因而，建起柏林牆對於他而言是一個事態向危險方向發展的信號，這也不足為奇。赫魯曉夫似乎比以往更有決心與東德簽訂和平條約。柏林牆建起後兩周，肯尼迪在橢圓形辦公室神情肅穆地坐在他的搖椅上，他正和《華盛頓郵報》的查爾默斯·羅伯茨談話，他告訴羅伯茨：“我們可能已經臨近戰爭邊緣。”
由於肯尼迪想到致命誤會可能會帶來風險，為了緩解緊張態勢，他繼續努力尋求和蘇聯能達成共識的方方麵麵，同時堅持柏林的出入權。國務院溫和地稱總統對赫魯曉夫的舉動是試探性的會談，而不是談判。戴高樂和阿登納還是不相信，對他們而言，隻要與柏林有關，任何涉及外圍事件的協議都等同於對蘇聯的妥協。那樣隻會讓赫魯曉夫進一步推進，提出更多要求，對和平造成風險。當肯尼迪為柏林而煩惱時，他的同盟卻在為他而擔憂。
就在他告訴查爾默斯·羅伯茨雙方發現他們會因為柏林而開戰後一個星期，肯尼迪獲得赫魯曉夫的間接信息：既然柏林牆發揮作用，就不會簽訂和平條約。9月5日，《紐約時報》發行人賽勒斯·蘇茲貝格采訪了赫魯曉夫。主席說他親自給總統一份非正式信息，這就發出信號他打算後退一步。
肯尼迪依然擔心柏林可能還會把雙方拖入一場核戰爭，他最後要求軍方給他一份有關單一的綜合行動計劃的簡報。萊姆尼采花兩個小時解釋這個計劃的總體設計和一些具體細節。
肯尼迪發現人們都盲目偏袒I-A號計劃，而萊姆尼采極力阻止他考慮著實施這個計劃中他讚成的部分而放棄其餘的部分。“哪怕做決定執行整個計劃的一部分都要麵臨嚴重的風險……沒有什麼機製快速再次啟動這次計劃……”
肯尼迪對此非常生氣。他討厭下屬對他的觀點加以否定，從而推動他采取他們希望的行動計劃。可是，單一的綜合行動計劃從來沒有被檢驗過，也不能被檢驗。由於這個計劃的大部分可能不會被執行，因此這個計劃中還由大量冗餘部分組成。沒有哪個配有核彈頭的洲際彈道導彈還曾被發射過。北極星潛水艇在海底很難聯係上，戰略空軍司令部的B-52可能會是整個計劃中唯一可靠的要素。
肯尼迪看到襲擊中國也是單一的綜合行動計劃的一部分時十分驚訝。中國沒有核武器，“將軍，我們為什麼要襲擊中國的那些目標呢”。
萊姆尼采回答說：“這在這個計劃中。”仿佛那不過是人類必須接受的目標參數而已。
肯尼迪離開簡報會議時既生氣又沮喪，他對迪恩·臘斯克說：“然而我們稱我們自己為人類。”臘斯克一直和他一起坐著聽簡報。
幾天後，他接受一份邀請去聯合國演講。他會利用這次演講向赫魯曉夫表示他也不是要挑起柏林問題的對峙情勢，但是他對單一的綜合行動計劃的了解也是十分重要的。他提出結論：“世界上各個國家從來沒有失去多少，也沒有獲得多少，我們一起攜手拯救我們這個行星，否者我們會一起毀滅在戰火中。”
德國人——可能是赫魯曉夫——更關注的是柏林牆缺乏重要意義，德國統一也缺乏重要意義。西德人很失望，蘇聯人卻恢複了信心。
一個月後，查理檢查站發生了緊張的武裝對抗，30輛美國坦克和30輛蘇聯坦克幾乎槍口對槍口的對抗。赫魯曉夫命令蘇聯坦克撤退，從而緩解了緊張的對抗情勢。隨著這件事情的發生，因柏林而爆發戰爭的威脅也就消失了，這個問題一直困擾了肯尼迪幾個月。
不過，仍然需要施加壓力，在維也納，赫魯曉夫向肯尼迪保證蘇聯不會第一個違反非正式核試驗暫停計劃。這項暫停計劃自1959年以來一直有效。
8月31日，他宣布蘇聯打算在那個氛圍下重新啟動核試驗。9月21日中央情報局對蘇聯導彈軍械庫作出評估，並作出結論蘇聯導彈軍械庫隻有四個洲際導彈，這些龐然大物需要20個小時來加液體燃料，然後開到野外，再完全暴露在美國的衛星監視下，最後公然展開襲擊——或者這是曲解。
就在肯尼迪宣誓就職之時，三艘“北極星”潛水艇在執行任務，到夏天還會增加3艘。那意味著一直有兩艘船在執行任務，有時候會有3艘，每一艘船裝載16枚射程達1200英裏的導彈。蘇聯沒有哪個大城市能在這個射程以外。1961年春天，肯尼迪又命令23艘“北極星”潛水艇執行任務，然而這一切還是不夠的：他後來將“北極星”整體軍力增加到41艘裝載有656枚導彈。
艾森豪威爾曾計劃到1962年秋天全麵部署600枚民兵號洲際導彈的軍力，肯尼迪又追加了1000枚洲際導彈，他和麥克納馬拉宣稱這是他們能從國會和軍方接受的最少數量。然而他們忽略艾森豪威爾曾考慮更小一點的軍力就足夠了。盡管肯尼迪已經表示對單一的綜合行動計劃用在蘇聯的大量核武器的恐懼，他還是把投入使用的核彈頭的數量增加了300%。由於有更多的核彈頭投入使用，單一的綜合行動計劃的籌劃者不可避免地要尋求並發現更多的目標。
由於肯尼迪最終接受事實，沒有導彈差距而且將來不會有導彈差距。他想告訴赫魯曉夫他已經識破蘇聯的虛張聲勢。但是他不打算直接告訴赫魯曉夫，他對邦迪說：“我起床就說那些事情，聽起來會太好戰了。”選擇落到麥克納馬拉的副職羅斯威爾·吉爾帕特裏克身上。