10月19日，星期五，肯尼迪親自會見參謀長們。但是參謀長們發現，他們在那裏不是為了提供建議，而是為了聆聽總統已經決定采取的行動——實施封鎖。他們竭力勸說他入侵古巴，而且保證蘇聯不會以占領柏林來施行報複。肯尼迪說他們錯了，然後出發去了芝加哥。
到目前為止，他盡力使危機成為秘密，他按照計劃前往伊利諾斯州和庫克縣民主黨人士商談。第二天，他匆忙返回華盛頓。最新的照片資料顯示，蘇聯導彈基地的工程在不斷加快。此外，總統離開華盛頓的時候，當時著名政治評論家沃爾特·李普曼告訴《華盛頓郵報》的編輯：“我們已經處於戰爭的邊緣。”回到白宮幾個小時後，塞林格聞知此事，立即告訴了總統。“這個城市簡直是個大過濾網，什麼消息都藏不住。”總統怒斥道。塞林格告訴總統，消息傳開前，他隻有一天、最多兩天的時間。
當時傑奎琳正呆在他們位於弗吉利亞鄉村的新家裏，肯尼迪給她打電話，讓她馬上帶著孩子們回到華盛頓。“我們就要打仗了。”他說道。
周六下午在內閣室討論期間，阿德萊·史蒂文森敦促肯尼迪總統要求赫魯曉夫撤離導彈。也許美國應該放棄它在美西戰爭（1898年）中攫取的、位於古巴東南部的關塔那摩灣基地。或者美國應該拿在土耳其的導彈與蘇聯的導彈交換。但是中央情報局局長約翰·麥考恩認為這個想法很荒謬，赫魯曉夫原本就不該這樣做，這樣一來美國竟然還要獎勵他。肯尼迪總統十分謹慎，對此沒有明確表態。
周日，總統邀請他的朋友英國大使大衛·奧姆斯拜·戈爾到白宮共進午餐，告訴他古巴的導彈事件。總統說他隻有兩個選擇，其一是周一上午發動空襲，摧毀古巴的導彈基地，其二是實施海上封鎖。
大衛·奧姆斯拜·戈爾告訴他：“除美國外，在世界上其他地方，很少有人認為這種挑釁行為嚴重到美國必須發動戰爭。此外，古巴的導彈可能隻是個煙幕掩人耳目，實際上蘇聯人可能借機對柏林采取行動。采取海上封鎖也許更加正確。”
肯尼迪說他決心實行封鎖，但是同時他也承認：“如果我們準備出兵古巴，這是最好的時機。”
他告訴戈爾，也許解決這次危機的最好方式不是單獨解決它，而是將其作為一攬子條約的一部分，它涵蓋柏林問題、核裁軍問題、古巴的導彈問題、蘇聯邊境周圍的戰略空軍司令基地問題等。同時這也意味著從意大利和土耳其撤回中遠程彈道導彈朱庇特，但是他認為這沒有什麼問題——“那些導彈也沒多大價值。”
10月22日上午，肯尼迪總統再次主持會議商討導彈危機問題。從那天起，參加這些會議的大約二十名成員被總統任命為“國家安全理事會的執行委員會”，簡稱“執行委員會”。
在這次執行委員會會議期間，肯尼迪委派他最重要的核戰略專家之一——保羅·利茲，去調查撤回中程彈道導彈朱庇特的可能性。
到目前為止，肯尼迪沒有仔細考慮過這些武器的問題，但是赫魯曉夫卻已經對此深思熟慮過。赫魯曉夫有個習慣，如果有客人到他黑海別墅拜訪，他經常遞給他們一副雙筒望遠鏡，讓他們朝南看。然後問他們看到了什麼，他們回答說除了大海和天空，什麼也沒看見。他從客人手裏拿回望遠鏡，放到眼睛前麵，大聲吼叫道：“我看到美國在土耳其的導彈正對著我的別墅。”
周一晚上，肯尼迪總統在電視上發表了演說。演說非常有說服力，但並不含有挑釁的意味。“目前，共產主義國家秘密地、不可思議地快速建設導彈的行為，是在故意挑釁、不正當地改變當前現狀，決不會被我們國家接受。”他宣布道。也許不可避免的，他把當時的現狀和慕尼黑危機以及從中獲得的教訓進行了對比——“如果對挑釁性行為毫無異議、不加製止，它最終就會導致戰爭。”
按照慣例，海上封鎖通常被作為引發戰爭的借口，臘斯克建議他使用模糊術語，比如用“隔離”來代替“封鎖”。肯尼迪接受了他的建議，宣布他將要“嚴格隔離所有開往古巴的載有進攻性軍事武器的船隻”。
第二天上午，即10月23日，星期二，經過數日來的施壓和外交斡旋，美洲國家組織一致認為古巴的導彈違背了1947年簽訂的《裏約熱內盧條約》，該條約規定美洲國家組織成員國一致行動，捍衛美洲的和平。肯尼迪聲稱這一決定賦予他權力對船隻實行隔離。但是他忽略了一個事實：蘇聯並不是上述條約的簽約方，根據國際法，蘇聯並沒有義務尊重美洲國家組織意願。
周二上午在內閣室召開的會議上，總統決定，如果蘇聯擊落U-2偵察機，美國馬上針對蘇聯在古巴的地對空導彈基地實施報複。
那天下午晚些時候，肯尼迪、鮑比和邦迪聚集在橢圓形辦公室的電視機前麵，史蒂文森正準備向聯合國安理會彙報導彈危機情況。在照片解說者的幫助下，史蒂文森展示了一些大幅照片，上麵可以看見一些導彈、導彈存放地和導彈發射台。
在史蒂文森出示照片之前，蘇聯駐聯合國大使瓦勒良·佐林嘲笑他的演講。所有的都是假的，他冷笑道，所有的一切都是中央情報局從實驗室裏麵偽造出來的。
“好的，先生，”史蒂文森說道，“你否認蘇聯已經、而且正在古巴部署中程彈道導彈和中遠程彈道導彈以及建立導彈基地嗎？是還是不是？”
佐林抗議道：“我並不在美國的法庭上”。
“你正在世界輿論的法庭上。”
佐林叫嚷了一會，最後軟弱地說道：“先生，在適當的時候，你會得到答案的。”
史蒂文森強硬的回答道，“就算地獄裏麵結了冰，我也要等到我的答案。”
“太棒了！”肯尼迪說道，開心地笑了。“我不知道阿德萊那麼胸有成竹。”
麥克納馬拉一直極力主張，隔離線應該距離哈瓦那800英裏，處於蘇聯部署在古巴的轟炸機的射程之外。那天晚上，肯尼迪詢問奧姆斯拜·戈爾對此的看法。後者建議把隔離線設在離哈瓦那500英裏處。奧姆斯拜·戈爾承認，那樣做確實很冒險，但是赫魯曉夫會有更多的時間放棄他之前的主張。
當天晚上，肯尼迪簽署了一份聲明，宣布隔離將於東部時間周三上午九點生效。簽署完聲明後，距離雙方最終攤牌不到12個小時，他對鮑比說：“這樣做看起來很無情，是嗎？但是從另外一方麵來說，我實在沒有任何其他的選擇……我認為沒有選擇。”
鮑比同意他的看法：“是的，是沒有選擇。我的意思是說，否則，你將會，你將會麵臨被彈劾。”
“是的，”肯尼迪說道，他弟弟的話似乎給了他一絲安慰，“我認為如果我不這樣做，我的確會被彈劾”。
星期三上午，八艘蘇聯船隻在四艘潛艇護航下，駛近隔離區。一艘美國海軍的驅逐艦和反潛潛艇立即緊跟在每艘蘇聯船後麵。美國軍事部隊進入Ⅱ級戰備狀態，唯一高於這一級別的是國防Ⅰ級戰備——那就是戰爭爆發時期了。
會議開始後，中央情報局局長約翰·麥考恩提供了一張情報照片。麥克納馬拉說，距離隔離線最近的蘇聯潛艇對美國船隻造成很大的威脅，應該強迫它浮出水麵，這樣才不會對美國船隻造成傷害。當麥克納馬拉解釋海軍如何用小型深水炸彈轟擊蘇聯潛艇的時候，肯尼迪大為震驚。他們必須十分準確，跳離船身、攜帶少量炸藥作為警告信號，讓船長將船浮出水麵，這樣就不會冒險將自己的船沉至海底。