涉外民辦非企業單位的組織形式靈活超脫，他們同海外、國外的民間往來，擴大了民間國際交往渠道，在一定意義上增加了我國人民同世界各國人民的相互了解，加快了我國改革開放的步伐。特別是有些涉外民辦非企業單位，積極參與環境保護的國際合作，參與不同國家文化、體育方麵的交流以及留學生的互派等活動，對加強國際民間合作起到了積極的推動作用。
二、涉外民辦非企業單位在發展中存在的主要問題
涉外民辦非企業單位在其發展過程中，無論從自律機製或審批和登記管理工作，都還存在一些問題。
從涉外民辦非企業單位自身來看，一些涉外民辦非企業單位法律意識淡薄。不少涉外民辦非企業單位未經批準，擅自成立並開展活動。部分涉外民辦非企業單位超出規定的活動範圍開展活動。許多涉外民辦非企業單位自身管理薄弱，有的是管理和工作人員頻繁更換，有的是內部財務管理漏洞百出。
從對涉外民辦非企業單位的審批和登記管理工作來看，首先是法製不健全。有些單位根據社會和經濟發展的實際，審批設立了相關的涉外民辦非企業單位，一些部門還按照行業發展規劃製定了一些規章，對規範涉外民辦非企業單位的活動起到了一定的積極作用。但是，涉外民辦非企業單位的審批和登記管理工作，整體而言，至今尚無成型或配套的法律法規，在一定程度上，限製了部分行業涉外民辦非企業單位的發展。目前，除在教育行業國務院頒布了《中外合作辦學條例》以外，其他行業基本上沒有類似的法規。其次是管理體製不顧，政府部門之間缺乏協調，對涉外民辦非企業單位的審批與管理工作嚴重脫節，沒有形成統一歸口登記管理，缺乏係統有效的科學管理體係。有些部門對所屬行業涉外民辦非企業單位自行審批，盲目發展。有的是隻批不管或管理不規範，如有的涉外民辦非企業單位的拿到了批準書，也活動了好幾年，但在單位章程或雙邊合作協議都沒有。
三、堅持培育發展和監督管理並重的方針，促進涉外民辦非企業單位健康發展
涉外民辦非企業單位的發展，要從我國實際出發，實事求是。要深入調查研究，認真分析其發展趨勢，製定相關法律法規，規範登記管理。
（一）從實際出發，實事求是，把握發展趨勢
我國目前涉外民辦非企業單位，主要集中在一些大中城市和經濟發展較快的東南沿海地區或沿邊地區，在行業中有一定影響並充分發揮其積極作用的是教育、衛生部門的中外合作辦學和中外合作辦醫。在一些經濟欠發達的地方和具有社會公益性的文化、體育、環保、社會福利、婚姻介紹等行（事）業中，涉外民辦非企業單位也逐漸開始發展。隨著我國社會主義市場經濟體製的不斷完善和對外開放的擴大，特別是我國加入世貿組織後，各類涉外民辦非企業單位將會越來越多。
（二）製定相關法規，規範登記管理
為了切實加強對民辦非企業單位的管理，黨中央、國務院子1996年下發文件，明確提出要盡快製定民辦非企業單位登記管理條例，並明確民辦非企業單位歸口民政部門登記。1999年再次發文，要求進一步加強民間組織管理。自1996年民政部門接手民辦非企業單位的登記管理工作以來，各級民政部門認真貫徹黨中央關於民辦非企業單位登記管理工作的方針，在深入調查的基礎上，積極配合國務院有關部門製定相關法規。1998年10月，國務院第251號令發布了《民辦非企業單位登記管理暫行條例》。當時，一方麵由於涉外民辦非企業單位還沒有形成規模，其管理工作投有真正提到議事日程。另一方麵，有關決策部門擬就涉外民間組織單獨立法規範，所以，在《民辦非企業單位登記管理暫行條例》中，沒有提及涉外事宜。近幾年，涉外民辦非企業單位的崛起，在社會事務的各個方麵發揮了積極的作用，特別是促進了我國社會公益事業的發展，急需立法予以規範。