戚發軔說，像這樣的事，我有苦難言，不願幹也得幹。我們費了很大心血，幹得非常吃力。因為這百分之三的安全措施要比那百分之九十七複雜得多！當時係統內不少人都想不通，說，本來隻有百分之三的事，卻要花百分之九十的精力，值得嗎？我開始也不願幹。但為了確保航天員的安全，費再大的勁也得幹！
再比如，中國過去用火箭發射衛星時，從來沒出現過火箭與衛星在天上分不開的情況。但這次發射的不是衛星，而是飛船，裏邊坐著活生生的航天員！於是有人提出，飛船入軌時，萬一火箭與飛船分不開怎麼辦？戚發軔就說，過去從來沒有過這種情況呀！對方說，過去沒有，不等於這次沒有啊，萬一這次發射飛船時有了怎麼辦？於是工程總體就要求他們在設計飛船時，由航天員給火箭發一個指令，讓火箭與飛船再分離一次。
戚發軔說，給火箭發指令，本來是火箭係統的事，不是我飛船係統的事。蘇聯發射“聯盟號”飛船，火箭和飛船是一個總師。我們中國是兩個總師，火箭係統的總師是王德臣，飛船係統是我戚發軔，我能管得著王德臣的事嗎？我就不願做。可上麵認為我們做這個方案更合適，最後也隻有做，設計了一個讓航天員發指令的程序。
但問題很快又出來了，有人說，航天員是第一次上天，萬一糊塗了，摁錯了電鈕，亂發了指令怎麼辦？就是說，不該摁電鈕的時候摁了，該摁電鈕的時候沒摁，怎麼辦？
戚發軔說，我就抬杠了，我說隻要航天員按程序辦了，就沒事，即便航天員不注意碰了、撞了，也絕對不會誤發指令，因為要發送指令必須解開保險，縱摁一下，橫摁一下，才能把指令發出去。但是，你航天員自己判斷錯了，或者不該摁的時候你摁了，就像開車的司機，該刹車你不刹車，該踩油門你卻踩了刹車，那我就沒辦法了。
有人又說了，能不能讓地麵給航天員發個指令，讓他摁才摁，不讓他摁就不能摁。但誰來給航天員發這個指令呢？這個指令萬一發錯了怎麼辦？責任誰來負？後來這個意見沒有采納。但過了一段時間，又提出一個新問題：如果火箭在還沒有把飛船送入軌道之前，半路起火了，或者出現別的問題了，怎麼辦？
戚發軔說，毫無疑問，首先是想法把火箭和飛船分開，讓載著航天員的飛船快跑！但這個時候的飛船速度已經不夠了，火箭卻還有速度，火箭就隨時都有撞到飛船的可能。一旦撞了飛船，就像我們在公路上開車，後麵的車撞了前麵的車，叫追尾。而追尾的事是你後麵火箭的事，不是我前麵飛船的事。所以不應該我來解決這個問題。但工程總體最後還是要我們飛船係統想辦法。為了保證航天員的安全，我隻有想了很多措施，一旦出事了，就讓飛船的發動機先點火，就趕快逃！總之，凡有利於航天員安全的事，願意幹的我們要幹，不願意幹的最後也得下決心幹！
所以，在那段日子裏，身為總師的戚發軔很苦悶、很尷尬，心上的壓力非常大，脾氣也就大。用他老伴和女兒的話來說，他回家後家裏人都得看他的臉色，一看他臉色不好，就躲得遠遠的，不然一旦惹著了他，他就會拿你撒氣！
第二，搞飛船必須要組織起一支人才隊伍。1992年飛船工程啟動之際，正是中國市場經濟剛剛興起之時。本來航天係統是有一定人才儲備的，但在市場經濟大潮的衝擊下，社會上掀起了轟轟烈烈的“下海熱”、“出國熱”，很多大學生不僅不願到航天部工作，而且來了之後很快又離開了。於是航天部人才大量流失，“肥水外流”的趨勢愈演愈烈。當時航天部曾流傳這樣一個笑話：在某名牌大學的畢業晚會上，當幾個女生問到一個男生分配到什麼單位時，這個男生捶胸頓足，一臉苦相，說，我可慘了，我可慘了！幾個女生忙問怎麼慘了？這個男生說，我被分到航天部去啦！
的確，當時不僅新畢業的本科生、研究生不願來航天部工作，就是現有的年輕骨幹也紛紛出走，另謀生路——有的出國，有的跳槽，有的改行。有一個單位，第一批去的二十多個研究生先後走完，一個不剩。後來連本科生也留不住了，每年都要走掉五十多個。甚至摩托羅拉公司的大轎車都開到了中國火箭技術研究院的門口，每天等著把人才拉走！而原有的科技隊伍中，老的老、病的病、退的退，即便能在崗位上幹活的，也多為1966年或1967年畢業的大學生。於是一時間，航天部人才短缺，青黃不接，後繼乏人。
航天事業如此壯美偉大，人才為什麼卻會離開呢？
究其原因，主要是生活待遇差。生活待遇主要是指工資和住房。應該說，從上世紀50年代到70年代，中國航天人與社會上其他一些單位的人相比，無論工資還是住房待遇在全國都是上等的，日子過得有滋有味，還有一點優越感。因為他們生活上靠國家撥專款養活，精神上靠國家榮譽支撐。但後來和社會上很多行業、單位相比，就不行了，有的單位連基本的生活條件都不具備。尤其是隨著整個國家從計劃經濟體製向市場經濟體製的轉變，航天部提出了“轉軌變型”的方針，即從計劃經濟轉向市場經濟，從試驗軌道轉向商品軌道，從軍用產品轉向民用產品，從依賴皇糧變為服從市場。於是航天工業從此脫離計劃經濟，跨入市場經濟，航天人再次陷入任務不足、經費不夠的困境之中。不僅一般的項目不再享受國家專款的待遇，甚至連造火箭這樣的國家大事，也得自己想法貸款，背著債務去幹。因此在上世紀80年代的航天係統，曾流傳這樣幾句順口溜：
50年代戴著“帽子”搞導彈，
60年代餓著肚子搞飛船，
70年代舉著“寶書”搞衛星，
80年代背著債務搞火箭。
比如，後來用於發射“神舟五號”飛船的“長二捆”火箭，在最初研製的時候，火箭技術研究院就曾經向銀行貸款兩千多萬元！還有，中國發射國外的商業衛星，在老百姓看來，航天係統肯定賺了大錢，航天人的腰包也肯定早就塞滿。可事實上呢？除去成本和勞務外，賺的外彙幾乎所剩無幾，最後能夠分到相關航天人手中的人民幣不過百十來塊錢。難怪當時社會上出現了一句很著名的流行語：“搞導彈的不如賣茶葉蛋的！”而用航天人自己的話來說，航天係統是“看起來熱鬧，聽起來感動，說起來光榮”，實際上卻十分艱辛而清苦。
就拿工資來說，在80年代，一般科技人員且不講，研究生每月工資才八九十元，加上其他補助，不過幾百元，甚至連一些在國際上都著名的大專家，薪水也少得可憐。比如，發射“神舟五號”飛船的首任火箭總師王德臣，我曾當麵詢問過他的工資情況：1992年，王德臣的基本工資一百多元；1999年，基本工資三百六十元，加上其他雜七雜八的補助，每月一千五百元。至於那些為中國航天事業拚搏了一輩子後退下來的老專家，每月把所有的錢加起來，也不過一千元左右。而在國外，像王德臣這樣的大專家，月薪大約十萬美元，當時折合人民幣約八十萬元。國外一般本科畢業生月薪大約也是六千美元，折合人民幣五萬元。即便當時在中國的外企公司，本科畢業生一月薪水也是四五千元。因此，年輕人親眼目睹了這些情況和結果後，想留他們也留不住。
對此，戚發軔深有感慨。他說，有一次，我帶了兩個博士生去參加一個國際學術會議，會上兩個人都有不俗的表現。但搞飛船時，兩個人都走了。為什麼？窮！有一個博士生家裏四口人，父親、母親和姐姐，一家人都在東北一家企業裏上班，可廠裏連工資都發不起，後來全下崗了。全家人從小含辛茹苦，省吃儉用，供這個博士生上了學，希望他能為家裏帶來生存的轉機。他卻沒做到，不是不想做到，而是實在做不到。他一畢業就到航天部，本打算把自己的青春獻給航天，甚至把自己的生命也獻給航天。可他有這份心，現實卻沒這份情，他拚命幹工作，也幹出了成績，但每月所獲得的工資卻養不活他全家。無奈之下，他隻好走了。
而另一個博士生離開戚發軔的原因，是因為到航天部好幾年了，卻一直沒房子。80年代、90年代初的航天係統，別說年輕人結了婚沒房住，隻能自己到外麵租房，就是一些為航天事業貢獻了幾十年的專家，住房也同樣緊張。比如有的上世紀50年代的老專家，已經三代同堂，仍然隻能擠在一間兩居室的小房裏。甚至有的專家直至閉上眼睛離開這個世界，也依然擠在一間狹小簡陋的小房子裏。有一位專家，全家四五口人，長年擠在一間大約九平方米的房子裏，沒有廚房，就在門口搞一個蜂窩煤爐子，來往的人要通過過道，隻有側著身子擠過去。尤其是夏天，每次做飯炒菜，煙熏火燎，那個熱呀，熱得渾身汗水濕透！但沒有辦法，隻有一天天地熬著。所以離開戚發軔的這位博士生說，哪兒都是為國家作貢獻，我為什麼一定要在航天係統幹呢？既然這兒待遇差，我為什麼不換一個地方，讓自己生活得好一點呢？我雖然無力改變現實，卻有選擇權利。於是，這位博士生去了一家外企，不僅有了房子，而且工資一月七八千元，比在航天部多了好幾倍！
還有一個原因，就是不少年輕人當時感到在航天係統幹沒什麼發展前途。在航天係統，充當頂梁柱的人物絕大多數都是上世紀50年代從美國、蘇聯留學回國的老專家。其次是“文化大革命”前畢業的一批大學生。由於十年動亂導致整整一代人斷檔，這些專家雖然年事已高—— 一般都在六七十歲甚至七八十歲，卻仍然占據著主導位置。所以年輕人深感航天係統“老頭子太多”，要想有出頭之日，不知熬到什麼時候，即便像戚發軔那樣熬白了頭，機會未必就一定能落在自己的頭上。加之當時中國航天很不景氣，載人航天工程論證了六七年，也遲遲未見結果。等後來正式批準下來了，人也走得差不多了。因為，這些六七十年代出生的年輕人較之上一輩航天人，在思想意識、生活觀念、人生哲學以及工作方式、行為方式等方麵都有很大不同。上一輩航天人首先想到的是國家，是民族，是集體，個人利益從來不考慮，或者說幾乎不考慮。可現在時代變了，世界變了，這一代年輕人也跟著變了。他們的人生變得很實際，生活變得很實在，不可能像老一輩航天人一樣一輩子守著一個崗位。他們對諸如“模範”、“標兵”、“先進”一類榮譽的興趣淡漠了。作為一個人，他們首先考慮的是生存，是發展，比如吃飯、穿衣、住宿，還有談婚論嫁、生兒育女、贍養父母、個人前途等等。所以當這些正常的、起碼的要求得不到滿足，他們便選擇離開。因為時代為他們提供了多種選擇的可能。後來隨著載人航天工程的啟動；加之航天部采取了多種措施，人才隊伍才漸漸穩住並壯大起來。
因此，戚發軔上任之初，不僅要從不同單位、各個部門尋找人才，重新組織起一支搞飛船的隊伍，而且還要將這支隊伍擰成一股繩，一心一意、爭分奪秒搞飛船。這無疑又是一道難題。
第三，搞飛船必須攻克種種技術難關。飛船較之衛星，技術要複雜得多。僅按技術性質分類，就有十三個分係統：結構與機構係統、製導導航與控製係統、數據管理係統、測控通信係統、熱控製係統、推進係統、電源係統、有效載荷係統、環境控製與生命保障係統、乘員係統、儀表照明係統、應急救生和回收著陸係統。
也許有人會問，一個飛船，何以搞得如此複雜？
飛船要完成載人飛行，必須破解三大難題，一是“上得去”，二是“待得住”，三是“下得來”。“上得去”，就是要保證航天員能順利進入太空。“待得住”，就是要保證航天員進入軌道飛行後能有一個舒適的空間環境。“下得來”，就是要保證航天員能安全返回地麵。看起來隻有簡單的三句話九個字，但飛船係統要攻克的重大技術難關就有十八個之多，要破解的技術難題則成百上千！