本帥“爰舉義師，以清妖孽。誌在救劫救民，心存安回安漢。”
東征的三大任務則是“鋤滿”“撫漢”“鋤奸”
。
6月，起義軍分南、北、西、東、中五路進攻昆明。東征軍進展迅速，以摧枯拉朽之勢連克楚雄以下20餘城。各地起義軍紛紛響應，這是雲南杜文秀起義的高潮，占有雲南53縣。在攻克楚雄後，起義軍隨即分北、西、南三路向昆明推進。北路由大司衡楊榮等帶領在攻克武定、祿勸、富民後進駐昆明北郊;西路由大司征劉誠帶領，在攻占安寧州和碧雞關後進駐西郊;南路由大司戎馬國春帶領，在攻占易門、昆明、晉寧、呈貢後進駐南門外的萬壽宮。此時省域昆明已處於義軍的三麵包圍之下。提督馬如龍困守孤城，手下將領紛紛投奔義軍，軍心已極度不穩。
圍城之初，雙方鬥爭的焦點是爭奪東路的交通補給線。義軍曾一度斷此清軍的“糧道”，但並不徹底。同治七年(1868)3月，清廷命劉嶽昭為雲貴總督，岑毓英為雲南巡撫，嚴令其二人迅速入滇。岑毓英得令後率部三萬自曲靖援省;劉嶽昭命李家福帶湘軍果後營進駐曲靖。此後形勢即發生了根本性的變化。由於蔡廷棟、李芳園率領的鎮守嵩明的義軍沒有抓住戰機及時迎擊岑毓英軍，致使岑毓英從容打通了迤東糧道，再加上圍省義軍各自為戰，缺乏統一的指揮，昆明久攻不下，形勢越來越不利。同治八年(1869)5月，清軍圍困嵩明，李芳園、馬興堂挾杜鳳楊詐降，使義軍喪失了東部的重要據點。是年8月，清軍攻陷富民、祿勸、羅次、武定、元謀、易門、廣通，反斷了義軍的後路與給養，導致軍心動搖，隊伍瓦解。當此之時，清廷集中人力、物力“援滇”，加速了圍省大軍的失敗。此後大司疆段成功投降，大司戎馬國春病故，大司勳米映山、大司令馬清、大司徒馬德才犧牲，蔡廷棟、楊榮孤身逃回，圍省大軍隨即瓦解。此時，義軍隻剩土堆和馬村兩個據點。為保存實力，馬村義軍突圍，往土堆集中。清軍集中優勢兵力進攻土堆，義軍在大司政劉誠率領下拚死抵抗，清軍一籌莫展。此後岑毓英調來法國開花洋炮猛轟，義軍將土利用壕溝和堅固的石壘抵抗，戰鬥持續兩個多月。岑毓英最後下令四麵縱火圍燒，義軍將士視死如歸，毫不屈服。11月16日土堆失守，義軍150名將士全部壯烈犧牲
。
杜文秀義軍圍攻昆明之戰，曆經一年零十個月之久。雙方動用兵力之多、戰線之廣，相持時間之久，戰鬥之激烈，為昆明地區軍事史上所僅見。
此後，清軍憑借優勢，向滇西全麵圍剿，義軍奮起抵抗，但由於主力部隊喪失，眾寡懸殊，抵擋不住用英、法帝國主義的武器武裝起來的清朝軍隊的進攻。同治十一年(1872)12月，由於主將楊榮叛變，清軍包圍了大理，杜文秀見局勢無法挽回，情願犧牲自己以換取全城百姓的性命。26日早，他吞服了孔雀膽後到清營議和，被清軍主將記名提督楊玉科殺害於大理下兌村。岑毓英、楊玉科背信棄義，將大理周圍的“10餘萬眾回民”
集中屠殺於北郊的洛陽村，逃脫的很少。
在此前後，滇東南各路義軍分別被馬如龍和岑毓英分化鎮壓。同治十三年(1874)，大理政權的最後一個據點騰衝烏索被清軍攻陷，大司空李國綸被殺害。至此，堅持了18年之久的雲南杜文秀起義最後失敗。
杜文秀起義是太平天國農民革命運動的一個重要方麵，是雲南各族人民反對清朝封建統治的正義戰爭，是中國舊民主主義革命的重要組成部分。杜文秀起義雖然失敗了，但它永遠是回族史和雲南各族人民革命鬥爭史上永恒的光輝。
----------
注釋
①杜文秀:《興師檄文》，載《鹹同滇變見聞錄》卷上，商務印書館出版，1945年。
②馬觀政:《滇垣十四年大禍記》，白壽彝編《回民起義》(第1冊)，第295頁。
③馬觀政:《滇垣十四年大禍記》，白壽彝編《回民起義》(第1冊)，第295頁。
④林則徐:《雲貴奏稿》卷十。
⑤馬元:《大理、下關回族概況》，載《雲南回族社會曆史調查》(三)，第32頁。
⑥周宗麟:《大理縣誌稿》卷九。
⑦李元丙:《永昌漢回互鬥及杜文秀實行革命之緣起》，載《回民起義》(第1冊)第8頁。
⑧王鼎臣:《清鹹同間雲南回變紀聞》，《回民起義》(第2冊)，第300頁。
⑨杜文秀:《管理軍政條例》，《回民起義》(第2冊)，第118～119頁。
⑩李玉振:《滇事述聞》卷上。
(11)《趙州飛來寺重修功德碑記》，《回民起義》(第2冊)，第175頁。
(12)杜文秀:《管理軍政條例》，《回民起義》(第2冊)，第118～119頁。
(13)馬元:《大理、下關回族概況》，載《雲南回族社會曆史調查》(卷三)，第35頁。
(14)《元謀紀聞》，載《回民起義》(第2冊)，第215頁。
(15)吳乾就:《雲南回族的曆史和現狀》，載《研究集刊》1982年第2期。
(16)吳乾就:《雲南回族的曆史和現狀》，載《研究集刊》1982年第2期。
(17)《滇西變亂小史》，載《回民起義》(第2冊)，第92頁。
(18)參見《雲南文史資料》選輯第9輯。
(19)何慧青:《雲南杜文秀建國十八年之始末》。
(20)《岑襄勤公奏稿》卷九。
(21)吳乾就:《雲南回族的曆史與現狀》，載《研究集刊》1982年第2期。
(22)《印度支那探險記》《印度支那和清帝國遊記》，轉引田汝康:《有關杜文秀對外關係的幾個問題》。
(23)安鄴:《柬埔寨以北探路記》卷七，第19頁。
(24)《商業先驅者遊記》，轉引田汝康《有關杜文秀對外關係的幾個問題》。
(25)《李希霍芬中國旅行報告書》，轉引田汝康:《有關杜文秀對外關係的幾個問題》。
(26)《帥府布告》，載《回民起義》(第2冊)，第123頁。
(27)杜文秀:《興師檄文》，載《鹹同滇變見聞錄》卷上，商務印書館出版，1945年。
(28)杜文秀:《誓師文》，載《回民起義》(第2冊)，第127頁。
(29)參見［光緒］《雲南通誌》卷一百一十二，張中孚:《碌雲紀事稿敘》和昆明市誌辦部分調查材料。
(30)《滇西變亂小史》，載《回民起義》(第2冊)，第96頁。