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在新疆幹戈紛攘，動亂不止的年代，馬良駿和新疆各族人民一樣，深受動蕩的磨難和統治者的肆虐。他曾在伊犁為俄僑所捕，曆盡捆綁毒打;70多歲高齡時，被盛世才以“陰謀暴動”的罪名陷害入獄，監押三年有餘。麵對種種災難，馬良駿以博大的胸懷平心渡難，在極盡平生之力培養伊斯蘭教人才的同時，苦思民族的出路、新疆的出路、中國的出路，“期求世界永久和平”。其代表作《考證回教曆史》就是在這種動蕩不安和各族人民日益渴望和平的年代中問世的。
《考證回教曆史》有兩種版本，始為民國28年(1939)在甘肅刻版，印數約數十本，“因遭盛世才主新之暴政摧毀，殘本未幾”。後馬良駿嫌初版言繁意複，加之對許多問題又有了更深的見解，便將初版刪改增補後，於民國36年(1947)在烏魯木齊再版，刊行600餘本。“用作餘對國家，對民族，對宗教，(對)地方之寥寥貢獻”。
《考證回教曆史》分卷首、序言編、正文編三大部分。卷首部分收有作者前言、張治中將軍和漢、題詞及為此書作的序文。序言編、正文編共計15篇，其中序言編6篇，為《伊斯蘭教之發源與係統》《中國回回民族之原來》《“卡費爾”名詞與“回回”二字解》《清真教之意義》《“依瑪尼”之意義》《結論》;正文編為《穆聖宗組之傳流》《曆代替聖位之“海哩法”》《魯木土耳其爾斯麻乃國皇帝之傳流》《土耳其種族之發源》《鐵木真西並回教國》《西域回王帖木爾統一中亞、西亞、印度諸地》《穆聖誕生及差聖、降經、登霄、遷都、出征征逆諸事之記述》《曆代清真寺碑記原文錄》《各地沿革與順教時期及附錄》9篇。序言編大部分內容為回族史為主，附有大量作者對現實的看法及對民族、社會、戰爭諸問題的觀點，實為全書的精華。正文編主要以伊斯蘭教史內容為主，有論有敘，並附錄了珍貴的中國伊斯蘭教史料，可以說是一部有價值的中國伊斯蘭教簡史。全書內容豐富、條理分明、語言流暢、觀點明確、針對性很強。《考證回教曆史》出版後，在新疆社會引起很大反響。在社會各界的要求下，《新疆日報》於當年連續刊發了全文。
三、對話的內容
(一)追求和平是伊斯蘭教的基本宗旨之一
“伊斯蘭”阿拉伯語意即“順從”“和平”，“穆斯林”即“順從者”“和平者”。伊斯蘭教倡導“和平”，並且為了和平而“堅持中道”，馬良駿充分發揮了伊斯蘭的這種思想，倡導各宗教的信仰者要相互諒解，追求和平，反對戰爭。
伊斯蘭教強調人類要和平共處，反對互相侵害。和平思想是伊斯蘭教帶給人類的重要信息。馬良駿認為各宗教的信仰者之間的矛盾都是某些宗教首領目光短淺、各執偏見所造成的。在《考證回教曆史》中他用大段文字來闡述這一道理:“東方有聖人，西方也有聖人。人們的想法相同，道理也相同。如果按某些‘宗教家’自居的人那樣看問題，自劃疆界，自我束縛，就未免像青蛙在井底觀天，像用貝殼來測量海水的多少一樣。這種人並不是真正理解穆罕穆德聖人所傳教理的人。”世界各宗教雖然“一教有一教創立教主，如儒之孔(子)，清(真教)之穆(罕默德)，道(教)之老子，佛(教)之如來，猶太(教)之摩西，天主(教)之耶穌”，各教“真諦獨標，各樹一幟，途徑各有不同”，但是，“各教之不同形式者，非精神，其意縱然各教各有習俗，各教各有形式，隻要略一改正，即可適中，一轉乎間，而各教精神已同矣”!人們“若能解去偏見俗習，宗教統一，隔閡去消”，宗教人士之間若能“疑貳悉化，鹹底大同，則感情之相孚，而誌趨無忒”，就必能“增進全國人民之親愛力，一致同心合誌，統一建國，永奠和平”。馬良駿向新疆社會疾呼:“各宗教之精神，都是歸向主，懼怕主，精神統一也。凡敬造物主者，應體主好生之心，推己及物，不以互相戰爭為然也”，“若能抱良善宗旨者，必能得其心平，人心平，則無不平矣，有何戰爭之有哉!”
(二)“人類同根同源，理應和睦相處”，馬良駿充分運用這些教理表達自己的觀點
伊斯蘭教認為，人類是一個祖先的後代，都是阿丹(亞當)的子孫，不分民族、種族、膚色、血統、語言、階層、貧富的不同，沒有生來高貴者或低賤者，也沒有背負任何原罪，人人生而平等，生而純潔。人類社會不應有特權階層，民族、種族、膚色、血統、語言、階層、貧富的不同，是為了人類相互認識，增進互相了解和相互體恤友愛，體悟真主的大能，而不是為了讓一個民族統治另一個民族，一個階層欺壓另一個階層。全人類應當相互依存，同舟共濟，促進人類社會的共同發展和繁榮，而不應存在剝削、奴役、壓迫、仇恨和戰爭。在《考證回教曆史》中，馬良駿充分論述了這種觀點;“造物主，造化世人，自一體發源……子子孫孫，接輩傳流，生息既繁，秉性自殊，散居既遠，見聞自異，因地因人，各分種族，隨好隨惡，各奉各教，至今五千餘年，遂有各族之別。所以各族人民，都為同胞兄弟;且兄弟為手足，各族為一體。然一體之中，一竅生疾，則各竅疼痛。故世界人民一個痛顧一個者，乃天然之理也;而天然之理者，乃自然之理也。”
考證即為糾偏匡正。馬良駿在書中闡述了《古蘭經》要求人們“親愛近鄰、遠鄰”(4:36)的原則。“近鄰”“遠鄰”既指穆斯林，也包括非穆斯林;既指個人，也指國家。穆罕默德嚴禁傷害鄰居，他說:“在真主那裏，最好的鄰居就是對鄰居最好的人。”根據伊斯蘭精神，對於非穆斯林，不但不能傷害，而且還要保護、善待，與他們和睦相處。通過對先知穆罕默德在創建麥地那穆斯林政權的過程中，容納了所有生活在麥地那及其周邊地區的不同族群、不同宗教信仰者，對非穆斯林，隻要他們不反對穆斯林，不與穆斯林為敵，就保護其生命財產安全，確保其宗教信仰和名譽不受侵犯的事實描述，馬良駿指出:“想吾聖人，立教濟世，治天下和平者，隻分良莠。良民必獎，莠民必貶，良民可喜，莠民可惱;而不分同教異教者也。豈不查西域各‘回教’國內之人民，不止同教人。然尚有異教人為民者尤多，若以良善為民，順公守法，盡其國民應盡之義務，不受任何欺淩，則其生命財產，依法保障，與同教者享受同等權利，如同教中，有不法行為者，國法不留情，教法也不姑容也。”
為化解回、漢群眾以及信仰和不信仰伊斯蘭教各族群眾之間的誤會和隔閡，馬良駿特別對“卡費爾”一詞作了時間和地域上的限定。馬良駿強調，“卡費爾”是指穆罕默德在世時大食國內反對穆罕默德或對穆罕默德陽奉陰違的人，不能把其他地區不信仰伊斯蘭教的人都統稱為“卡費爾”。馬良駿在《考證回教曆史》中解釋說:“吾聖人未來赤尼(即中國)，則我中國之人民未曾看見穆聖之神應感化，又未曾聽見穆聖之勸諫度化，所以赤尼人民，不知穆聖之教義，而不奉穆聖之教道，不是昧真之人，亦不是悖逆之人，故不能稱‘卡費爾’，可稱謂‘赫塔益’，即別教人之謂也。故西域各回教國人，將我中國之漢民，稱‘赫大爺’者，即‘赫塔益’之音轉也。所以‘卡費爾’之名詞，與我中國漢民無涉也。今有一般不明阿拉伯文義之人，將中國之漢民叫‘卡費爾’者不適合。”馬良駿指出，他之所以解釋“卡費爾”一詞的原意，是為了“解釋回漢兩教之間之隔閡，使回漢兩教及其他各教人民，同心一體，一致團結，互相親愛，統一建國，永奠和平”。
(三)以伊斯蘭教尊重生命為核心的人道思想為指導，批駁宣揚枉殺他族的“聖戰觀”
人類背負著為真主代治大地的職責，是真主創造的萬物中最高貴的，在宇宙間享有至高的尊嚴，真主為人類賦予了理智和靈魂，生命不僅是來自泥土的軀體，更是來自真主的靈魂，因此人類生命神聖不可侵犯。《古蘭經》中說:“凡枉殺一人的，如殺眾人;凡救活一人的，如救活眾人。”(5:32)基於這樣的思想，伊斯蘭教嚴禁侵害生命、褻瀆人類尊嚴的各種行為，保護人的生命、榮譽、財產不受侵犯，並且賦予受害者自衛的權利。馬良駿極力宣傳這種非暴力、非傷害哲學:“造物主差穆罕默德為聖人，普慈今世，不分種族，不分人類物類、則顯真主普慈萬物之動靜，下降《天經》三十部冊，名謂古爾阿呢。又名可蘭猛拉希經。中史簡稱《可蘭經》。在其《可蘭經》第十七冊中，有一段經旨諭雲:‘哎穆罕默德呀!我憑著為聖者，差了你，隻因為叫慈憫普世的人民，萬物俱總。’聖諭雲:‘能慈骨肉者，謂之獨善。能慈同教者，謂之兼善。能慈他教者，謂之公善。能慈鳥獸昆蟲草木者，謂之普善。’故吾聖人禁止傷昆蟲，砍活樹。又曰:‘饑寒中，濟人衣食，貧窮中，周人財帛，患難中，扶人言語，疾病中，與人方藥，奔忙中，不忘禮拜，憂愁中，記想真主，則天堂以待之’。此即吾聖人穆罕默德，普慈世界，以一貫之的一切經旨中的一段經旨也。按照此段經旨，穆聖所行公善，普慈好生。推己及人為宗旨。若好殺樂武，以戰立教，必定相反此段經旨。豈不違背真主、差聖之至理也哉。”