1996年6月，百花文藝出版社正式出版了《大都》，裝幀設計柳先生均稱滿意。接著在8月20日，趁柳先生來北大出席道教會議之便，我們中國文化研究所專門召開了一次學術研討會，在京學者、作家嚴家炎、錢理群、陳平原、趙園、韓小蕙，以及百花的社長、責編和天津的評論家夏康達、金梅等出席了研討。大家談得很熱烈，專家視角，言皆有中。柳存仁先生最後致謝辭，說：“師姑生子，眾神護持。”他強調自己的這部“舊作”，主要是寫那一時期的幾個憂鬱幽悒的婦人和可憐的孩子，他的同情始終在婦人與孩子的一邊。
1995年10月6日他給我的信裏，也曾談到《大都》的這一主旨，寫道：“主旨實在要說，不論什麼民族，什麼體製，一定仍得有做人的道德。此為看到今日青年、今日社會如飲狂藥，所以有此文字，現代化了的世道人心的關懷。”他希望現實世界中能夠有“真的人”存在。而所謂“真的人”，並非指傳統的“聖人”，而是“有血肉有情感，真實不欺的人”。“真實不欺”四字，揆諸今天，極平常而分量極重。
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《大都》研討會之後，1998年在北京，2000年在台北，我們又有過幾次學術會議上的不期之晤。雖然他當時已年過八旬，但精神很好，不禁暗暗為之欣慰。可是2001年的4月，他接連兩次突然暈倒，終於不得不為心髒安上起搏器。同年4月26日的信裏，已告知此一情況，並感慨“賤齡八四，衰疲亦已逾格矣”。而第二年11月17日的長信裏，寫得更為詳細：
不意去年四月五日，共內人上街，返程坐在公共汽車上（我們這裏多數人有車，如弟之坐公共汽車者，往往可數，是不會很擠的），不知怎地，弟忽然暈了過去，醒時不知怎地是躺在車中地麵上的，救護車已來，即抬上車，弟滿麵羞愧，平生無此窘境。送醫院檢示言無恙，氧氣一吸，胸臆大暢，也就無事了。兩小時後即回舍間。不意次日共友人及內人去一間飯館“飲茶”，在座上人忽又變卦，再送醫院，則四月六日了。住院中又五天，每天檢驗，最後說弟的心髒跳動失常，偶然會停擺。此皆有紀錄可查，弟不能不信，遂於第五天施手術，在胸肩之際種入一個pace ?螄 maker中文曰起搏器。手術很正常，當天即出院了。現在坐飛機，檢查身體會有異聲，故醫院又出了一張特別卡，作為過關的令箭，其餘無所苦也。
盡管柳先生仍然像往常那樣幽默樂觀，但此後寫給我的信，每每講起他的身體狀況，這也正是我所關心的。因為他隻要身體允許，便難辭卻演講或者會議的人情之約。此次心髒病發作，實與發病的前一月，即2001年3月，赴香港出席道教節並以“老子和太上老君”為題發表演講過度勞累有關。
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孰料事有不單行者。心髒病發作的第二年，先生又因視力嚴重受阻，不得不施行手術，割去雙眼的白內障。但手術的預後並不理想，閱讀文字反而需要戴一種像放大鏡似的眼鏡。以前患白內障未經割治時，眯著眼勉強能看清楚報上的文字，現在卻非戴那個笨重的放大鏡不可了。因此先生頗有後悔之意。但他在2002年11月17日的信裏說：“然世間亦乏治後悔的藥，吾又何尤？”這是一封很長的整整三頁紙的信，在最後一頁他又寫道：
還有一層下情，也當告訴您，就是我的眼睛施手術後，常會發生一種黏黏的半液體似的東西，最近才似乎好了些。有時候眼睛又會覺得有一種也許別人看不見的光線，隻自己能看見，有時在黑暗的甬道走，忽然左邊或右邊會看到有一盞小燈似的，剛才覺得它有，立刻這光就自己沒有了，不知何故。問我的醫生，他聽了我的報告，“笑而不言心自閑”。也有人說，這樣的光有害，也許慢慢會影響到眼球的下麵，底下的地方rerina者，眼球最後的薄膜，它要是壞了，人就看不見東西了。希望區區的肉眼還不至於這樣的倒黴。
柳先生心髒病和眼病之後的痛苦和樂觀情狀，這封信裏表露無遺。
但接下來的打擊更讓他難以承受。這就是2003年的冬天，與先生一生甘苦與共的老妻，經醫檢發現患有乳癌，醫治三載終歸無效，於2006年4月28日不幸去世。柳先生在2006年1月20日的信裏寫道：“前年冬季發現內人患乳癌，以年紀較大（今實足八十七，弱弟一歲），乳旁為有淋巴核線核lymph nodrs，不宜電療，經醫生推薦用藥療chemothrercpy每周隻用藥注射一次。而其治甚苦，經過數月，頭發悉脫，頂如比丘尼，行動無力，說話聲音低喑。”此情此境，加上家中隻有夫婦二人，原來一直都是老妻照料先生的生活起居，現在則變成“生活雜亂，起居無節”，故信的結尾，情不能禁地發出了“北望中原，不勝綦念”之歎。
而2006年5月28日的信中則告知：“內人不幸已經不在了，她於上月二十八日逝世，年陽曆八十八歲，現在荼毗已畢，弟成了孟子所說的鰥夫了。”6月23日函又告餘：“內人罹胸癌之疾，曆三年餘，至今春（北半球之春）乃加劇，四月二十八日不幸去世，年八十八。”孟子鰥夫之說，見於《梁惠王下》：“老而無妻曰鰥，老而無夫曰寡，老而無子曰獨，幼而無父曰孤。此四者，天下之窮民而無告者。文王發政施仁，必先斯四者。”由先生引孟子，可知他處境的孤獨與淒涼。
這也就是2006和2007兩年間給我的信裏，何以一而再、再而三地提起老妻病逝一事的潛因。2007年1月17日的信裏說：“舍間僅一男一女（謂內人及區區也），一人生病，另一人自難離開，固已不在話下。去歲四月底內人病逝，舍間堆積甚繁，不止開門七事，平時內人管的，弟俗不論柒，恒言‘生在福裏不知福’。今則弟自作自受孽，蓋可謂深受其報矣。結縭六十四年，奈何！”2007年4月1日一信又寫道：“去年四月底內人去世，壽八十八。弟在舍間雜務頓增，忡忡若有所失。”此可知先生當時寂寞無助的苦況。
而且由“結縭六十四年”一語，可推知先生結婚的時間係1942年，二十五歲，夫人當時為二十四歲。先生之子女，各有自己的專業職司，平時無法盡在身邊照料。子為醫生，也年過六旬，工作在悉尼。女兒在母親離去後時來幫助“治具共食”，使先生稍破寂寥。
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先生身體正常之時，每年都有外出講學或參加學術會議的安排，早些年去得最多的是香港、台灣、新加坡和馬來西亞，近些年也曾多次到過北京和上海。但2004年自己以及老妻患病之後，有三四年的時間不曾“出遠門”。2006年12月，饒宗頤先生九十歲生日的慶會，柳存仁先生出席了。因為有做醫生的兒子全程隨侍，雖年已八十九歲，往返還算平安順利。