肯尼迪和國會的關係是存在問題的，這意味著他1961年不可能大張旗鼓，而隻能適度實現他的立法目標：聯邦政府在教育方麵的支助、提高工資最低水平、一個意在緩解貧窮的恢複區域經濟發展規劃、住房計劃、醫療保險……
1961年3月肯尼迪促使最低工資有所提高。他的教育方麵的提案帶有巨額的價格標簽——56億美元中大部分用於大學獎學金。然而，這筆錢沒有一點用於天主教學校，這一度引人注目，人們非常激動。教會強烈反對這個教育提案，信奉新教的總統可能會在對教區學校的支助上讓步，但是天主教的總統不會讓步的。肯尼迪在一次新聞發布會上表態：“在這個問題上沒有任何爭論的餘地。”對於這位總統來說，至少過去沒有任何爭論的餘地。
盡管肯尼迪有堅定的立場，但是他的教育計劃在1961年7月被法律委員會扼殺。這一點對肯尼迪來說可是極大的諷刺。他曾經費盡氣力來重組法律委員會，但是他的提議甚至沒有獲得眾議院各位議員的通過。
肯尼迪還獲得了一項恢複區域經濟發展規劃的通過，但是恢複經濟的區域比他希望的要小得多。至於醫療保險問題，盡管有參議院的強大支持，他還是未能使醫療保險的提案通過。肯尼迪在處理與國會關係方麵不能更多地得到約翰遜的幫助，對於肯尼迪的眾多支持者而言，這一點既讓人吃驚，又讓人失望。
就在肯尼迪就職典禮前不久，他斷然地對約翰遜說：“林登，你可能在全國範圍內是2號人物，但是我保證在德克薩斯州你還是1號人物。”
這完全和慣例背道而馳。參議員拉爾夫·亞伯拉福就很惱火，他是德克薩斯民主黨自由主義者，也是肯尼迪的最忠實支持者，他與約翰遜一直是水火不容的政敵。但是總統卻削弱他的勢力，肯尼迪為了取悅約翰遜所做的努力確實顯得拙劣不堪，結果導致已經積怨多年的德克薩斯民主黨內部產生更深的分裂。
與此同時，出於對深受愛戴的參議員亞伯拉福的敬重，參議院按照既定的慣例，拒絕批準約翰遜提出的任何職位任命，肯尼迪當總統的第一年，德克薩斯州實際上沒有任何聯邦政府任命。最終，肯尼迪必須設立一個委員會來仲裁約翰遜和亞伯拉福的任命糾紛。
總統和副總統對於他們之間的關係狀況都不滿意。肯尼迪稱約翰遜是“愛哭的家夥，總會為什麼事而哀歎”，他這麼說可是對他們的關係於事無補。白宮職員因此公然瞧不起約翰遜。約翰遜在1960年的民主黨大會上對肯尼迪的艾狄森氏病大做文章，其弟鮑比·肯尼迪對此一直不能釋懷。
約翰遜還沒有宣誓任副總統就開始告訴人們他犯了個可怕的錯誤。“如果我說了一句與內閣或旁觀的白宮職員意見不一致的話，他們就會認為我是該死的叛徒。哦，肯尼迪在會上倒是盡可能對我細心關切。但是我知道他的弟弟和那些自以為是的哈佛人都在背後笑話我……我不能忍受內閣會議的束縛。如果肯尼迪真的需要我的意見的話，他隻要拿起電話就可以了。”可是，肯尼迪很少打電話。
肯尼迪覺得約翰遜過於暴躁，一次他告訴《紐約時報》記者湯姆·威克，哪怕是給他發一封生日電報，他都能挑刺兒，“就像是在起草國家文件。”
開內閣會議的時候，約翰遜坐在一邊，默不作聲，神情沮喪，一副垂頭喪氣，痛苦不堪的樣子。肯尼迪一直為此心神不安，這時喬治·史瑪薩斯提議，“派他做全球訪問，他可以好好炫耀一番。這樣他會很開心的。”
肯尼迪說，“你知道吧，這個主意好極了。”不久就宣布約翰遜要去印度訪問。
就職典禮後的星期一的晚上，肯尼迪邀請查爾斯·巴特萊特夫婦參加白宮晚宴。然後他和巴特萊特穿過西廳，進入行政辦公大樓，行政辦公大樓和白宮緊挨著。巴特萊特是來自查塔努加的政治記者，肯尼迪希望他的老朋友帶他看看艾森豪威爾舉行新聞發布會的房間。他正考慮舉辦總統新聞發布會的最佳方案，他要想清楚這個房間是否是最合適的場所來麵向美國的千家萬戶，而不是僅僅麵對新聞記者來發布新聞。
他可不會讓他的新聞秘書皮埃爾·塞林格來做這類的決定，塞林格胖胖的，熱情洋溢，但這個決定太重要了。肯尼迪似乎並不重視塞林格，還總是取笑他。當然他的嘲笑中也有一點點的暗示：肯尼迪和明顯發福的人在一起不很自在。
如果有什麼的話，他現在的反感情緒要比以前要強烈一些，這有個人因素。他正在用的新型可的鬆讓他看起來有雙下巴。肯尼迪一當選總統，他就改用新的飲食限製。
塞林格的白宮新聞辦公室在行政這一塊是出了名的亂七八糟，根本理不清，對於他的辦公室的典型描繪是“十足的瘋人院，混亂不堪”。
這似乎沒關係，塞林格本人也承認，肯尼迪比任何一個新聞秘書更有能力來討好新聞記者。總統自己做過新聞記者，因此他也喜歡記者，但那並不意味著他喜歡新聞業。肯尼迪認為他們歪曲他的觀點，總是挑剔一些小毛病，毀壞他的聲譽，總之，報紙上的報道讓他看來十分糟糕。他認為大片的讚譽是他應得的，然而一點點批評之辭都會激怒他。
他曾向高爾·維德爾抱怨道：“沒人能對《紐約郵報》更寬容了。”《美國新聞和世界報道》上一篇文章報道總統生活的高費用——空軍一號，一隊直升機，幾十輛豪華汽車等等諸如此類的，肯尼迪火冒三丈：“那個討厭的大衛·勞倫斯真的很叛逆，他所做的一切不過是要削弱我的支持力量。”既便如此說，他還是減少空軍一號的開支，這樣奧唐奈隻好為他的親信安排通勤飛機。
電視提供了一個直接接觸公眾的機會。肯尼迪擔任總統後僅一周，他就決定他的新聞發布會要現場直播。艾森豪威爾的新聞發布會都是先行拍攝，然後在電視上放映，往往放映的是一些微不足道的剪切版的新聞發布會。
塞林格告訴白宮職員會有現場直播的新聞發布時，大家都持反對意見。艾森豪威爾擔心肯尼迪會透露機密或可能由於措辭不當而導致某種危機。那也正是他們要先拍攝的原因。但是肯尼迪接受自然而為帶來的風險，他的目的是獲得大利益。另外，冒險讓他精力十足。他認為因存在風險而剪切掉的內容恰恰很生動。
報界對這個決定憤慨不已，自從共和國成立以來，記者向人民介紹總統，讓總統了解人民。然而肯尼迪讓他們靠邊站。《紐約時報》的記者詹姆士·雷斯頓認為肯尼迪的決定是“最蠢的點子”。肯尼迪雖然很氣憤，但依然堅持這個決定。
大部分的新聞發布會在國務院的大禮堂舉行，和艾森豪威爾在行政辦公大樓用的房子比起來，這禮堂更大，更現代。美國人民興奮地看到他們總統的一舉一動，更讓美國人民興奮的是總統就像對記者一樣在對他們演講，肯尼迪雖然可以放鬆一下，甚至就像碰巧隨意訪問一樣，還表現得心情愉悅，肯尼迪實際上要花幾個小時準備每場新聞發布會。所提的大部分問題由他自己或其他行政人員預先猜測，許多回答——包括一些玩笑式的回應——都提前排練好。
一旦他摸清情況，他把這些現場新聞發布會變成信息管理方麵的實戰訓練。肯尼迪總是沉著冷靜，他幾乎沒有泄露任何機密。其實他機智詼諧，而非坦率大方，他思維敏捷，而非開誠布公。每次電視露麵其實是一場表演，但是他的表演很讓人很舒心，除了記者以外沒有人注意到，也不在乎電視講話缺乏實質內容。
但是，隻要這些新聞發布會成為有著固定模式的慣例公事，約翰·菲茲傑拉德·肯尼迪就會覺得很枯燥。太多記者喜歡提出許多冗長乏味的問題。他隻能把一堆堆的問題鄙斥為誠信調查。肯尼迪發現最糟糕的是他站著的時候習慣朝向右邊。那意味著他要一次次麵對兩個既活躍亢奮又吹毛求疵的記者——梅伊·克雷格和薩拉·麥克科倫頓。他盡量越過他們朝上看，但是這也不能阻止他們跳起來，擋在他麵前大聲提出問題來。
肯尼迪的新聞發布會和羅斯福的爐邊閑聊一樣取得公共關係方麵的勝利，他的支持率一度攀升至80%。他競選時的局限使他在國會山勢單力薄，但是他如此有人氣讓他在世界上勢力很強大。