10月21日，根據信號情報，赫魯曉夫的“大炸彈”將被查明，吉爾帕特裏克在阿肯色斯的溫泉對國家商業理事會發表演講。總統逐行審校了吉爾帕特裏克的發言稿，以確保語氣恰到好處——自信但不是武力威脅，堅強有力但又不聳人聽聞。
吉爾帕特裏克斷言：“我們國家擁有這樣一種致命的核報複打擊力量，敵人使用核武器的每一個行動都將是他們自我毀滅的行動……美國在遭到蘇聯的第一次突然打擊之後剩下的毀滅性力量，和敵人能夠威脅發起針對美國的第一次打擊的全部完整的力量一樣大，甚至可能比它還要大。……蘇聯的虛張聲勢隻能視作是無視美國的核優勢。
九天後，也就是10月23日引爆了一枚58兆噸的氫彈，這是人類曆史上威力最大的爆炸，爆炸的火光在600英裏以外還能看到。人們懼怕的倒不是蘇聯的威力，而是大量的放射性粒子沉降。那是宣傳性的災難，可是產生適得其反的效果，似乎在證實蘇聯其實核威力處於劣勢。
總統對於赫魯曉夫的大炸彈做出公開回應，他告訴他的國民：“就軍事整體力量而言，美國的位置是世界上任何國家不可替代的。美國會采取任何可能的措施保持領先地位。”
同時，他還在竭力將絕對優勢轉化為一項國家策略。杜魯門有一個基本國家安全政策。艾森豪威爾也有。但是邦迪的副手華爾特·惠特曼·羅斯陶呈交一份文件，概述有關國家安全問題的行政思維，肯尼迪不簽字，他輕蔑地說：“這份文件太囉嗦了，不是嗎？華爾特寫了太多了。”綜述國家基礎安全政策的意義在於指導龐大的聯邦機構和武裝服務機構，以達到總統期望達到的目標，如何總體上達到這個目標。比如說，這樣的綜述會闡明政府對東西方貿易或核武器擴散有關政策的態度。可是，肯尼迪擔心相關機構會利用這樣的事情來束縛並且限製他調遣空間。
他明白自己鄙視艾森豪威爾的大規模報複戰略，因為這戰略與報複行動無關卻與“I-A號計劃”息息相關。艾森豪威爾一次坦言：“空軍一等兵不容許敵人先發製人。”“報複”一詞旨在轉移公眾的注意力，如果蘇聯打算攻擊北約的任何一個國家，不考慮先發製人的國家戰略。這個戰略的前提是如果蘇聯知道他們麵臨核戰爭和不開戰的選擇時，他們總會選擇和平。
艾森豪威爾的方針指導產生了B-52戰略性三重組核導彈，北極星潛水艇和民兵號洲際彈道導彈。還造就了包圍蘇聯的一係列的軍事基地，這樣，空軍一等兵可以在接到攻擊命令的四個小時以內執行任務，參謀長聯席會議和英、法、德各國政府都毫無疑議的接受這項戰略，認為是最現實最有效的策略。
肯尼迪認為不可能接受艾森豪威爾的戰略。他對核武器的態度感性多於理性。他總是情緒多變，不能接受僅以發動核戰爭還是投降這兩種可能性為基礎的國家戰略，他決心擴大選擇，因而努力提出第三項選擇——“靈活應對策略”。其核心思想是如果蘇聯對西歐發動了常規襲擊，也沒有必要對蘇聯發動先發製人的核攻擊。
這一新的戰略方針不僅得到邦迪和麥克納馬拉的認可，而且得到已退役的陸軍參謀長馬克斯維爾·D·泰勒的認同。豬灣事件後，肯尼迪安排泰勒在白宮做他的軍事顧問，從而削弱參謀長聯席會議的作用。
艾森豪威爾每過兩三周要同參謀長聯席會議成員會麵，而且每次會議沒有文官在場。他作為總司令同他的軍事顧問談話，不需要國防部部長或其他服務部門的部長們在場，他們暢所欲言。相比之下，肯尼迪輕視他們，聘用泰勒一事就可見一斑。
職業軍人中沒有人清楚靈活應對策略是怎麼一回事，總是形成核戰爭和常規戰爭區分。無論是肯尼迪本人，還是麥克納馬拉，還是馬克斯維爾·泰勒都不曾解釋如何區分靈活應對和常規應對。在北約最高盟軍總部都禁用“靈活應對”這一術語，以免給人員安排帶來不便。
執行靈活應對戰略會給同盟國帶來巨大的壓力。北約的歐洲盟國認為肯尼迪試圖放棄艾森豪威爾的戰略，是華盛頓喪失勇氣的表現。這一戰略隻會促使蘇聯進一步推進，知道他們找到新的底線是什麼。
必須在還沒有生效時悄然地放棄這一戰略。1962年5月，在雅典，麥克納馬拉盡力向北約盟軍歐洲盟國最高指揮官們保證美國的核政策沒有真正改變艾森豪威爾時的政策。對於任何對北約盟國使用核武器的行為，美國已經做好準備立即進行核武器應對。美國也已經準備好對任何常規戰爭難以解決的蘇聯常規襲擊采取核武器反擊。然後他說了他們真正想聽的話：在不明朗的情勢下，很有可能是西方而非東方發起核戰爭。
肯尼迪甚至在為核武器問題而十分擔憂，並竭盡全力完善掌控核武器的機製的時候，都會激情澎湃地快活一番。在紐約的一個晚上，肯尼迪為了能避開秘密服務紀要，他從地下室離開了凱雷酒店，在附近的一所房子裏，他已經安排好和一個女子做愛。在給秘密服務部門的便條時，他讓一名陸軍中尉手持“橄欖球”站在人行道上。“橄欖球”是一個拷在手腕上的乙烯基小背包，裏麵有釋放放射性惡魔的授權密碼，一切都在單一的綜合業務計劃的限製之內。