參謀長聯席會議對於美國放棄富米·諾薩萬很氣憤。那會帶來災難。海軍作戰總指揮艾德麥拉爾·阿雷·貝克抗議道：“總統先生，如果你在老撾問題上不能立場堅定，那你就應該在別的什麼地方保持不變的政策，如果不是老撾，難道會是越南？如果不是越南，難道會是泰國？”
肯尼迪回答說：“我認為你不對。”
50年代初，他曾主張東南亞對西方安全極其重要。但是現在當總統了，肯尼迪倒不那麼確定了。有一次，邦迪的副手華爾特·惠特曼·羅斯陶對大規模幹預老撾的問題上據理力爭，肯尼迪質問他：“我們有什麼必要去控製老撾，我們就不能從那兒撤出嗎？”
羅斯陶的觀點和貝克一樣，如果東南亞一個國家落入共產黨的手中，所有國家就會像多米諾骨牌一樣全都倒向共產黨。骨牌效應最終會落在澳大利亞。
肯尼迪認為他們的言論忽略了遠東尚還遠離西方的巨大政治力量——中國。他經常擔憂一旦中國獲得核武器時的狀況，他對阿瑟·克羅克說：“他們將來一定會有核武器的，到那時，他們就控製了整個東南亞。”
肯尼迪根本不想在老撾和越南問題上與中國對峙，他認為美國應該承認北京的共產黨政權。現行對北京政權不承認的政策其實是愚蠢的，有著潛在的危險。兩個中國政策是可行之策，也就是既承認北京政權也承認台灣政權，但是在他當總統時期還是不會承認兩個中國。
在競選期間，肯尼迪曾指責艾森豪威爾政府沒有積極阻止費德爾·卡斯特羅當權。然而，就在就職典禮前幾天，艾森豪威爾幫他中斷了美國與古巴的關係。
和許多美國年輕人一樣，肯尼迪對這位年輕有為，極具魅力的卡斯特羅很感興趣。肯尼迪總是對其他人的性生活興趣濃厚，他問弗萊切·奈貝爾：“卡斯特羅和誰睡覺？我聽說他甚至不脫靴子。”弗萊切·奈貝爾曾經報道過古巴革命。
艾森豪威爾不僅切斷同古巴的關係，以前他甚至命令中央情報局在古巴策動經濟騷亂和政治動蕩活動。他同時鼓動逃亡到美國的古巴人建立流亡政府。
如果中央情報局的行動能成功的話，將來可能在某個時機將那個流亡政府推進到古巴境內，然後美國方麵迅速承認該政權並給予軍事支援。但是破壞和分裂行動沒有達到預期的效果，艾森豪威爾很失望，相反，卡斯特羅似乎使古巴進一步進入共產主義專政狀態。1960年秋天，中央情報局局長艾倫·杜勒斯和副局長理查德·畢塞爾決定擴大行動而且沒有告知艾森豪威爾。他們的目標是建立一支由古巴流亡分子組成的“影響力很大的武裝部隊”，他們在危地馬拉接受軍事訓練。
1960年感恩節假期，杜勒斯和畢塞爾到肯尼迪在棕櫚灘的家中向他做簡要報告，他們告訴他計劃空運幾百名古巴流亡人士回到他們的祖國，他們然後進入山區，成為遊擊武裝力量。
到他就職典禮時，“豬灣行動”已有更大的目標——派遣1500名流亡的古巴人登岸進行陸海雙棲進攻，然後在海岸上占領一個據點，如果他們占據據點時間夠長的話，古巴流亡政府可以引渡回國。或者，即便不可能占據據點，這群古巴人還可以向山區進發，發動遊擊戰爭。
肯尼迪任總統3個星期後，《紐約時報》報道了“豬灣行動”，同時，他給邦迪一份備忘錄：“對古巴政策是否在國防部，中央情報局，和國務院之間進行過協調？”結果當中央情報局在狂熱地支持“豬灣行動”時，國務院卻對此疑慮重重。
參謀長聯席會議主席理曼·萊姆尼采將軍代表軍方響應這次行動，整個行動的關鍵在於二戰時期的B-26中型戰鬥機是否進行有力的空襲，據點是否確保具備空中優勢，萊姆尼采說如果沒有製空權，行動會失敗。他最後總結說，總之，這次行動最終還有可能成功。
總統、邦迪、杜勒斯和畢塞爾都錯誤地理解了“還有可能”的意思。他們認為那相當於參謀長聯席會議認可這一計劃。實際上恰恰相反。在軍中，如果軍績報告把某一軍官評為“一般”，甚至“良好”，這都足以扼殺他的事業。在軍事詞彙中，唯一比“還可以”更低一級的詞是“糟糕”。
不管怎樣，肯尼迪真的不能把希望寄托在入侵計劃上。他就指望謀殺計劃。1961年4月初的一天，他坐在玫瑰花園和他的老朋友——參議員喬治·斯瑪薩斯享受陽光時，他問斯瑪薩斯如果卡斯特羅被刺殺，拉丁美洲會有什麼反應。
斯瑪薩斯認為自己是拉丁美洲問題的專家，他同很多領導人物關係密切，比如多米尼加共和國殘忍腐敗的拉費爾·特魯海羅。他說謀殺別國領導人不是什麼好主意，如果謀殺活動反彈到美國，那反響可是災難性的。斯瑪薩斯又說最好在關塔納摩灣發動佯攻，利用這次佯攻來發動一場大規模的入侵行動也是合情合理的。
“可是已經計劃暗殺卡斯特羅，”肯尼迪告訴他，“那群接受中央情報局訓練的流亡的古巴人襲擊海灘時，卡斯特羅就會死了。”
肯尼迪自己仍然沒有確定行動的具體日期，也沒有命令執行這次行動。於是畢塞爾急切的請求說，“你不能拖延這次行動，你哪怕撤銷它，這樣你也對這問題有個交代。可我們拿那1500人怎麼辦？”杜勒斯也進一步敦促：“你難道希望人們認為你不如艾森豪威爾反對共產主義？”
當肯尼迪仔細研究這次行動計劃細節的時候，他對於隱蔽美國這一點很生氣，並開始警示關鍵要素。中央情報局選取的著陸地點離特裏尼達德鎮很近。他對畢塞爾說：“這地方太嘈雜了。”他希望這次入侵行動成功，但是行動“不要太引人注目……應該是雙棲襲擊，但不要像二戰時那樣。”中央情報局把行動往西退了80英裏，到豬灣，一個人口稀少的邊遠地區，那裏廣袤的沼澤地會阻礙海灘的退路。
萊姆尼采給總統寫了另一個備忘錄，坦率地告訴他如果入侵人員沒有突然襲擊的話，這次行動注定要失敗；僅僅一架古巴空軍戰鬥機從開始的空襲中幸存，它都會擊敗全部或者大部分的入侵武裝。
肯尼迪依然擔心根據計劃進行的空襲活動，想方設法隱藏美國的參與。在對登陸地點提出警示後，他要求晚上登陸，而不是黎明。那樣的話等太陽升起來的時候，入侵部隊已經在一百英裏以外了。
他相信這些變化不會影響這些古巴人取勝的機會——這些變化不過是隱藏美國的參與。他斷然地對他的副國務卿切斯特·鮑爾斯說，如果行動繼續進行的話，“它不會產生什麼影響的”。
鮑爾斯問道：“這一事件不會上《紐約時報》的頭版吧？”