第三，年檢過程收費過多。民辦非企業單位年檢中，銀行開證明、業務主管單位初審、會計師事務所審計及年檢公告等均要收費，這一係列費用增加了民辦非企業單位的負擔，使一些發展規模較小的單位難以承受。
二、對《年檢辦法》及年檢工作的幾點建議
（一）不寶硬性規定統一提交審計報告
財務審計是年檢的重要手段。但是，由於有些規模小、收費少，特別是有些個體舉辦的民辦非企業單位，既沒有專職會計和專職出納，也沒有建立賬目。因此，如果每年都進行審計的話，一是沒有賬目審計，二是要交數目可觀的審計費，這條規定對於規模較小的民辦非企業單位比較困難，且經濟負擔較重。《企業年度檢查辦法》，就沒有規定所有參檢企業必須提交年度審計報告，隻要求提交企業法人年度資產負債表和損益表，對公司和外商投資企業才要求必須提交審計報告，對有些企業則要求提供驗資報告。因此，對於民辦非企業單位年檢是否應提交審計報告問題，不應一概而論。特別是民辦非企業單位涉及行（事）業較多，又有法人、合夥和個體之分，情況不一，建議在《年檢辦法》中對於是否提交審計報告做出靈活規定，區別對待，既要達到監督檢查的目的，又要照顧民辦非企業單位的利益。
1．對於經費往來頻繁、數額較大的民辦非企業單位．年檢時應提交審計報告。登記管理機關可確定資質好、業務強、信譽高的會計師事務所名單，供民辦非企業單位選擇。
2．對於縣以下規模較小，收費較少的民辦非企業單位，年檢時可免出審計報告，隻提交財務收支狀況表。
3．一年之內，因更換法定代表人或負責人等原因，已提交過審計報告的民辦非企業單位，年檢時可免交審計報告。
4．連續2年年檢合格，財務管理嚴格、經費運轉規範、未發生過問題和糾紛的民辦非企業單位，可免交審計報告一次，隻提交財務收支狀況表。登記管理機關認為有必要的或發現問題的，可要求會計師事務所對其進行財務審計。
5．可采取抽檢的辦法，隨機指定抽查三分之一的民辦非企業單位，要求其提交審計報告，其他未被抽查到的民辦非企業單位隻需提交財務收支狀況表。
登記管理機關在年檢時對財務狀況的檢查內容應包括以下幾個方麵：
一是資金來源是否合法。重點查看是否有超出章程規定範圍，開展經營性活動形成的非法所得。
二是資金的使用是否合理。重點查看各項支出是否超出正常的支出範圍，有無私分、挪用民辦非企業單位資產的現象，收入是否用於分配等情況。
三是票據使用是否合理。
四是銀行賬戶和管理專賬情況。重點查看民辦非企業單位是否設立了專賬；是否按規定開設了獨立的基本賬戶；是否存在收入不入賬，私立小金庫的現象。
五是檢查是否有抽逃開辦資金的情況。
(二)財務報表應統一規範
目前，各地的財務報表不統一，有資產負債表、經費收支表等，形式多樣，極不規範。這主要是由於我國沒有專門的非營利組織會計製度造成的。在實際工作中，非營利組織一直是比照《事業單位會計製度》進行會計核算，經過十餘年的運轉，這種會計管理體製帶來韻問題越來越多，亟須調整。今年，財政部正在抓緊製定《非營利組織會計製度》，預計不久將正式出台。新製度將體現非營利的特點，建立資產、負債、淨資產、收入、費用五大會計要素，並引入企業會計的權責發生製和現金流量表，以準確反映非營利組織的收入、費用和現金流人、現金流出及現金淨流量等信息。《非營利組織會計製度》出台後，《年檢報告書》應據此對財務報表進行統一規範，以實現民辦非企業單位之間會計信息的可比性。
（三）年檢結論的劃分標準應有明確規定，做到有法可依
年檢結論分為“年檢合格”、“年檢基本合格”和“年檢不合格”三種。“年檢合格”表示該單位在檢查年度內較好地遵守了有關法律法規。“年檢基本合格”表示該單位在檢查年度內有違反有關法律法規的行為，但情節輕微。“年檢不合格”表示該單位有嚴重違反有關法律法規的行為，登記管理機關應對其撤銷登記或限期辦理注銷登記。
在年檢時，對民辦非企業單位的年檢結論實行分級劃類，是登記管理機關對民辦非企業單位實行監督的重要措施，同時也提示社會其他部門、與其有活動往來的各類組織注意該單位曾經有過的違規行為。已被確定為“年檢基本合格”的民辦非企業單位，應認真檢查自身存在的違法違規問題，並及時改正，以利自身發展。
《年檢辦法》對三種年檢結論的劃分標準應分別做出具體規定，以利於登記管理機關嚴格執法。
符合下列情形的民辦非企業單位，確定為年檢合格：
（一）遵守法律法規和有關政策規定；
（二）依照章程開展活動，重大活動及時報告登記管理機關；
（三）嚴格執行有關財務製度，收入和支出符合有關規定；