魯曉夫十分強硬的第二封信裏所提出的要求。他讓鮑比去會見蘇聯大使阿納托利·多勃雷寧，並帶上如下信息：“美國同意從土耳其和意大利撤走導彈，但是需要四至五個月的時間。”但是這必須滿足另外一個基本條件——交易秘密進行。
肯尼迪打算後退讓步。如果這次讓步失敗了，他就會要求聯合國秘書長吳丹公開呼籲雙方達成協議：朱庇特撤出土耳其，蘇聯導彈撤出古巴。他可以公開告訴聯合國，但不能這樣公開告訴赫魯曉夫，也許，他不用摧毀北約就能解決這次危機。
莫斯科時間比東部時間早9個小時，肯尼迪還在睡覺的時候，赫魯曉夫做出了決定：他將撤出導彈。因為擊落一架U-2偵察機並且令一名飛行員喪生，蘇聯犯下了一個可能具有毀滅性的錯誤——他們先發動了進攻。
赫魯曉夫非常謹慎小心，他不願意給美國任何借口，使其先發製人對蘇聯發動核攻擊。蘇聯沒有打算動用普列謝茨克航天發射場的洲際彈道導彈，並且他們的軍隊也沒有進入高度戒備狀態。但是U-2偵察機的摧毀表明他再也不能夠相信他的高級戰地指揮官會遵從他的命令了。宣布了他的決定後，他對最高蘇維埃主席團的成員說：“為了拯救世界，我們必須撤退。”
周日下午，導彈危機結束了。肯尼迪突然想到了亞伯拉罕·林肯，在取得最偉大勝利的時刻，林肯去了福特劇院，慘遭暗殺。死亡從來沒有遠離肯尼迪，但是無論以後發生什麼，他再也不會擁有比這更加偉大的時刻，再也不會在曆史上占據比這更牢固的位置。
“這樣的晚上我應該去劇院。”他大聲對鮑比說道，間接地向他的弟弟透露了一些他從來沒有向任何人坦承過的想法。
在整個核危機期間，肯尼迪把上帝的力量和男人的責任緊緊地抓在了手裏。如果他倒下了，這將會給一半的人類，甚至是全人類帶來災難。生命作為對死亡的挑戰，他沒有逃避，相反卻勇敢麵對，因為他的家人、國家、甚至全人類都聚集在他身後，需要他為他們指引一條出路。這樣的人生是如此的光彩奪目，將延續到永遠。