當然，恐慌的日子是短暫的。中國航天人顧不上恐慌，也實在沒有時間恐慌。一方麵，他們要確保火箭、飛船上的十二萬多個上天的元器件不能有一個出問題——隻要有一個元器件出問題，飛天夢就將化成泡影；另一方麵，又要確保全國百萬航天大軍中不能有一個人染上“非典”——有一個人染上“非典”，專家就有可能倒下一大片。兩副重擔同時扛在肩上，壓力可想而知。但載人航天工程指揮部在堅持部署和推進“神舟五號”各項工作的同時，積極應對“非典”，提出了“防‘非典’就是保試驗、保成功”的口號。凡是參加“神舟五號”工程的科技人員一律集中住宿，不得回家，不得外出，不得與外人接觸。一旦發現有人出現發熱症狀或其他可疑跡象，立即隔離觀察。而航天人自身也表現出了對國家民族、對航天事業高度的責任心。他們忘掉自己，忘掉家庭，始終堅守在自己的崗位上，就像戰士堅守著自己的陣地！比如，上海航天技術研究院總設計師助理羅斌到北京參加飛船聯試工作時，正趕上“非典”，而且還聽到了北京要“封城”的傳言。本來，他完全可以立即飛回上海，但他選擇了留下。他說，當時在那麼恐怖的情況下，我不是沒有想到過自身的安全，但我想得更多的是“神舟五號”的試驗工作不能耽誤，想到的是如何與大家同舟共濟、同命運共患難。“大敵”當前，試驗隊那麼多雙眼睛盯著我，我能當逃兵嗎？
而另一方麵，“非典”期間全國人民也很關心飛船的命運。有人曾做過一次網上調查，結果顯示，“非典”期間全國人民最關心的是兩件事情：一件是“非典”什麼時候消滅，一件是飛船什麼時候上天。而且，全國不少熱心人士還通過各種方式對航天人的安全表示關切，對載人航天表示支持。有一些小學生甚至把爸爸媽媽給自己的壓歲錢寄到航天城，說要給搞飛船的叔叔阿姨、爺爺奶奶們買點營養品補補身子，身體好了他們就能抵抗“非典”了！
航天人得知這些信息後，被深深感動了。他們決心用“神舟五號”的成功來回報全國人民的關心。而中央有關領導也明確指示，中國載人航天工程的步伐一天也不能停止！
就在這時，又有一則不好的消息傳到了航天城：5月4日，俄羅斯“聯盟TMA-1”飛船返回時，突然與地麵失去聯係，導致飛船偏離軌道！
而此時的中國飛船也正麵臨一大技術難題：“神舟四號”飛船返回地麵後，經有關技術人員對飛船返回艙進行測試，發現返回艙內的一氧化碳濃度嚴重超標！
一氧化碳是有毒氣體，返回艙是要坐航天員的，這個問題若不徹底解決，“神舟五號”上天後，它將對航天員的安全產生很大威脅，甚至會危及生命！為了確保航天員的安全，飛船係統的專家們不顧“非典”的危險，加班加點，反複試驗，終於使返回艙內的一氧化碳濃度達到了規定的指標。
7月18日，“神舟五號”飛船經過三十多名專家評審，由中國“航天四老”任新民、屠守鍔、黃緯祿、梁守槃給出了最終的評審結論：
“神舟五號”的性能和工藝滿足總體首次載人飛行任務的要求。四台發動機同時不工作的概率為0.0015。評審組認為，“神舟五號”已具備了出廠的條件，同意出廠。
於是，航天科技集團公司副總經理許達哲當場宣布，盡快請示載人航天工程指揮部，計劃在2003年7月29日將“神舟五號”飛船空運至酒泉發射場！
以戚發軔、袁家軍為首的飛船係統的專家們在“非典”和技術難關的重重圍困中曆經半年的苦苦搏殺，終於第一次鬆了一口氣。而其他六大係統圍繞7月29日飛船啟程的計劃，也迅速展開了工作。
然而，就在飛船即將啟程的前兩天，即7月27日，載人航天工程指揮部突然下令：“神舟五號”啟程計劃暫緩！
剛從“非典”噩夢中平息下來的航天城忽然又“電閃雷鳴”，再掀波瀾！
事情突變，皆因飛船的一個緩衝器。
“神舟五號”返回艙的底部安裝有四台反推發動機，當返回艙離地麵一定距離時，反推發動機開始點火，給返回艙一個向上的推力，以減緩返回艙降落的速度，使返回艙落地時不至於產生猛烈的撞擊。為了對航天員著陸時的安全實行雙保險，除此之外，專家們還在航天員的座椅上設計了一個緩衝器，目的是在反推發動機萬一不點火的情況下起到保護航天員的作用。因此，緩衝器是航天員著陸安全的最後一道防線。
目前世界上的飛船座椅緩衝器有兩種：一種叫“拉刀式”，一種叫“脹環式”。中國飛船係統的專家們通過十年的努力，研製成功了“拉刀式”緩衝器。經過反複試驗證明，如果有一台反推發動機不點火，“拉刀式”緩衝器能保證航天員安全著陸；但如果四台反推發動機都不點火，“拉刀式”緩衝器在安全保護性能上就達不到載人航天工程規定的指標。而“脹環式”緩衝器是一種新型的緩衝器，相對於“拉刀式”緩衝器而言，安全保護性能要好一些。此前，飛船係統的專家們也曾考慮過“脹環式”緩衝器，但因研製時間緊迫，所以飛船出廠時采用的還是“拉刀式”緩衝器。
“神舟五號”到底是采用“拉刀式”緩衝器還是采用“脹環式”緩衝器，一直是大總師王永誌的一塊心病。5月他就曾經提出過這個問題，但因兩種方案都有道理，爭執不下，也就沒有下定決心。現在，飛船即將啟程，他舉一反三，考慮來考慮去，總覺得這是個問題。盡管專家評審組對飛船已經作出結論：四台反推發動機不點火的概率僅有0.0015，也就是說，故障率幾乎等於零。但幾乎等於零並不就等於零，這0.0015至少在理論上還存在一點點風險。而中國人是第一次上天，作為載人航天工程總設計師，他必須保證航天員的絕對安全——至少要保證航天員站著走出返回艙！假如航天員出艙時斷了一條胳膊，或者折了一條腿，中國人千年的飛天夢就不能算圓滿！因此，王永誌找到總指揮李繼耐，將自己的擔憂和盤托出，並提出了更換“拉刀式”緩衝器的設想。
作為載人航天工程的總指揮，李繼耐當然清楚，確保航天員的安全絕對是第一位的。同時他也知道，1963年3月，蘇聯“上升號”飛船返回地麵時，就因反推發動機沒有點火，導致返回艙偏離落點三千多米，幸虧返回艙落在了大雪覆蓋的森林裏，航天員才僥幸保住了性命！但如果在“神舟五號”即將啟程前更換緩衝器，猶如打仗前突然臨時變陣，風險實在太大！何況10月擇機發射“神舟五號”的消息早已不脛而走，傳遍世界。現在留給中國航天人的時間，滿打滿算，也就隻剩下七十來天了。假若新的緩衝器不能按新的計劃研製出來，那中國人的千年飛天夢到時豈不成了全世界的一大笑話！再說了，“拉刀式”緩衝器是中國專家們依靠自己的智慧研製出來的一項非常了不起的科研成果，他們為此付出了整整十年的心血，一旦替換掉，對專家們將是多麼沉重的打擊啊！思來想去，李繼耐感到此事相當棘手，便分別征求幾位老總的意見。幾位老總意見不一，舉棋不定。他又找到航天科技集團總經理張慶偉，兩人交換意見後，他讓張慶偉再次組織專家論證，四天之內拿出最後意見。
當張慶偉把飛船暫緩啟程的消息通知袁家軍時，飛船係統的專家們已經開始收拾行囊，準備奔赴發射場了，這無疑又是一個晴天霹靂！尤其是早已身心疲憊的總師戚發軔，更是欲哭無淚，苦不堪言！“神舟五號”好不容易從“非典”中突圍出來，步履維艱走到今天，現在一切準備就緒，即將登機起航，卻突然要停下來！若是緩衝器真要更換，飛船係統的工作計劃將被全部打亂，許多工作又要重做一遍！而且，一旦更換，就意味著專家們十年的心血統統付諸東流！這可如何是好？
在張慶偉組織召開的專家論證會上，激烈的爭論不可避免。會議開了三天三夜，“吵”了三天三夜。由於兩種緩衝器都不是非此即彼，所以很難抉擇。最後，意見漸漸趨於一致：緩衝器是飛船著陸時航天員安全的最後保障，關係到航天員的生命安全，無論多苦多累，不管付出多大代價，也必須做到萬無一失，確保航天員的絕對安全！而且設計人員認為，如果特事特辦，集中力量突擊，可以在有限時間內研製出新的緩衝器。於是，張慶偉最後拍板——更換原有“拉刀式”緩衝器，重新突擊研製新的“脹環式”緩衝器！這一意見當即上報了載人航天工程指揮部。
7月29日，載人航天工程指揮部召開“兩總”聯席會議。會議經過反複討論，最後作出決定：更換新的緩衝器！同時，智慧的專家們還想到了一個兩全其美的辦法：一方麵在北京集中力量抓緊研製新的緩衝器；另一方麵讓“神舟五號”提前進入發射場，按原計劃做先期的檢查測試，等新的緩衝器研製成功後，立即在發射場實施更換。這樣，就不會影響整體進度。
最後，總指揮李繼耐宣布了發射計劃：
8月5日，“神舟五號”進入酒泉發射場；9月18日，航天員首次進入發射場；9月20日，“遠望號”測量船出海；10月14日至17日，擇機發射“神舟五號”！
會後，立即成立了攻關小組。小組下設六個專題攻關組。任務期限是：10月10日前，必須拿出滿足設計要求的新的“脹環式”緩衝器！換句話說，必須在兩個月內完成國外十個月才可能完成的任務！
胡世祥說，用新的緩衝器確保航天員站著走出艙，這是“天字第一號”的任務！這次改動有百分之九十九的可能用不上，但我們必須要做百分之百的努力！
李繼耐說，我們要用新的方案進一步降低殘餘風險，直到發射前的最後一刻！“拉刀式”方案已取得很大成果，但我們還要挖地三尺，讓“脹環式”方案再創一個奇跡！
時間如此之短，奇跡能出現嗎？