一書傳世，其生年或較馬注更早，馬注對伊斯蘭教書籍相當關注，極有可能讀到這本書。根據馬承蔭的《指南序》所記，這本書的初稿應在康熙辛酉，康熙二十年(1681)之前已經完成。這個初稿應該包含了二到七卷的大部分。初稿有譯有敘，計十餘萬字，內容“上窮造化，中盡修身，末言後世，天地之秘，神鬼之奧，性命之理，死生之說，巨細隱顯”。反映了他的主要思想。由馬承蔭為其作序這件事可以看出，馬注在京期間，交遊甚廣，穆斯林各界知名人士他應該都有所接觸。
這一年，康熙帝平三藩，雲南安定，其兄寫信屢屢催促馬注返鄉，但馬注“以聖教為憂，而進退不可已”，馬注此時雖有返鄉之意，但他沒有尊兄命立即返回，而是反複思量自己如何以一己之微，解伊斯蘭教衰微之局麵。康熙二十一年(1682)，他書《請褒表》
，希望康熙帝能按照封孔子的舊例，比照宋、元、明曆朝對其祖上穆罕默德·賽典赤進行褒揚。此表更凸顯他的忠孝觀念，反映了他渴盼伊斯蘭教能在中國弘揚的急切心理，同時也有謀得康熙知曉自己的意味。然而他“疏屢上而機未遇，囊馨裘敝，顏色益悴”
。由此我們可以知道馬注為此頗費財力、心力。同年秋，“西域國臣以天經進，上諭禮部侍臣即傳京師內外，詔能講者來，皇上登景山以待。時日將哺，次日欲幸五台，及詔至，乃教領之能誦而不能講者。侍臣複旨。上曰:‘今朕亦忙促，令彼暫回。以率伊眾，俟遊五台回，宣能講者，勿虛朕望。’及旋，而詔不果。”聞此消息，馬注決定將《清真指南》付印
。康熙二十二年(1683)元旦，馬注將《清真指南》付印，這是《清真指南》的首印，其內容已經過了北京很多穆斯林學者、教內外人士的指點與校閱了，在手稿基礎上略有改動。馬注之所以付印，還有一個客觀原因是他已經有離京的打算，並想帶著這本書請教各地名師，而抄謄亦多不便。
康熙二十二年(1683)三月穀雨，馬注自己為《清真指南》作序，他在敘中寫道:“因聞得悟，領誨明師，或見或聞，著為《指南》一集，登堂入室，賢愚便覽。雖其中之得失餘不自知，然未嚐不可為泛汪洋者東西之一助。知我者，其惟斯書平!罪我者，其惟斯書乎!人道苟明，又豈敢避罪我而負知音?”
並“幸冀高明，起而教我”。此後他可能在密雲向康熙帝獻《清真指南》而未果
。雖然屢經挫折，但他還能夠自我調適，“抱道不出，其咎在己。既已出而道不行，非人力之不周。吾之不遇皇上，主也。皇上豈知我哉?”
但他仍然不放棄一切可能的機會，仍抱一絲希望能為康熙帝所知。
(三)返鄉之旅
康熙二十三年(1684)九月
，當馬注獲悉康熙帝欲南巡
後認為這可能是他能夠得到康熙親見的一次好機會。於是決定先於康熙帝離京，在中途迎駕。同時他也做好了計劃失敗的安排，那便是尋訪名師，到各地省親。康熙帝這次南巡主要是沿京杭運河而下，而運河沿岸多回族聚居，馬注此行也相當方便。康熙帝月底出發南巡，馬注已經在德州迎候，但這次依然沒有能夠得到召見，獻書之事也不了了之。
爾後馬注沿陸路到濟南，抵濟寧，在這裏他拜會了在此開學的李延齡。李延齡是馬化蛟的老師———胡登洲的四傳弟子。此時與李延齡一同開學的常誌美已經歸真，李延齡也已年近八旬。李延齡自幼善詩
，為他賦詩一首贈別。在那裏他還拜會了李延齡的弟子王興文經師，王興文也有詩贈馬注
。他在濟南、濟寧沒有長住，準備在康熙帝返回途中再次上書，請求禦覽自己的著作。於是沿河南下，大概在徐州一帶又做了短暫停留。並見到了古碭教領馬廷瑞
，馬廷瑞為其校訂了書稿的三、四兩卷。繼而在揚州做短暫停留，在那裏他拜會了古之瓚，古之瓚覽其全書，並為其校閱了二、三、四、五、七卷。在這年的十一月他抵達南京，在這裏他第三次請求禦覽，但依舊沒有如願。對此，馬注雖然有些失落，但此時他已經能夠坦然麵對了。
南京自元明以來就是回族聚居地區，也是伊斯蘭教學者、經師雲集的地方。在這裏他拜會了劉三傑，也應該見到了劉智
。馬注與劉三傑有比較深入地交流，校閱了全書。馬注非常敬重劉三傑，可能是得到了很多的指點，故在《清真指南》中將其列在卷首校閱者首位。馬注在南京停留了近一年的時間，這期間他廣泛接觸南京的伊斯蘭教人士，當時著名的經師袁汝琦
、馬之騏
與之都有交流，馬之騏為書稿提了不少意見，特別是第六卷、第八卷
，這幾位均有贈言見錄。
在南京期間，馬注與同為賽典赤後人———馬哈隻之後鄭氏家族聯係比較緊密，並得到他們的眷顧，生活上應該沒有什麼太大的問題。為表示感激之情，更為表同宗的榮譽，馬注將鄭之璧、鄭士昌兩位“博文”的詩錄入《贈言》中。在南京期間，馬注看到了鄭氏家譜，我們可以想見，鄭氏在明朝時期，地位相對顯赫，又居於主流文化中心地帶
，受漢文化影響較深，對待族譜的重視程度應該很高，當時的鄭氏家譜應該是比較全麵係統的，這在很大程度上對馬注續修家譜的信念產生激勵作用，從後來馬注的行動也可以證明這一點。
馬注在南京停留了大約一年的時間，可能由教內人士介紹，馬注到達安徽皖城(今安慶)，安慶有回族馬氏為望族，現有《懷寧馬氏宗譜》存世。“明洪武遠祖哈直(又名馬天方)，馬依官安慶衛指揮，因家焉”
。著有《中國回教史鑒》的馬以愚先生便是安慶馬氏後裔。《懷寧馬氏宗譜·誌尚公弁言》載:“吾族係出西域魯穆。始祖諱係魯穆文字，漢譯馬依澤公，遂以馬授姓。”馬注或是在南京知道了安慶馬氏，故特意到那裏核對家譜，但現在還不能知道他們對譜的具體結果。但從他後來取道河南來看，可能存在宗親關係，因為安慶馬氏係由河南出
。《授書說》中有“丙寅(1686年康熙二十五年)春正月朔五日，予自燕旋滇，舟次皖城，率家屬暫寓。”他在那裏應該從事一段時間伊斯蘭經堂教育，以伊儒兼授的方式傳播伊斯蘭教。他在那裏“承教親愛予甚篤”，在他離開時，曾將《清真指南》一部留在那裏。這一年裏他寫下了《進經疏》，並將其歸入《清真指南》，這可能是其最後一次上書請求禦覽時所作，收入該書以明其誌。
這之後馬注大概是由安徽出，首先溯江逆流，抵達湖北境內，可能在湖北拜會了他久仰的皇甫經。皇甫經是胡登洲的四傳弟子，湖南常德人
。但從日程上來看他不太可能再去湖南。馬注由湖北取道河南奔西安，完成他祭奠西安鹹陽王陵的心願，同時以其《清真指南》就教於方家。
他先到達開封，在那裏拜會了許多伊斯蘭教人士，其中孫必第(字後山)為其校訂了第五卷和第七卷，馬綏泰為其校訂了第六卷和第八卷。馬綏泰有贈別詩見錄。馬注隨即西走潼關，康熙二十六年(1987)的初秋到西安，他在西安同樣拜會了一些經師，在贈言中收錄了馮通宇、舍起雲詩。《經學係傳譜》之中有舍起靈見錄。該譜中錄:“蘊善舍先生，諱起靈，字蘊善，渭南人氏
。”疑與馬注所記為一人，或為同宗。馮通宇和舍起靈同是常誌美、李延齡弟子
。應該是通過這一師承關係，馬注到西安後得以便利相知。
這年八月初一，馬注在西安帶領全家拜謁了鹹陽王陵。鹹陽王陵的位置，據馬注記載:“長安東十裏鋪滻河之岸，東界壩河，南界長老鋪，西界光泰門”，但當他舉家祭拜時鹹陽王陵已破敗不堪。馬注見後悲痛不已，慨而做《贍思丁公塋碑總序》以記之。馬注的《贍思丁公塋碑總序》結合正史，同時可能參考了南京等地贍思丁後人家譜的相關內容，盡管其中有很多溢美成分，但它仍不失為後世研究贍思丁的一份有益資料。
馬注了卻自己的心願後，遂由陝入川，先到了利州(今四川廣元)。利州地處陝甘入蜀要道，元憲宗二年(1252)八月，忽必烈率軍“師次臨洮，命總帥汪田哥以城利州聞，欲為取蜀計”
。當時馬注的先祖賽典赤·贍思丁負責元軍後勤糧餉，《元史》記載:“憲宗即位……帝伐蜀，賽典赤主饋餉”
。後來在至元元年(1264)賽典赤任陝西四川行省平章政事，至元三年移治利州，至元八年移治成都。也即1266年至1271年的5年之中賽典赤治於廣元。賽典赤屬下有很多穆斯林，而且他的後裔亦有留居。馬注《鹹陽王賽典赤贍思丁公塋碑總序》中稱:“居於……利州者，是為伯顏察兒之後。”伯顏察兒是賽典赤之孫，元代封奉元王。《重修廣元縣誌稿》稱:“元回教盛於元明，寺立今之東街三元宮。”
由此可知元明時期穆斯林在廣元有一定的數量和影響。但是馬注到達廣元後，除與宗族人會譜之外沒有見到其他活動。
1687年冬，馬注到達四川閬中，並一直在那裏待到第二年初春時節。他之所以來到閬中，是因為這裏有不少回族，更有一位聖裔。這位聖裔是中國的伊斯蘭教嘎德忍耶教派的傳播者，是穆罕默德二十九世後裔，阿拉伯麥地那人舍赫·穆乎印迪尼·布尼外法，道號華哲阿布董拉希，康熙二十三年(1684)，隨川北鎮台左都督馬子雲達閬中傳教，康熙二十八年(1689)在閬中去世。一般認為這位聖裔傳播的思想淵源於波斯人阿布杜·卡迪爾·吉拉尼創立的蘇非派卡迪裏教團。從馬注作品中反映的蘇非主義思想來看，他與這位聖裔有過接觸。在閬中他還結識了蔡鶴鳴和保天佐，蔡有詩贈，保有敘留。時有保天佐為其所作《敘》中說:“丁卯冬，適聖裔仲翁馬老師自燕旋滇，經閬中，課拜之暇，出《清真指南》以示予。”其作序時間為“康熙二十七年戊辰仲春”，文中又說:“先生距予嘉陵五千餘裏，脂車在即，使子心有戀戀焉。幸得朝夕聆誨，示書抄錄，使予閬中後人窮經而問難者，亦如子之與先生，是又先生之甘棠造愛，去思而不忘也。”這裏說明馬注在閬中期間也可能進行了短暫的教學活動。一般有序就會有刻版，又從保天佐作序，及其後馬大恩、保安吉等人的再版序言內容來分析，可能是在保天佐的努力之下，康熙年間在四川留下了一種《清真指南》刻版。
(四)歸滇紀事
馬注離開閬中後，途經豐都
返回雲南，具體過程亦無考。估計馬注回到雲南之後，應該首先回鄉省親祭祖。之後馬注又組織本族修譜，對此《賽典赤家譜》《馬氏家乘》
均有記載，《賽典赤家譜》載:“清康熙二十六年丁卯歲，永昌老前輩馬注由京請假回籍修譜，各屬同宗，及者及之，不及者缺之。”
《馬氏家乘》亦有“清康熙二十六年丁卯歲，永昌老前輩馬注由京請假回滇，齊族修譜，各屬同宗，已到者，贈送一本;未到者，贈寄一本”。這裏記載的康熙二十六年不是修譜的時間，而是人們誤以為馬注自京返鄉的時間。按常理推算自京返鄉約需一年，故應該在康熙二十七年發生修譜這件事，這也就和《清真指南》中的時間相對應了。
馬注回滇後，並未在家鄉留居，而是往來於雲南回族聚居區域，在這往來之間，馬注把自己的《清真指南》送給雲南各地的穆斯林，《清真指南》開始在雲南流傳，特別是在清真寺中，有可能已經被采用為教授漢文的教材了。他仍然不斷地對這本書進行修訂。康熙二十九年(1690)出於講習的便利，他修訂了《聖讚》一篇，詳細添加了注釋
。
馬注回鄉後的職業仍然是開學收授弟子，他主要在清真寺開學講習，他以聖裔身份以及其豐富的伊斯蘭教知識、阿拉伯文、波斯文知識，得到各地穆斯林的認同，從他後來仍然往來各地的情況分析，各地穆斯林邀請他開學的很多。《清真指南》中很多注解，當是從事經堂教育時所加。
康熙三十年(1691)六月，康熙帝頒布上諭稱:“朕評回漢古今之大典，自始之鴻道也。七十二門修仙成佛，誘真歸邪，不法之異端種種生焉。已往不咎，再犯者斬。漢官諸臣時享俸祿，按日朝參，而回教五時拜主讚聖，並無食朕俸，亦知報本，而漢不及回也。通曉各省，如漢官因小不忿，借端虛報回教謀反者，職司官先斬後奏。天下回民各守清真，不可違命，勿負朕有愛道之意也。欽此。”
馬注對康熙此舉相當興奮，故抄錄下來，一直有意將其編入《清真指南》，後來這條上諭收入第七卷《教條八款》，但文字略有出入。
馬注回鄉後，一直非常關心昆明褒獎賽典赤功績的幾處建築。馬注出滇時，昆明城南“斡耳朵”鹹陽王陵、王廟俱在，但經曆了“三藩之亂”戰火之後，鹹陽王陵、王廟也未能幸免。康熙二十一年的時候，昆明各界人士複建王廟。馬注回滇後，看到“廟宇雖建，奸頑雜處，借修廟之名，賣戲肥己，擾亂教規”
。心中非常不安，他極力反對這種擾亂教規，敗壞王陵清靜的行徑。康熙三十一年(1692)，“雲南總督範承勳、巡撫王繼文……永昌道畢、太守張、捕府蔣、方牧張文武當路捐資，遷建今重關之內，與王陵切近，較昔之稠雜喧嘩、規模隘小，至此則觀曠神怡，雄麗無加矣”
。這裏可以看出出資者中有雲南總督府官員，又多永昌府官員，可見馬注應當在這件事上作了一些努力，即他利用其在昆明、永昌的知名度動員地方官員，重建鹹陽王王廟於王陵附近。對此後來他在《原道跋》中也記下了“葺陵寢”一事，將其列為與自己著作同等重要的大事，引以為豪。
康熙三十八年(1699)，馬注60歲，有感於花甲遲暮，常憶往事，不禁動情而作《自惜》兩首。表達了他對自己京師生活的無限眷戀之情，這時他依然對康熙帝的詔選經師的事情記憶猶新，仍然渴望帝王能夠賞識自己的作品。《自惜》中有“愧我六旬天未老，夢魂猶自憶燕山”可證其年齡。
他在後來所作的《原道跋》中有一段自述中提到他“駕芒履之輕舟，漁樵於黔、蜀、滇、楚、吳、越、晉、秦、齊、魯、粵、閩之會”，其中“粵、閩”兩省在他來去北京的過程中都未曾經過，他遊曆這兩省大概是在1692年至1703年之間的事情。他到粵、閩兩地主要是走訪穆斯林知名人士，確知的地點隻有雷州一處。馬注在北京、山東、南京、西安結交的各界人士、諸位經師的交流中，得到廣西、廣東、福建一帶的信息，也有可能得到了他們的推薦。特別馬注在歸途中結識的這些經師，他們的弟子遍布全國，與閩粵之間有很緊密地聯係。馬注到了這些地方，也將自己的書示之與眾，同樣會有書贈送當地人士。康熙四十一年(1702)他寫下了《授書說》，裏麵表達了一種希望，希望讀到《清真指南》的人能夠“家錄一部，置之座右，慎思審問，明辨篤行，自悟自度;或有力之家刊刻布行，以廣教化”。這時馬注已經希望有人能夠刊印他的書。從廣州濠畔街清真寺同治年間重鐫印行《清真指南》來分析，廣州一帶更早時候有人得到了該書原稿
，故而我推斷《授書說》可能作於廣州，並題贈與廣州的教內人士。《授書說》中也有一處可以證其大致年齡，其中賦詩數韻，其中一句:“一葉輕舟一片蓑，茫茫煙水六旬過。”從《清真指南》中我們還可以看到馬注在這一年修改第五卷的記錄
。
馬注由其身份和自己的作品在廣大穆斯林中贏得了很高的威望，他往來各地為各界認同，為自己獲得了更多的發言權。在修完鹹陽王廟之後，馬注經常祭拜，當他看到鹹陽王陵“傾圮，瓦礫無存，牧馬長嘶”的狀況，心中很是憂慮，“俯仰之間，悲咽長歎，慟心酸鼻”，於是他思欲募修王陵，康熙四十二年(1703)
寫下了《鹹陽王撫滇績》，其文末有“是仰賴於今日覆載者”，大概是呈給當時總督。
馬注晚年仍教授不輟，康熙四十六年(1707)受聘到四川會川(今會理)，會理在“清嘉、道間，回人棲居名西北隅，約數百家、合鄉間散居者，約數千人”
。康熙年間回族人口也不會太多，時年他做《原道跋》，這時馬注已年近古稀，本應頤養天年，而他卻仍在為弘揚教義而奔走。反思自己的一生，馬注幾多感慨，他主張漢文解經，主張實行“宗教改革”的思想，但因此也會遭到教內保守力量的反對，雖然我們沒有看到馬注對此有明確的記錄，但從他“忙忙然如喪家之犬，為時人笑”
的自述中，可以想見他的主張不會有太多人擁護，因而他的生活狀況也沒有太大的保障。然而聊以自慰的是，畢竟自己的功業尚能得到一部分人的認可，他在文章中借他人之口把這種情緒表達出來。“木枯則榮，月虧則盈。蘭生幽穀，其香彌馨。子雖貧，文章經世之業，先爾而生者，非子不能明;後爾而生者，非子不能成。年壽榮樂，孰與於斯主之恩於爾至矣。子之功又何亞於昔人?”
馬注後做《天宮賦》，其中有“屈指歲月，隙駒易逝，倏忽間七旬古稀。展鏡自照，容枯頓白，對影慘然”。由此可知，該文當在康熙四十八年(1709)之後，從文中可以看出此時他仍然堅持五時拜功，可見其信仰的虔誠。
伊斯蘭教自唐傳入我國之後，一直以遜尼派居於主導地位，從馬注結交的經師及其著述來看，馬注是一位嚴遵祖訓的遜尼派穆斯林。康熙四十九年(1710)，蘇非派的一支卡蘭達裏蘇非派
(馬注譯“革爛得”、“格蘭岱”，後世也譯為“革蘭袋”)自印度傳入武定地區，這一派的名稱是從波斯語kalandar演變而來的，意思是“醜惡，厭棄的人”，或“門閂”……在突厥語中，它的意思演變為“厭棄俗世而象漂泊者一樣四處流浪的托缽僧;一個譴責塵世所有的一切，並找到真理的人，一個哲學家”。至於格蘭岱的其他意思，根據瑞典突厥學家古納·雅林引用的維吾爾文資料而定義為“放棄財產的人”